表面上杨应龙对明朝廷恭敬非常，一切相安无事，但是在他的老家川黔一带，却是矛盾重重、纷争迭起。在杨应龙的势力地区播州，除了杨氏一族最大的宗主，还有其他五个长官司及其下七个影响力比较大的家族部落，被称为“五司七姓”。虽然说按照明朝订立的官制杨应龙应在五司七姓地位之上，但是这其他几个家族却并不是都承认与杨应龙的上下属关系，他们常在当地因各种仇怨互相不满挤兑，当然，也因为长期共存而有着难以分割的姻亲关系。杨应龙本身也是个贪婪残暴、自负非常的人，别看他对明朝廷态度恭敬，在地方上却是名副其实的霸王，这导致他和地方土司乃至当地巡按关系都不是很和谐，因为树敌过多，来自播州内部向朝廷告发杨应龙的声音一直不绝。对于播州的动静，朝廷起初并没有太在意，毕竟西南遥远，杨应龙进贡的态度还算良好，但是杨应龙自己却不知收敛，面对告发他的人，杨应龙采取了残酷的暴力手段，引得声讨之呼更甚，后来有人说杨应龙是因此遭到了地方其他土司的嫉恨，被陷害、逼迫后不得不走上造反之路，他本身是一个“深得苗人拥护”的首领。不过我并不赞同这种观点，虽然并不能断定在杨应龙与其他土司交恶的过程中到底谁是谁非多一点，但就凭他能给皇帝大兴土木提供坚实的货源赞助，应该就不会给当地的百姓什么轻松和谐的生活环境。而且正史对其的记载也是“骄横跋扈，作恶多端”，所以他应该是一个不怎么受当地人喜欢的土司，哪怕他是名义上的最高领导。

万历十七年（公元1589年），杨应龙“伐木——上贡”的安分彻底打破，因长期的烧杀作恶，又难掩野心被地方的其他家族告发叛乱，但因为这叛乱位于西南边陲，川、黔交界处，两地官员向朝廷报告、建议的态度也截然不同。杨应龙与四川关系比较密切，也许还存在收受贿赂的交易，所以四川方面的意见是杨应龙罪不当剿，主张安抚息事宁人；而贵州态度完全相反，告发杨应龙者也都是去贵州告状，这里是事发地，主事的头儿是我们前文讲过的宁夏平乱中勇猛异常的将领叶梦熊，叶的暴脾气把杨应龙的罪责列了整整二十四条，一力劝进万历出兵剿灭这家伙。川黔双方主张不一，而更重要的是，大明正在宁夏和朝鲜（万历三大征的其他两场战争）战场焦头烂额，没工夫专门管这个小**，杨应龙的问题至少在眼前还是属于地方土司内部矛盾，西南之地川兵又一贯较弱，镇守的兵力还是要仰仗土司世世代代的士兵。而杨应龙这厮也是看准了朝廷急着用人的时机，借着拥兵一方的势力上演了一幕浪子回头负荆请罪戴罪立功的苦情大戏，在洮河事变中替明朝廷出了力。

事变过后，杨应龙的问题再次引起了川贵两地官员的争论，争论时间已拖延了很久，重点无非就是杨应龙的存在是否会对明王朝的统治产生威胁。四川方面一味包庇宽宥，恐有受贿之嫌，而贵州方面咬死了要剿灭然后改土归流，也有垂涎播州富庶优越的成分，无论如何川贵官员的相互倾轧之词都不能作为贸然下决定的依据，万历也犯了难，最后决定先派人去实地考察一下杨应龙在西南的具体表现，再做打算。万历二十年（公元1592年），杨应龙在重庆被调查后竟判了个“当斩”的结果，不过这结果还没有最终确定，朝鲜的战争就大规模爆发了，杨应龙赶紧上疏搞表现，说要带兵为国分忧，直捣离他十万八千里的前线战场。杨应龙在西南角，朝鲜在东北角，满怀**隔着一整个中国去参战的杨应龙还没走到一半就毫不意外地被叫回去了，回到家屁股还没有坐热，又收到了四川的提审令。原来四川的官员换了人，新上任的官员对杨应龙态度一百八十度大转变，杨应龙感到恼火，之前要为万历征战朝鲜，万历都答应了，怎么四川巡抚又要查我！于是他违抗了来自四川的调查令。这就使得杨应龙“不服听勘”有了实锤，川贵意见达成一致，万历的注意力又基本放在紧张的朝鲜战场上，剿灭杨应龙的决策便很快就下达了。

万历二十一年（公元1593年），明朝廷军第一次进西南发起了对杨应龙的征剿。出乎意料的是，这一场战役打得朝廷颜面扫地，杨应龙手下的士兵竟将明军打得惨败，万历虽然不爽，但是朝鲜战场的压力显然更大，实在无暇顾及西南丢掉的面子，最后双方各退一步，杨应龙乖乖接受调查，朝廷革了他宣慰使的职位，但允许他儿子杨朝栋接任，次子杨可栋则必须要抵押在四川替他缴纳一大笔钱以示惩戒，播州原本所辖土地划出一部分归贵州接手，和他一同把朝廷军打得屁滚尿流的随从要交出来听凭发落。

本以为如此结果就能将西南发生的动**彻底平息，然而，事情却又向诡异的方向转去。杨应龙留在四川缴纳赎金的次子杨可栋，竟然在全额银两还未到位的时候，就突然死在了当地。儿子的死讯犹如晴天霹雳，给杨应龙巨大的震动和打击，悲痛之余他想要立刻领回儿子的遗体安葬，可是与杨可栋之死脱离不了干系的重庆府非但没能给杨应龙一个合理的解释和交代，反而以没有调查清楚、赎金没有缴足的借口一再拖延遗体返还之事，杨应龙被激得大怒，连要重庆府还他儿子命来，才会交剩下的赎款。人死自然无法复生，杨应龙也就自然不会再乖乖听从明朝廷的话，之前商议好的妥协方案就此破裂，杨应龙知道朝廷随时有可能以此为凭据对他进行再一次的征剿，所以自万历二十四年（公元1596年）夏天起，他便彻底开始着手具有反叛性质的自卫大业，招兵买马、排兵布阵的同时，播州一带曾与杨应龙有仇怨的家族、个人，都被悉数屠杀，有钱的大户也被杨应龙肆意劫掠，钱财用来作为战争的准备。

杨应龙的表现被万历尽收眼底，如果说他一开始被贵州巡抚垂涎领地、重庆府不公对待是无辜，那后来的屠杀劫掠之举却是无法洗地，叛心昭然若揭，只不过朝鲜战场正是胶着，万历只得暗暗攥紧了肉乎乎的拳头，心想，你给朕等着。