宝钞退出流通其实原因也很简单，那就是短时间内宝钞发生了严重的贬值现象。洪武九年（公元1376年），在大明宝钞发行一年之后，明朝政府下令禁止民间以金银及实物交易，凡是违法的一律严惩不贷。不久又下令实行“钞钱双轨”的制度，大的交易使用宝钞，而小的交易使用铜钱。之所以出台这么严格的措施，是为了保证宝钞的顺利推行，按照朝廷的设想如此严格的货币制度，必定能保证大明经济运转通畅，然而宝钞发行不到十年，令朱元璋最害怕的事情发生了——宝钞开始贬值了，力度还不小。
洪武十七年（公元1384）朱元璋下令停止印制宝钞，给出的理由冠冕堂皇，说现在四海升平、经济发达、国库充足，就不用造那么多宝钞了，实际上经济发展如果真这么快，按道理来讲货币应该是不够的，所以不光不能停止印钞，反而还得加大力度印制宝钞，因而朱元璋在说谎，停止印钞的原因绝不是钱够用了，而是钱太多了，已经影响正常生活了。史书记载或许能告诉我们真相，先来看官方，古代官员的俸禄多是发粮食、布匹等实物，但因为宝钞是明朝政府的法定货币，加上明朝初年货物短缺，所以政府规定部分工资用宝钞来抵扣。洪武九年的时候朝廷规定“一石米折合宝钞一贯”，等到了洪武十八年（公元1385年）朝廷的折算标准已经变成了“2.5贯宝钞抵一石米”，不到十年时间宝钞的价值竟然下跌到仅剩原来的40%，而这还只是官方的，要知道朝廷给官员发工资那当然是能少给就少给了，所以政府定的宝钞价值还是偏高的。
当我们将目光投向民间，会发现宝钞的贬值更加惨不忍睹，两浙地区是商业发达地区，洪武二十三年（公元1390年）朱元璋了解到一贯大明宝钞在当地仅能兑换二百五十文铜钱，而到了洪武二十七年（公元1394年）大明宝钞一贯更是仅仅值钱一百六十文，尽管朱元璋曾三令五申要求民间必须按朝廷订立的比例兑换宝钞和铜钱，但并没有什么效果，也就是说在民间到洪武末年为止，宝钞的实际价值已经不到原始发行价的20%了，而这样的贬值还是在洪武十七年朱元璋下令停止印制宝钞有所遏制的情况下发生的。
宝钞以肉眼可见的速度进行贬值，从洪武末年开始民间的大宗交易，例如买地买房这些，交易双方在有白银和铜钱的情况下多用白银铜钱交易，如果没有，宁愿用米麦丝绸等实物来进行交换，也不愿使用大明宝钞（极少数情况会用），显然民间对大明宝钞的信用亮起了红灯。由此可见朱元璋晚年宝钞的状况已经岌岌可危，然而年迈的朱元璋也没有精力再去处理这一问题了，宝钞的问题只能留待后世皇帝解决，朱允炆在位四年，主要的工作就是跟朱棣干仗，既没有时间也没有余力去处理纸币问题，就这样皮球被踢到了朱棣脚下。
靖难之役后朱棣登上了皇位，然而四年的战乱也严重打击了明朝的经济，首当其冲的就是国家法定货币大明宝钞，战争使得无论是官方还是民间对宝钞的信心都降到了低谷，而宝钞的价值更是急剧贬值，到永乐元年（公元1403年）时，宝钞的价值仅剩原始发行价的十分之一了。在打赢了战场上的仗之后，自信心爆棚的朱棣宣布要在经济上同样要打一场胜仗，恢复大明宝钞的价值和流通。
在朱棣看来大明宝钞是没有问题的，朝廷的货币法的出发点也是好的，之所以流通不畅，是因为朝廷的法令没有得到良好的贯彻，不能上行下达，战场起家的朱棣觉得必须用重典才能让民间知道朝廷的决心，永乐元年（公元1403年）四月朝廷下令民间大宗交易必须使用宝钞，严禁民间私自用金银交易，若有违法者，也没什么其他处罚，一律格杀勿论，此法令一出一时间因违法交易而被诛杀者人数众多。有多少呢？多到最后连朱棣本人都看不下去了，觉得太惨烈了，因而一年之后修改了法律，违法交易的就不杀了，改为流放，流放是古代仅次于杀头的惩罚，也算是很重了。
朱棣的这一剂猛药确实刹住了民间的“不法”交易，大明宝钞渐渐又成为市面上的硬通货，然而宝钞贬值的问题依旧没有解决，这就需要新的办法。朱棣让群臣想办法，于是都察院左都御史陈瑛跳了出来，他指出之所以全国出现大范围的通货膨胀，归根结底还是宝钞太多了，货币一多自然贬值，因而朝廷必须设法回笼市场上多余的宝钞，宝钞的数量一少，价值自然也就提高了。朱棣虽然平常热衷军事和外交问题不是很懂经济，但还是觉得陈瑛说得很有道理，继而有询问他有什么办法能够平稳地从民间回收宝钞，毕竟朝廷也不能明抢啊。陈瑛既然能提出问题，自然就能解决问题，他向朱棣建议可以向百姓征收盐税，食盐是国家专营的商品，也是百姓生活的必需品，朝廷可以通过按户口配给食盐来征收盐税，而这征收的税必须用宝钞来支付，吃一斤食盐就缴纳一贯宝钞的盐税，以此来回笼宝钞，老实说明朝初年的盐价实际没有这么贵，而通常的食盐销售多是有国家将食盐承包给大盐商，再由他们去销售，现在改为由国家统购统销（一说只在部分地区实行），明显有变相加税的意思。
