禹跟随祝融从羽山回到中土，有崇氏的族人们得知他是鲧的儿子，都非常高兴，称他为“文命”，少女们将花环戴在他的脖子上，长老将鹿角戴在他的头上，这是欢迎新首领才有的仪式。但父亲治水失败的往事在禹心里蒙上了一层阴影，他不敢以部落君长自居，常披着蓑衣、穿着草鞋，手不离耒耜（lěi sì），谦卑地向有治水经验的长老学习，徒步到各地考察洪水灾情。
禹认为要想彻底治水，必须弄清楚河源与山川形势，他向西寻找河源，一直走到了积石山，暮霭（ǎi）开始笼罩树林。他将耒耜插入脚下的泥土中，放下背囊，准备在林边歇息，却听得一阵风响，一只大鸟飞过来将他的背囊叼走了。背囊中除了干粮，最重要的是有他画的山川图，他顾不得多想，朝着大鸟飞走的方向追了上去。只见大鸟飞临一座高入云端的绝峰后，便失去了踪影。他脱下蓑衣和斗笠挂在路边的树上，手脚并用向峰顶上爬去，眼见日头彻底沉入了大地，天空挂满了星辰，他终于爬上了峰顶。峰顶是一个大平台，一座石屋孤零零地矗立着，他的背囊就放在石屋的门口。他走到石屋门前，向屋内施礼说：“下民文命，追寻丢失的行囊到这里，打扰了。”
屋内一个洪钟般的声音说：“人族的王来了，请他进来吧。”
门帘掀起，出来一个身穿紫衣、打着灯笼的少女。她向大禹施了一礼，说：“有请禹王。”
大禹惶恐地跟着少女进了石屋，看到少女背上生有两翼。室内极大，宛若一座宫殿，明灯高悬，正中铺席，席子上有两张木几，其中一张后面坐着一个身穿白袍的中年男子，面庞红润，目光如电，一头银发直垂到腰间，最令人瞠（chēng）目的是他背上有四个巨大的羽翼，流溢着金光。另一张木几空着，显然是为客人所准备。大禹暗想，莫非是上界神族？赶紧上前施礼说：“上神降临，文命惶恐。”说着就要下拜。木几后的男子一挥羽翼，一阵风硬生生将他拦住了，朗声说道：“禹王误会了，我辈并非神族，只是羽民国人罢了。”说着，便将自己的由来向大禹解释了一遍。
羽民国人与中土人无异，所不同的是他们背上生有一对翅膀，王族则生有金色四翼和一头银色的长发。他们居住在高大的树木上，在树木上建造房屋，与鸟为邻，通鸟语，制作的弓箭异常锋利，能够射穿五层犀牛皮的铠甲。羽民国原本在中土东南五千里之外，只因大洪水淹没故土，因而在君长霜月的率领下，迁徙到了积石山以西三千里的一处绿洲。他们占卜得知大禹西来，故而特地在此处等候他。大禹听完霜月的话，这才入了席，甫一坐下就拱手说：“在下不过是有崇氏一部族君长，不敢僭（jiàn）越，请您不要称我为禹王。”
霜月一笑，说：“禹王有所不知，我辈虽然愚钝，却有一项绝技，能卜未来之事。他日治水功成，万民必定拥戴您为王。”
大禹满面流汗，惭愧地说：“我只求能治水拯救万民，洗刷先父蒙受的污名，哪里敢有非分之想。”
霜月说：“这正是我请禹王来的目的。”说着，双手击掌，适才引大禹进门的紫衣少女走过来，将一卷图放在他面前的桌几上。
大禹展开图卷，只见上面写着“万国河岳图”五个鸟虫篆（zhuàn）字，各处的山脉走向、河流源头均画得十分仔细。霜月说：“我羽民国人凌空而行，身处万仞之上，对各处的山川河流非常熟悉，积数代人之功，画成了这幅图。希望对禹王治水有用。”
大禹高兴极了，起身向霜月行礼，说：“我的父亲用堵截的办法，始终不能一劳永逸，我考察河源和山川，打算用疏浚（shū jùn）的办法。有了这幅图，治水就有希望了。”
