朱元璋逝世没多久，朱棣发动“靖难之役”夺得皇帝宝座。朱棣继位当年的七月下诏，令一批官员进入文渊阁，为皇帝提供参谋建议，这被认为是明朝内阁正式设立的标志。那么朱棣为什么要设立内阁制呢？

两个原因，一来朱棣虽然也是马上天子，但其生长于承平时期，他的精力难以比拟朱元璋，朱元璋尚且需要帮手，朱棣怎么会不需要呢，只不过相比起父亲，朱棣的智囊团人数更多、更专业而已；其次是为了交好文官集团，朱棣的皇位来源不正，在这件事上其与文官集团多有对立，设置内阁就是朱棣拉拢文官集团的一种手段。

但朱棣毕竟是一个经验丰富的政治家，他设立内阁并不是一味让渡权力给内阁成员，而是很讲究“平衡术”，这一点从内阁的设置就能看出，朱棣亲自选定的首批阁员有解缙、胡广、黄淮、杨荣、杨士奇、金幼孜、胡俨等人，朱棣对他们的要求是“并参国家政务，以低秩之官品佐朝廷之事”。这些人中既有前朝旧臣，又有新晋官吏，有能人才学之士，也有朱棣的忠诚心腹，且大多历经翰林院而供职（后代升内阁者大多经翰林院历练方可成阁老，这个规矩也是此时开始形成的），大多有才气显外，名声显赫，但官品不高，面对京城的大官不敢轻易冒犯，以此达到朝廷上的平衡。由此观之，不得不说朱棣设立内阁一事确实煞费苦心。

也正因为这样，永乐一朝时内阁的地位虽然比洪武时期有了显著上升（至少是一个常设机构了），但其握有的权力依然很小。从职责上来说，这只是一个供皇帝咨询政务的机构；从内阁阁员的品级来看，不过是五品的中级官员，其地位还抵不过外省的一个知府（四品），更不用说二品的六部尚书了；从内阁的机构设置来看，内阁没有专门的下属机构，不能直接掌握行政权力，朝中大臣可以直接向皇帝上奏，无须经过内阁。终永乐一朝，内阁不过是永乐大帝为了达成其盛世要求所使用的一个工具而已。