等到朱元璋一死，朱允炆立刻行动起来准备完成自己的宏图大志，但俗话说得好，“一个好汉三个帮”，建文帝虽然想要削藩，但是如果让他自己一个人来处理削藩的事项是不可能的，他又不是朱元璋那样的劳模，所以必须找帮手，不过好在其作为大明王朝最高统治者，手下有数不清的人才任其调动，这不建文帝继位不久就组建了自己的智囊团。
洪武三十一年（公元1398年）六月，以建文帝征召方孝孺入京担任翰林侍讲为标志，朝中正式形成“齐、黄、方”三人智囊团。智囊团中的第一位是兵部尚书齐泰，朱元璋临终前指定其辅佐建文帝，他可以说是名正言顺的辅命大臣；第二位是黄子澄，曾担任东宫伴读，被建文帝尊称为黄先生，他是建文帝的亲信，朱允炆即位后，任命黄子澄兼翰林学士之职，与齐泰同参国政；第三位是方孝孺，也就是在野史中被朱棣诛杀了十族的那位仁兄。
虽说智囊团组建起来了，但真正要开始削藩的时候，建文帝发现事情没有自己想象中那么容易，当时朝廷在削藩问题上分为了三派，一派就是以“齐、黄、方”三人智囊团为代表的强硬派，认为必须用强硬措施才能削藩，必要时刻可以采取武力讨伐，从而一劳永逸地解决藩王问题；第二派是以前军都督府左断事高巍和户部侍郎卓敬为代表的温和派，他们认为新帝刚刚登基，削藩不宜操之过急，正所谓“父在观其志，父没观其行，三年无改于父之道，可谓孝矣。”朱元璋刚刚去世，就磨刀霍霍向叔叔，武力削藩会给皇帝的形象抹黑，因而主张可效仿汉武帝的推恩令，也对藩王推行“推恩”之策，同时这一派还建议建文帝对各地藩王实行更改封地的措施，比如把南边的藩王和北边戍边的藩王互相调换，其目的是使得各地藩王离开自己经营多年的大本营，这样一来各地藩王就无法在封地形成有效统治，对封地的控制力自然要大打折扣；最后一派则是反对派，就是反对朝廷削藩，不仅反对削藩，还要求朝廷要以更加优厚的条件去厚待这些藩王们，这一派以御史郁新等人为代表，他们认为分封政策是太祖皇帝所立，其目的是为了巩固大明江山万世一系，“祖宗之法不可变”，理应作为大明的基本国策，不能动摇。
三派之中，反对派和建文帝的既定方针南辕北辙，所以建文帝选择不听。那么剩下的就是强硬派和温和派了，其实以当时的局势来看，温和派的方法是最稳妥的。建文帝继位之初，虽然他本人很反感藩王，欲除之而后快，但此时的朝廷对藩王是占据绝对优势的，并没有到非得在战场上大打出手的地步，如果朝廷接纳温和派的方案，对藩王采取“温水煮青蛙”的办法，各地藩王就算是有任何不满或者知道朝廷背后的心思，他们也不敢反啊，因为朝廷已经占据大义了，推恩令也是推给藩王的儿孙啊，肥水也没流外人田啊。并且朝廷只是要夺他们兵权，没有触及他的根本利益，所以他们也只能捏着鼻子接受，削藩之后王爷们是歌照唱舞照跳，照样可以吃香的喝辣的，在当地作威作福。但是，建文帝思前想后，可能是怕夜长梦多，也可能是是觉得自己牌这么好不一把梭哈实在憋屈，最终还他是选择相信自己的三人智囊团，直接硬刚各地藩王，这是建文帝削藩路上走错的第一步。
好，既然皇帝已经决定以强硬的手段来削藩了，那么大臣们也就不再纠结这个问题了，接下来要讨论的问题就是从哪个藩王开始下手。当时朱元璋的次子秦王和三子晋王都已经过世，剩下的儿子中年龄最大的就是四子燕王朱棣，并且作为守卫边地的塞王，朱棣的实力也是当时众多藩王中最强的，大臣们也都知道对朝廷威胁最大的就是燕王朱棣，正所谓“射人先射马，擒贼先擒王”，所以大部分官员都主张先对燕王下手，这样不仅可以一举消灭朝廷的心腹大患，还可以敲山震虎，大大减轻后续削藩工作的难度。