霜月起身还礼，说：“禹王治水，九族协同，到时候霜月一定率领族人助力，但愿洪水早日消退，回归故土。”两个人又说了一番话，不觉间窗外破晓。大禹与霜月辞别，只见霜月与那紫衣女子羽翼高举，顿时风起，不一会儿便消失在渺渺青冥之中。大禹走到崖边，放眼望去，万壑（hè）奔流，群山苍茫，一轮巨大的朝日冉冉升起。
没过多久，尧帝禅位给了舜帝重华，部落君长们推荐大禹担任治水的主官，传召的使者很快就将大禹带回了都城。舜帝亲自向禹询问治水方略，大禹陈述了开挖河道、疏浚河流归海的办法，得到了舜帝的认同，当即任命他为水正—这曾是他父亲担任过的官职。
大禹首先从危害最严重的黄河开始治理。他想起曾考察过的积石山，那里堰塞（yàn sè）成湖，积石山挡住了河流，周围尽成泽国。他率领着十几个部族的人西进，先用火烧石头，然后再浇上水，使山石炸裂，清理出了一条畅通的道路。然而，开凿积石山时，刚一点燃火，天上便下起了大雨，火被浇灭。再点燃，再次被浇灭，连续多次都失败了。大禹望着山石说：“我奉帝命治水，一路畅行无阻，凡遇山、遇水，山神与水神必定相助，在此处一再受阻，必定有妖。”他拔出宝剑，对着山石挥下，一声巨响，巨石一分为二，一只乌青的蛟龙从石中飞了出来，团团浓雾喷涌，天色变得昏暗。蛟龙张牙舞爪扑向大禹，千钧（jūn）一发之际，只听天空电闪雷鸣，一只金色的应龙从天而降，迎战蛟龙。两只龙在空中撕咬起来，鳞甲翻飞，击落的鳞片如同飞矢。大禹率领民众赶忙躲到了山后。不一会儿，打斗声停息了，天色也晴朗了，大禹和躲藏的民众走出来，只见蛟龙被咬断了脖子，耷拉着脑袋躺在水中；应龙蹲踞在积石山的最高峰上，发出了一阵响亮的龙吟。它看到大禹走到山前，张开两翼在空中盘旋了三圈，缓缓落了下来，口吐人言说：“禹王开山，应龙自当为先锋。”说着，飞向被剑劈开的狭窄水道，用锋利的爪子挖掘山石，顿时巨石滚滚，一条巨大的峡谷便产生了。大禹率领民众清理碎石，彻底疏浚了黄河、大夏河和清水河，消除了这里的堰塞，被淹没的田野、城郭、村庄渐渐露出了水面，人们开始恢复正常的生活。
在此后十年的时间里，大禹率领诸部族开凿了九座大山，疏浚了多条大河，就连远方的巨人族也接受了他的领导。淮水是大禹治水生涯中最为凶险的一战。当时天下水患已基本消除，只有淮水流域依旧不安宁，当地的部族君长告诉大禹，淮水之所以为患，是因为祭祀水神无支祁不够虔（qián）诚，用六玉祭河，水患就会消除。大禹生气地说：“一方水神，应保境内风调雨顺，使百姓安居乐业。为害百姓，必定不是神，而是妖。况且六玉是用来祭祀天地四方的，小小水神，怎么配用六玉祭祀！”他当即向各部族君长发布命令：明天齐集河畔，对淮河拥塞之处进行疏导，修复河堤损毁之处。然而，他的命令刚一发布，河水便暴涨，浪头所到之处仿佛一张大嘴，贪婪地吞噬（shì）河边的田地和房屋。大禹对助手伯益说：“必定是妖孽作怪。”伯益立刻让擅长射箭的族人们准备强弓硬弩，朝着浪头万箭齐发，巨浪中顿时传出一阵野猪般的嚎叫声，一只猪身龙头的黑色怪物翻滚着露出水面，倒毙在地，洪水很快退去了。
水怪被杀死的消息传遍了河畔的所有营地，各个部族张灯结彩，仿佛过节一般，都准备第二天大干一场，彻底终结淮河的水患。后半夜的时候，人们都进入了梦乡，淮河的水底忽然浮出一群火红的蝙蝠，朝营地上空飞去。这些火蝙蝠一沾上营地的茅屋，便燃起熊熊大火，很快所有部族的营地都燃烧了起来，大禹和伯益赶紧组织民众救火，应龙则飞到空中喷洒雨水灭火。火熄灭的时候，天已经亮了，一轮血红的太阳升起在污浊的天幕上，大战即将来临。
