魏晋南北朝近四百年的分裂，虽然造成了政治形势的混乱，但是对于思想和学术来说，这一时期却并非黑暗的中世纪。这个时期，中国哲学史的重要变化大概体现在以下三个方面。首先是玄学的出现。玄学是中国哲学史上一种极为精致的思辨形式，也是中国思想的第一次重要融合的产物。儒家哲学与道家哲学的有效结合，对中国哲学史的发展过程起到了很好的调节作用，改变了汉代烦琐、复杂的学问风格。其次是道教的兴起和发展。或许是出于死亡的恐惧、养生以及各种基于修养身体需要的实践（比如丹道），在这期间道教思想不断涌现，各种道教流派也逐渐形成并完备，从而成为中国思想传统中与儒家和佛教鼎立的重要思想资源。最后是佛教传入中国并且实现中国化发展。这一时期佛教完成了其中国化的制度和理论的双重建设，从而完美地融入中国文化主流。

对于隋唐时期的中国思想发展来说，儒家在形式上仍旧占据主导，但在事实上却影响甚微，尤其是在佛教和道教迅速发展的背景下。佛教和道教给儒家带来的挑战，不仅是理论上的，也是制度上的。隋唐时期，在佛教和道教的双重压力之下，儒家的发展空间被严重挤压，其社会影响更是无法和佛、道相比。这个阶段对于儒家的发展来说，可谓是一个黑暗期。直到中晚唐，一批有识之士开始对这种状况进行反思，并积极谋求改变。在这种情形之下，理学也就应运而生了。理学的出现是中国哲学思想第二次重大的融合，即儒家哲学通过融合佛教、道教思想资源，从而获得新的生命力，实现自身的新发展。