基于独特的个性，王充的思想是有其特别之处的。王充立论的根基，是气一元论。气即元气，是中国传统哲学中用以表达物质存在的基本范畴，在传统观念中，气是产生天地万物的根据，故而王充称“元气，天地之精微也”（《论衡·四讳篇》）。这种至精至微的气，是世间一切现象存在的根据，在逻辑上先于一切具体事物而存在。那么，气又是如何产生万物呢？“天地合气，万物自生”（《论衡·自然篇》），“夫天覆于上，地偃于下；下气蒸上，上气降下，万物自生其间矣”（《论衡·自然篇》）。气是运动的，盈于天地之间。天有天之气，地有地之气，即阴阳二气。在气的运动过程中，万物也就产生了。“天之行也施气，自然也。施气则物自生，非故施气以生物也。不动，气不施；气不施，物不生；与人行异。日月五星之行，皆施气焉。”（《论衡·说日篇》）在王充的解释中，物之生，源于气之施，即气之动。气的运动成为解释万物生成的根据，但气的运动并非出于某种特定的目的，这就取消了天或者神等意志在万物产生过程中的作用，而将万物的产生归结为一个自然的过程，所谓“天动不欲生物而物自生，此则自然也。施气不欲为物而物自为，此则无为也。谓天自然无为者何？气也，恬澹无欲，无为无事者也”（《论衡·自然篇》）。以“自然”和“无为”来限定万物产生之过程，即取消了意志性、目的性的因素在万物产生过程中的作用，万物的产生因此被描述为基于气之运动的自然过程，这是王充气一元论思想的基本内涵。同时，我们也可以很明显地看到道家思想对其的影响，王充本人也明确地承认自己的论述“虽违儒家之说，合黄老之义”（《论衡·自然篇》）。当然，这里需要指出，王充对于“自然”讨论的最大特色，就是把“自然”和“无为”联系在一起，这是之前思想中从未出现过的。

气既为万物之根据，人自然也不例外。故而王充对于人性论的讨论，就是从气的角度出发的。对于人性的问题，历史上有诸多的解释，王充从人禀气而来这一基本前提出发，认为人既然是因气而生的，气是有厚薄的差异的，那么人性就必然是有善有恶的，所谓“禀气有厚薄，故性有善恶也……是故酒之泊厚，同一曲蘖；人之善恶，共一元气；气有多少，故性有贤愚”（《论衡·率性篇》）。因此，在王充这里，人之善恶，取决于人所禀受之气的厚薄，所谓“用气为性”（《论衡·无形篇》），气成了决定人性善恶的关键。现实中的人，其性之善恶，就取决于他们所禀受之气。就逻辑推论来说，气的厚薄不同，自然就决定了在现实的人性中有善、恶、有善有恶三种不同的可能性。王充以此来评价孟子以下至刘向的曾在历史上出现过的各种人性学说。“余固以孟轲言人性善者，中人以上者也；孙卿言人性恶者，中人以下者也；扬雄言人性善恶混者，中人也”（《论衡·本性篇》），中人是有善有恶的，其上为善，其下为恶，这是由于气禀的厚薄不同。显然，这一论述也表明王充对于人性问题的看法，与董仲舒的性三品之说，实殊途同归。如果单从气一元论的逻辑来说，这种推论是顺理成章的，但是问题在于气本身是否具有善恶之属性。王充本人对此的看法是矛盾的，他既言“人禀天地之性，怀五常之气”（《论衡·本性篇》），又说“气也，恬澹无欲，无为无事者也”（《论衡·自然篇》）。这种矛盾说明王充的理论本身存在着一些缺陷，王充自己也说过“若反经合道，则可以为教；尽性之理，则未也”（《论衡·本性篇》）。而对于王充来说，重要的是“若反经合道，则可以为教”，即从人性出发，强**化的作用。“论人之性，定有善有恶。其善者，固自善矣；其恶者，故可教告率勉，使之为善”（《论衡·率性篇》）。这在某种意义上与荀子的人性观念，有着相同的旨趣。

气禀不仅赋人以性，同样也赋人以命，而且这一过程是同时发生的，没有先后的差异。所谓“命，谓初所禀得而生也。人生受性，则受命矣。性命俱禀，同时并得；非先禀性，后乃受命也”（《论衡·初禀篇》）。命运，在中国传统中也是一个非常重要的概念，王充对于命的理解源于《白虎通德论》。按照《白虎通德论》的解释，命有三种，所谓“命有三科以记验。有寿命以保度，有遭命以遇暴，有随命以应行”（《白虎通德论·寿命》）。作为经学法典，《白虎通德论》的观念具有普遍权威性，王充对于命的观念以《白虎通德论》为来源，也是情理中的事情。不过，王充只接受寿命（正命）和遭命的观念，而坚决反对随命。何谓随命？即基于人的现实行为所产生的福祸结果，而王充认为这二者之间是没有直接联系的，“性自有善恶，命自有吉凶。使吉命之人，虽不行善，未必无福；凶命之人，虽勉操行，未必无祸”（《论衡·命义篇》）。换言之，随命问题考虑的是人的行为是否可以改变命运，而这在王充看来是不可能的。在《幸偶篇》和《逢遇篇》中，王充通过对人生的经验考察，认为决定人生真实境遇的就是命，而命是不可以改变的，它与主体行为之善恶本身无必然之关系。所以，王充认为人的命运是确定的，自人禀气而生开始就已被确定，所谓“用气成性，性成命定”（《论衡·无形篇》）。当人禀气而生之际，人生的富贵夭寿就已经决定了，人不可以通过自身的行为来改变命运，而只能通过“骨相”“天象”来预知。这样的观念显然与王充的批判精神截然不同，王充在历史上自然受到了批判。当然，与其说这种命定论的思想与王充的批判精神是矛盾的，倒不如说这与王充自身的现实遭遇有很大的关系，其背后是一种无奈的情绪。

无论是对于气、性还是命的阐释，王充的论述都有一个基本的出发点，那就是经验。《实知篇》《知实篇》的名称，就很明确地表明了这种倾向。在王充的学术体系中，非常强调经验的重要性，认识的有效性是建立在经验的基础之上的，所谓“事莫明于有效，论莫定于有证。空言虚语，虽得道心，人犹不信”（《论衡·薄葬篇》）。“有效”“有证”强调的即是在现实中能够得到验证，唯其如此，才能说是正确的，否则就是“空言虚语”。但经验事实并不是唯一可靠的标准，因为经验事实本身具有复杂性，单靠经验，难免会出现谬误，所以在强调经验的同时，也应当重视人的理性思维，“论则考之以心，效之以事，浮虚之事，辄立证验”（《论衡·对作篇》）。所以，对于王充来说，经验事实是判断人认识的真伪的首要根据，同时，亦需要以人的理性思维来考订人的认识。唯其如此，才能真正达到验证认识的有效性的目的。

在元气自然的思路中，王充思想具有独特的意义。在汉代那种特殊的思想氛围下，重视独立思考的能力是值得肯定的。可能也正是因为如此，如章太炎等近代学者才给了王充独特的尊崇。