建文帝三人智囊团中的齐泰也支持先对燕王下手，但这时三人智囊团中的另一位站出来反对了。这一位是谁呢？不是别人，正是当年建文帝的东宫伴读黄子澄。其反对的理由很令人无语，竟然是对燕王下手师出无名，容易引起天下人的非议，为了避免非议，应该选择那些可以让朝廷师出有名的藩王，说实话当时都已经决定要削藩了，还在乎什么名义，随便给燕王捏造一个罪名不就得了吗？总之，最后黄子澄建议可以先对周王朱橚下手，因为周王是燕王的同母弟弟，对他下手就是在清除燕王的支持力量。智囊团中的两大重量级人物意见相左，建文帝几经考虑，最后还是觉得陪伴自己时间更长的黄子澄更加可靠，因而最终采纳了他的建议。
于是，在朱元璋去世两个月后，建文帝便正式对周王下手。可怜的周王，老老实实地在自己的封地正进行方剂学和救荒植物的研究工作，就被自己的二儿子举报了（现在认为周王二儿子举报自己的老父亲可能是受到别人的煽动或者想趁机争夺继承权），举报的罪名就是试图谋反，从周王谋反一事就可以看出黄子澄的“师出无名”压根就是个幌子，周王的罪名明显也是捏造的，这样难道就算师出有名了吗？早这样黄子澄完全可以给燕王朱棣也来一个啊，朱棣的手下那么多，随便收买一个很容易的，为了反对而反对，总之就要不一样，黄子澄的脑回路就这么清奇。
说回周王，周王被揭发谋反后不久就被削爵并流放云南。建文帝一看这削藩活动刚开始就迎来了个“开门红”，好像也不是那么难啊，爷爷再也不用担心我削藩了，更是放开手脚干了。建文元年（公元1399年）四月，建文帝一口气削齐、湘、代三王，并且全部废为庶人。其中，建文帝还派士兵包围了湘王的府邸准备将其押解入京。要知道湘王素有名声，并且是藩王里面最无害的一位，在朱元璋去世后，湘王就已经产生了弃世的想法。面对如此羞辱，湘王为保全自己的名节，举家自焚。据说建文帝得知消息后，内心十分自责，并称“何以自解于天下”，然后反手就给自己这位叔叔上了个恶谥“戾”。前面还说自己对叔叔举家自焚十分自责，掉头就给叔叔上个恶谥，这不是自己打自己脸吗？紧接着，建文帝再接再厉，又于同年六月，废岷王为庶人。朱允炆曾对朱元璋说过，日后就算是逼不得已要削藩，也一定要用仁义道德来折服各位叔叔，但是老朱一死，小朱就把这一切都抛到九霄之外了，什么以德服人，上来就是一套王八拳，打死一个算一个。
随着一个一个弟弟被削藩，朱棣明白下一个就是自己了，并且在发生这一系列事后，远在北平（今北京）的朱棣发现自己这位大侄子不仅仅是要夺他们的权，更要夺他们的命。要想保住一家老小就得先下手为强，但“君要臣死，臣不死是为不忠”，虽然建文帝做法粗暴，但也不能以此为借口推翻皇帝啊。在能够起兵这一点上朱棣一定十分感谢他爹，朱元璋生前曾亲自主持编撰规范皇室成员行为的《皇明祖训》，其中规定：“如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命。天子密诏诸王统领镇兵讨平之。”朝中有小人，藩王可以起兵勤王。清君侧，这条本意是为防止朱家皇权旁落，现在却成为朱棣起兵的绝佳借口。