从十二岁开始逃亡，一直逃到康熙四十四年，当时的朱慈焕已是七十岁出头的老人。满以为魔爪再也不会找上门来，不料就在那一年，尽管他拖家带口从宁波再一次逃到湖州长兴县，仍然未能逃过搜查。朱慈焕本人虽然侥幸躲过，但其家人遭了大殃，妻女六人上吊自尽，三子一孙被逮捕。

家庭遭此大难，朱慈焕依然顽强地活着。然而仅仅两年后，躲在山东汶上县的朱慈焕再也未能逃过追捕，被捕后押解京师受审。

康熙四十七年，七十五岁高龄的朱慈焕（王士元）在浙江受审，罪名是“谋反”。

他与官府进行了这样一场对话——

官府：“朝廷待汝不薄，何为谋反呢？”

朱慈焕：“数十年来，改易姓名，只是为了避祸。清廷有三大恩于前朝，吾感戴不忘，何尝谋反？”

官府：“什么三大恩？”

朱慈焕：“今上诛流贼，与我家报仇，一也。凡我先朝子孙，从不杀害，二也。朱家祖宗坟墓，今上躬行祭奠，三也。吾今年七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎？”

从对话可以看出，朱慈焕极力为“当今圣上”涂脂抹粉，并以有力的“证据”证明自己别说谋反，连谋反的想法都没有。然而并没有用，朱慈焕最终还是被康熙以“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心”凌迟处死，其余子孙也是一个不留，来了个斩草除根。