再说军事，虽然这三场战争都赢了，却并不能说明明军是强大的，因为每一场都打得用尽全力、精疲力竭，是勉强撑下来的。平哱拜，最后不得已用了下策，若不是借着地势优势，放黄河水淹了人家，要想赢得战争怕是还要多费些功夫，逐日本，是在战争与议和的界线上来回反复，拖啊拖啊，拖得丰臣秀吉死翘翘了，才趁机反攻歼敌的，就连收拾一个西南山区的小土司，都是两次输惨了以后，举全国之兵力，把在外作战的大将调回来才胜利的，所以虽然三场战役都以胜利画上句号，但是战争细节反而暴露出明军作战能力的疲软，而且不同的地方水平相差太大。曾经戚继光、李成梁等良将训练出的军队是很硬，但其他地方草包就很多了，比如哱拜就是因为看见宁夏的明军跟自己差太远才坚定了造反的念头，杨应龙也是在遭遇了川军的软弱以后信心倍增。

更令人感到脊背发凉的是，明朝的官军并不是组成国防力量的全部基础，在明朝的边疆地区，常常会依赖当地拥兵盘踞的土霸，或是长期驻守的将领私自组织的“家丁”作为防御力量，这些人无疑构成了明朝军事安全的严重漏洞，哱拜如此，杨应龙亦如此，格外讽刺的是，明朝用来平息两场叛乱的军队重要组成部分，依然是“并未谋反”的私人家丁军或当地土军，与“已经谋反”者性质完全相同。

除此以外，频繁发生在军队中的哗变问题也从未得到过足够的重视，据不完全统计，万历即位以来发生过的兵变数量就达到七次，而如此多的兵变发生的原因不外乎补给不足、待遇太差，可张居正变法的条令被逐渐废弛之后，万历也并没有拿出什么实质性的举措来解决这个问题，当宁夏充分暴露出兵变的态势后，万历依然没有看到平叛的成功背后，是多么巨大的蛀洞。

明军的战斗力衰弱，还有一个原因是“以文制武”之风盛行，虽说文武制衡之举可以很大程度上减少武官拥兵坐大的危险，用文臣固有的“忠君”思想来左右武官的行动也能起到防患于未然的作用，但文官权重在战场上也常常会导致错误决策，明末文官的风评也不怎么乐观，不切实际、瞎指挥是严重的问题，还是回到万历三大征的背景中，哱拜反叛导火索是党馨的狭隘，李如松的无奈辞呈也是因为和宋应昌的矛盾，文官不晓得战局而一味以冥想凌驾于武官之上颐指气使，武官不甘受指挥轻于文官但权力有限，战场上就往往会出现文武不和、将帅争权的困境，这对于军队战斗力实在是无谓的消耗。

综上所述，一个庞大帝国的国防能力这么脆弱，万历注意到了吗？存在于明朝军事上的种种隐患，万历反思过吗？如此勉力完成的大型征战，明军要休整多久才能恢复战斗力？如果还有第四场战役，他们还撑得住吗？当女真的铁蹄踏燃辽东新的烽火之后，外强中干的军事就要暴露它真正的不足了，而且刚刚打完十年大仗的军队，也疲惫得厉害，没力气再战了。这，也是三大征无法忽视的大创。