但即使是这样回笼，宝钞数量依然不够，宝钞还是在持续贬值中，因而到了永乐九年（公元1411年）朱棣进一步下令，规定民间可以用宝钞来折算部分赋税，当然抵算的宝钞价值肯定不是按照宝钞的面值来，经过一番仔细的估算，最后朝廷规定三十贯宝钞合一石大米，对比洪武八年（公元1375年）一石米折一贯宝钞，宝钞的实际价值仅剩当年的三十分之一，最可怕的是这还是朝廷自己认证的，等于朝廷带头承认宝钞贬值了，还贬值得不少，结果可想而知，这样做无疑进一步加剧了民间对宝钞的信任危机。并且朱棣在努力回收宝钞的同时并没有放弃印制新的宝钞，一边收一边印，而且印的速度比收的还快，这样做使得市场上流通的宝钞数量始终维持在一个相当大的份额，永乐十九年（公元1421年）继朱元璋之后朱棣也下令暂时停造宝钞，希望能通过这种釜底抽薪的办法稳定宝钞的价值，这种做法之前朱元璋早已实行过，效果是什么，大家也都看在眼里，所以停止印钞虽然出发点是好的，然而这却在事实上宣告了永乐一朝货币改革的失败。其后直到朱棣驾崩，永乐一朝再也没有推出过什么大的货币政策，问题只能继续留给子孙后代。
朱棣驾崩后，太子朱高炽登基是为明仁宗，仁宗刚刚登基没多久就发现自己的父皇留下来的是一个烂摊子，尤其在经济上是一塌糊涂，为了解决危机，明仁宗任用擅长理财的户部尚书夏元吉开始推动经济改革，首当其冲的自然是大明宝钞，夏元吉认为大明宝钞到了仁宗朝的时候已经不太流通了，究其原因还是市场上的宝钞太多了，价值贬值了。宝钞数量太多由此也可证明永乐朝回笼宝钞的做法并没有太大作用，只是流于形式。如何能切切实实地回收宝钞，夏元吉还是想到了食盐，只是他的办法比起陈瑛更加注重市场规律，陈瑛是主张国家来大包大揽，夏尚书则将目光瞄准了商人，他提议让商人向朝廷交纳宝钞，以此换取盐引去售卖食盐，通过商人，可以将民间零散的宝钞集中到商人手中再交纳给朝廷，朝廷不再需要挨家挨户一贯、两贯地回收宝钞，省去了大量的人力物力，此外仁宗皇帝在位期间也没有重印宝钞，这也减轻了市场的压力。
仁宗皇帝在位时间短，他的措施后来大部分都被其子宣德皇帝朱瞻基所继承，在宝钞制度上朱瞻基一开始也是很遵循父亲的规定，但计划赶不上变化，朱瞻基继位后不久就有大臣提议重印宝钞，所有人都知道增印宝钞的恶果，然而还是有人上书，这位大臣也不是什么奸臣，他之所以提议是因为朝廷财政收入不足了，北击蒙古，安南用兵等，用钱的地方多，收的税却一点不见涨。永乐朝的时候还有郑和下西洋，通过海外贸易为皇帝赚取大笔钱财贴补国用，仁宗一继位停了下西洋，他自己在位时间短体会不到，但财政赤字可苦了刚刚当家的朱瞻基了。
最终朱瞻基做出了一个大胆的决定，自己刚刚登基父亲的决定不能轻易更改，所以他派人去存放大明宝钞的库房整理回收回来的宝钞，表面上说要销毁已经被损毁的宝钞，但实际上除了损毁的之外，品相较为完好的就直接拿出来使用，重新投入市场，印制宝钞尚需原料和时间，朱瞻基的这一做法连这些都省了，朝廷使用宝钞的代价更低了，此后朱瞻基在位期间曾多次派人去库房捡取能使用的宝钞，以弥补国用的不足。而这样做的危害也是巨大的，这明显违背了经济规律，宝钞的价值一贬再贬，每石大米从永乐年间的三十贯涨到六十贯，再到七十贯，某些地方甚至达到一百贯，大明宝钞在宣德年间的贬值速度远远超过此前的洪武、永乐两朝。
并且由于朱瞻基将旧钞投放市场使得民间对宝钞的信任进一步降低，不少地方只收新钞而拒收旧钞。朱瞻基的做法成为压垮骆驼的最后一根稻草，从他开始即使有朝廷禁止金银交易的禁令，但民间金银交易仍然是屡禁不止，最后的结果是朝廷彻底放弃了，法令也逐渐放宽。首先，洪武年间私自用金银交易是死罪，永乐年间改为流放，到了宣德年间进一步减轻，只需要罚宝钞就行，这几乎就是没有惩罚。其次，朝廷虽然重申禁止金银交易，但也明白大势所趋，因而允许民间可以用实物进行交易，等到了明英宗正统年间，朝廷连金银的禁令也不再提了，睁一眼闭一眼地让民间使用金银。
大约明英宗以后，宝钞就彻底退出市场流通了，就连政府的税收也只要白银和实物，不要宝钞了。大明宝钞此后只在朝廷的某些典礼仪式上使用，算是朱元璋的子孙表面上遵守祖宗成法，实际上这是让大明宝钞名存实亡的妥协作法。从洪武八年正式发行到正统年间退出市场，大明宝钞实际上只流通了六十多年，不要说与朱元璋流传万世的愿望相去甚远，就是比宋、金、元三代纸币流通的时间也不如。问题究竟出在哪了呢？