当初，钱塘人杜炅奉行五斗米教，会一些法术，还能为人解除些许病痛，古代人迷信，有一些人就被蛊惑了，当时东晋上层士人和普通百姓都把他奉若神灵。

琅琊郡人孙泰是杜炅的学生，很得真传，杜炅死了后，孙泰就成了教主，当时一些上层士人和百姓也都信奉他。左仆射王珣很厌恶孙泰，把他发配到了广州，但广州刺史王雅却是五斗米教的信徒，很迷信孙泰，又把孙泰介绍给了司马曜，说他会法术，能使人延年益寿，甚至长生不老。司马曜当然很高兴，就把孙泰召回建康，后来又任命孙泰做了新安郡（今浙江淳安县）太守。

孙泰有改朝换代的野心，他借讨伐王恭的名义，召集民众进行训练，组建了武装，让信徒贡献大量金银财宝作为军资，意图不轨。当时三吴地区很多人都听他的，竟真的让他聚集起了不小的力量。会稽内史谢輶（yóu）向朝廷检举揭发孙泰的阴谋，朝廷大为震怒。

隆安二年（398）十二月二十二日，司马道子让和孙泰关系较好的司马元显把他骗到京师，然后就地诛杀，同时被杀死的还有孙泰的六个儿子。孙泰的侄子孙恩逃到东海的海岛上，当时有些信徒认为孙泰并没有死，而是成仙了，还把对孙泰的迷信转移到了孙恩的身上，给他送吃送喝。孙恩纠集了一百多个亡命之徒，准备伺机复仇。

司马道子整天喝得醉醺醺的，时间长了，就把身体喝垮了，他儿子司马元显知道朝臣们已经对司马道子失去信心，借机让朝廷免去了司马道子的司徒、扬州刺史职务。隆安三年（399）四月十日，朝廷任命司马元显为扬州刺史。

司马道子也有清醒的时候，他发现好几天没什么大臣来给自己汇报工作了，感到纳闷，明白原因后暴怒，但司马元显的翅膀已经硬了，他也无可奈何，只好又搂着美女喝酒去了。

司马元显满打满算，这年也才十八岁，他知道自己资历还不够，就让琅琊王、安帝的弟弟司马德文担任司徒。司马德文本年才十四岁，司马元显选择他也是因为他便于控制。

司马元显为人刻薄寡恩，生杀予夺随心所欲，他命人把东方各郡一些有罪之人带入京师，作为自己的嫡系部队，还把庐江太守张法顺等人引为心腹，这些人任人唯亲，结成朋党，一时间朝野上下议论纷纷，大家都深感不安。

孙恩虽然人在海岛上，但对朝廷的事情是一清二楚，他觉得有机可乘，就率部从海岛上岸，杀死了上虞（今浙江绍兴市上虞区）县令，对会稽郡（今浙江绍兴市）首府发起攻击。这时候的会稽内史是王凝之，他是大书法家王羲之的次子。王凝之资质平庸，但他的妻子谢道韫却是中国历史上有名的才女。

谢道韫，字令姜，是谢安的哥哥谢奕的女儿，也是名将谢玄的姐姐。有一次，谢安和晚辈在一起闲聊，天飘起了雪，谢安就让晚辈们形容一下飘雪。他的侄儿谢朗（谢安兄长谢据的儿子）吟诵道：“撒盐空中差可拟。”谢安摇摇头，不满意。谢道韫吟诵道：“未若柳絮因风起。”她把飘雪比作了被风刮起的柳絮，很有意境也很贴切，谢安对这句话大加赞赏。《三字经》里说：“蔡文姬，能辨琴。谢道韫，能咏吟。”后来“咏絮之才”就被用来形容女子特别有才华，富有智慧。谢家的谢道韫嫁给了王家的王凝之，也是门当户对的大家族之间的联姻，但谢道韫婚后并不幸福。她回娘家埋怨道：“天壤王郎！”意思就是天下之大，怎么会有王凝之这样的饭桶呢？谢安自然对她安慰一番，劝她好好过日子。

王凝之家世代信奉天师道，面对强敌，王凝之既不动员军队，也不加强防守，只是成天到道庵里叩头祈祷，口中念念有词，希望有天兵天将相助。属下请求迎击孙恩，王凝之说道：“不急，我已经向神仙借了数万鬼兵把守各个要道，贼寇不愁不灭。”等到孙恩的人马越来越近的时候，他才发现所谓的“鬼兵”并不灵验，这才发兵前去抵挡，但为时已晚，孙恩的兵马已经到达城下。

十一月二日，孙恩攻陷了会稽城，抓住了王凝之和他的儿子，将他们一同斩首。听说贼寇攻入城中，谢道韫镇定自若，她拔出配刀，亲手杀死了几个贼人，但还是被生擒。这时候她的丈夫和儿子都被杀了，孙恩又想杀死她的外孙孙涛，谢道韫凄然说道：“城池失陷，责任全在王家，和其他家族又有什么关系？如果你们一定要杀死我的外孙，就先把我杀了吧！”孙恩也久慕谢道韫大名，就放过了他们。后来谢道韫一直居住在会稽郡，直到去世。

吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐等人都弃城逃走。会稽人谢针、吴郡人陆环、吴兴人丘尪（wāng）、义兴人许允之、临海人周胄、永嘉人张永以及东阳、新安等共八个郡的民众杀死了郡里的官员反叛，十天之内，竟然聚集了数十万人。

吴兴太守谢邈（谢安弟弟谢铁的儿子）、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲（谢铁的儿子）、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的叛兵杀死。三吴地区已经很久没有战争了，郡县官员不知道该如何应付叛军，手足无措，纷纷逃跑。

孙恩占领了会稽郡，自称征东将军，逼迫士人做他的下属。他称手下为“长生人”，有胆敢不服从他命令的，就全家处斩。他还把一些县令剁成肉酱，命他们的妻儿吞食，如果拒绝的，就会被肢解。孙恩军队烧杀抢掠无恶不作，所经之地生灵涂炭。

孙恩还向司马德宗上表，公布司马道子和司马元显父子的罪状，说如果朝廷处死他们，自己就会罢兵。

司马德宗继位以来并不掌权，只是个摆设，司马道子也不专心政事，地方大员趁机扩张势力，石头城以南的地区被荆州刺史殷仲堪、江州刺史桓玄割据，以西地区被豫州刺史司马尚之割据，京口地区和长江以北被兖、青二州刺史刘牢之和广陵相高雅之割据，朝廷政令所达，只是三吴地区而已，如今孙恩又占了三吴地区的八个郡，顿时惹得人心惶惶。

孙恩派人潜入京师，伺机作乱，朝廷宣布全国戒严。司马德宗让司马道子假黄钺，任命司马元显为中军将军，徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴等郡军事，讨伐孙恩，刘牢之也出动军队讨伐孙恩。