“天人三策”应该是了解董仲舒思想最为重要的文献之一。前文把“天人三策”置于秦汉中国社会转型的脉络中分析，也是这一文献的特殊所在。关于“天人三策”存在诸多复杂的争议。首先，历史上是否曾经发生过董仲舒上“天人三策”这一事件？目前我们所看到的“天人三策”文献来自班固的《汉书》，然而司马迁的《史记》却只字未提。司马迁是生活于汉武帝时代的人，并且与董仲舒可能存在师承关系（董仲舒为司马迁之师）。在这样的前提下，何以司马迁对此事只字未提？其次，上“天人三策”是哪一年发生的事情？目前有建元元年（前140）、元光元年（前134）以及元光五年（前130）等几种说法，莫衷一是。但我倾向于认为上“天人三策”是确实发生过的事情，此事发生的年代应该是在元光元年。这一年，窦太后去世，汉武帝迎来真正意义上的亲政，这对于汉武帝来说是真正施展抱负的开始。至于司马迁未提及此事，可以从情感和事实两个方面进行解释。从情感上来说，司马迁不太能接受董仲舒对于儒家思想的这种调整；从事实上来说，《史记》的成书存在重新整理的问题，个别内容可能亡佚。因此，以《汉书·董仲舒传》所保留的“天人三策”作为对董仲舒思想考察的重要文献，也是没有问题的。

汉初，朝廷选拔官员的一种重要形式就是举贤良方正（即是品德和能力突出的人）。所谓“举”，就是推举，根据朝廷的需要进行推荐选拔。这是在儒家经典被立为学官之前，即以经典考试形式来选拔官员的制度（后世的科举制）确立之前，朝廷选拔官员的一种非常重要的形式。元光元年，汉武帝迎来了自己真正意义上的亲政，终于可以大展宏图。在这个背景下，举贤良方正也是顺理成章的。董仲舒就是在这次举贤良方正中参加了策问。策问实际上就是天子面试、天子出题，参与者根据天子所出题目进行回答。在这次的策问中，汉武帝总共提了三个问题，董仲舒围绕着这三个问题进行回答。董仲舒的回答，是以天人感应作为基础的，所以这次的策试被称为“举贤良对策”，又称“天人三策”。

从《汉书·董仲舒传》来看，汉武帝的提问主要关心三个方面的问题。首先，政治统治的根本道理是什么？在汉武帝看来，“改制”（制度改革）和“作乐”是政治统治的两种基本形式。可是几百年来，统治之道不断被破坏，很多人力图改变现状，然而收效甚微。那么所谓的天道究竟何在？其次，历史上有些君主统治期间非常忙碌，有些君主非常悠闲，有些君主用刑罚统治，有些君主用仁德统治，究竟什么样的方式才是有效的统治方式？最后，在政治中应该如何具体实现天人感应？从总体上来说，汉武帝的提问关心的是政权建构的基本问题，是极具远见和重要性的问题。“何行而可以彰先帝之洪业，上参尧舜，下配三王？”（《汉书·武帝纪》）这才是汉武帝这位有雄才大略的君主真正关心的，他所关心的并非权宜之策，而是对国家、社会有根本性意义的解决之道。

董仲舒的回应也具有重大意义。董仲舒的回答，主要涉及四个方面的内容。首先是天人感应、君权神授。这是对政治统治基础的阐释，也是汉武帝极为关心的问题。董仲舒的解释，实际上为两千年的政治制度奠定了基石。其次，改正朔、易服色。这是针对汉代统治的具体要求，也是天人相应的具体表现。这就是所谓的新王改制，这种改制具有非常重要的象征性意义，代表一个新王朝的开始。再次，“兴太学，举贤良”。这是从具体制度上满足了政治统治的人才需要，因为人才是一个政权进行有效统治的基础，也是维系有效统治的必然要求。最后，推明孔氏，春秋大一统。这是董仲舒建议中最为关键的一个基本原则，以儒家来实现大一统，所谓“诸不在六艺之科孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”（《汉书·董仲舒传》），而这个原则也是汉武帝所认可的。经由董仲舒的阐发，儒家思想对于汉武帝的政权来说就有了基础性的意义，而这样的形式，也成为帝制时代政治的基本运行方式。

汉武帝对董仲舒的对策应该很满意，这从后来汉武帝所采取的措施中就可以看出。在汉武帝的重要措施中，跟这次策问有密切关系的主要有以下两个。首先是设立五经博士。儒家经典被立为学官，使得经学这一传统时代的学问形式得以确立。这是从太学教育的角度出发的，也是对董仲舒推明孔子、立太学的积极回应。其次是设立五经博士弟子员。所谓“弟子员”就是招生的名额，五经博士均可在太学招收一定数量的弟子员，这些弟子员经过经学的学习和考核，合格即可以授予官职。这对于儒家来说是具有重大影响的事件，儒家由此掌握了候补文官的教育，从而奠定了其在传统社会的影响力。