朱棣刚听到朱元璋去世的消息，就第一时间离开北平急赴南京奔丧，逼得朱允炆不得不把他截在半路，派人亲自将遗诏送到他的手中。朱棣接到遗诏，只得心不甘情不愿地停住了前行的脚步。朱棣心里一直有一种期望，目前，朱元璋初崩，南京城中一片混乱，只要自己第一时间赶到南京，一切都是未定之数。但是，面对着朱元璋的亲笔书写的遗诏，他还是克制住了心中欲望。朱元璋的权威，在他心中是一堵高墙，让他一直心有余悸，无法逾越。寻思良久，还是决定放弃这个争取皇位的机会，掉头返回了北平。

朱棣的退让，令朱允炆长出了一口气，开始腾出手来抓紧稳固自己的地位。五月大赦天下，改明年为“建文元年”，葬朱元璋于孝陵，诏令为朱元璋服三年的丧。六月，改革省县行政区划，裁撤冗余官员，提拔曾在太子东宫任职过，自己信任的齐泰为兵部尚书，黄子澄为太常卿，让他们共同主持朝政。七月，任命方孝孺为翰林院侍讲，以加强天子在朝中的影响力。八月，发布诏令，兴州、营州、开平诸卫军中，有全家男丁都在军中服役的家庭，可免除一人的兵役，家中只有独子在军中的，免除兵役，听任其回家中种地，以此仁政收敛天下人心。九月，简拔贤能，以何福代替殁于军中的云南西平侯沐春，统领其部队，十二月，何福就平定了麓川的土司叛乱，斩其头目刀干孟，可见朱允炆继位之初还是颇有章法的。十一月，下诏书让群臣直言己过，又要求臣工推荐山野中有才德之士。十二月，天下次年田租减半征收，与民休养生息，并释放被因犯法被刺配军中效力的军人及囚徒让他们返回乡里。经过一系列整顿，内外局面趋于稳定，朱允炆对政局的掌握力空前增强，可以安排下一步的行动了。

在朱元璋在世时的余威震慑下，朱棣不敢轻举妄动，这也给朱允炆赢得了时间，让他有精力有时间去稳定朝中的政治局面。然而，在此之后，这对叔侄的最后对决终将到来！