各个部族集合在淮水岸边的一块高地下，等候大禹誓师。只见大禹手持宝剑，左有应龙，右有伯益，缓步走上高地，大声对民众说：“文命本为鲁钝之人，受帝命治水，至今已十多年了。今日水怪作乱，我必秉承天命，诛杀之。”高地之下，呼喊声雷动，负责号令的士兵们擂起了战鼓。大禹拔出剑，朝河边走去，只见河水开始翻滚，大片雾气从河面上升起，伯益立刻号令民众点起灯笼火把。大禹看得十分清楚，雾气是水中的怪物造成的，他提着剑跳入水中，一剑刺向怪物，却一下涌出无数怪物朝他袭来。应龙和伯益一见，也跳入水中与怪物搏斗，民众们纷纷操起武器，跳进水中厮杀，水面被殷红的血染红了，雾气散去，岸上的士兵敲起了胜利的锣鼓。
就在众人要欢呼胜利时，忽然一声巨响，水面上涌起一个十丈高的巨浪，浪中站着一只巨猿，头上长满白毛，铁青色的身躯，手中挥舞着一根铁棍朝大禹打来。淮水巨怪无支祁终于露面了！巨人族的勇士伯明、伯亮见大禹有危险，一人捡起一块巨石扔了过去，无支祁看也不看，倒转铁棍将巨石反击了回去，伯明伯亮两兄弟躲闪不及，顿时殒命当场。应龙展开双翅，舞动着尖利的爪子，从空中俯冲而下，在无支祁的脸颊上抓出了两道血痕。那巨猿却摇身一变，化作一只螭（chī）龙，与应龙撕咬在一起。大禹见应龙渐渐处于下风，怒吼之下忽而化作一只巨熊，挥舞熊掌和应龙一起夹击无支祁，顿时地动山摇，巨浪滔天。民众们也纷纷跳入水中，有的用长矛刺无支祁的腿，有的用斧子砍他的脚，大战正酣之际，从水中飞出一条黑龙，不断吐出黑色的雾，一时间白昼变成了黑夜。岸上的伯益立刻下令点亮灯火，但即便是最亮的火把也无法穿透这黑暗。那些幽灵般的火蝙蝠更是隐藏在黑暗中，像鬼魂一般偷袭人们。
化为巨熊的大禹眼前什么也看不见，无助地挥舞着两只巨大的熊爪，凭感觉与无支祁厮打。就在他快要绝望的时候，忽然看见黑雾中出现了一盏明灯，犹如流星飞降，接着，无数的灯笼漫天而来，穿透了黑暗，犹如群星降临。伴随着风的声音，无数白色的身影凌空而来，是羽民族来了，他们在霜月王的率领下，赶上了最后一战。这些善射的羽民，宛如流动的风，他们射出的箭百发百中，那些躲在暗中的火蝙蝠都成了靶子。吐雾的黑龙正欲逃遁，刚巧被霜月赶上，一剑砍下了脑袋。无支祁陷入了孤立，很快被大禹和应龙合力制服，捆绑到了岸上。霜月正挥剑就要诛杀，却被大禹阻止了。他神色凝重地说：“无支祁虽然为患，但真正作恶的是黑龙和猪身龙，如今都已被诛杀。淮水确需一位神祇（qí）镇守，不如铸造一条铁链将他锁住，囚禁水底。只要他能保淮水两岸风调雨顺，赎尽罪孽，就允准他再世重生。”
没过多少日子，善于冶铁的上虞族铸造了一条碗口粗、三百丈长的大铁链，大禹命令巨人族在淮水底部的巨石山上穿了一个孔，并将这座石山命名为“镇妖石”，将无支祁锁在了水底。无支祁留下的那根铁棍，本该丢弃到大荒山去，但竟然重逾万斤，大禹想到水患已平，百川归海，还缺一个定子，不如将它置于东海，做一个定海神针吧。就这样，这块顽铁在海水中沉睡了很多个世纪，直到无支祁的精魂化为石猴，它才再度出世，那是另一个神奇的故事了。
大禹治水有功，得到了各个部族的一致拥戴，巨人族防风氏、羽民族霜月氏，皆愿尊奉他为王，于是舜帝重华将帝位禅让给他。由于大禹治水的功绩和他半神的力量，后世将他与尧帝、舜帝一起尊奉为“三官大帝”，成为天界大神。
“大禹治水”的故事见于《荀子》《楚辞》《吕氏春秋》《吴越春秋》《淮南子》《拾遗记》《太平御览》等书，其中以《吴越春秋》和《拾遗记》的记录最为详细。《吴越春秋》是东汉学者赵晔所撰的一部记录春秋战国时期吴、越两国历史的史书，也包含了部分神话内容。