犹如前述，蕺山所说的“意”是作为存发二机的心体。一般认为，“意”自然以工夫为要，并因此而具有达到高层次的力量。但是注重工夫的蕺山则认为，“意”在于“诚”，“诚意”之工夫是必要的，否则，“意”就会产生流失之弊。作为“意”之工夫，他还提倡“敬”。他说：“为学之要尽此一诚，主敬即其工夫。”“敬者诚也，诚者天也”。所以他对“打破敬字”的苏东坡之语备加责难。后来他又自觉到“敬”乃本体工夫一体之敬，所以又肯定了阳明所谓“能戒慎恐惧者是良知”的本体工夫论（参见《刘子全书遗编》卷11《阳明先生传信录》一）。关于朱子之敬，他也认为是慎独，是本体工夫，甚至说，宋儒一边做工夫（居敬），一边又已超越工夫而打破敬字（参见《刘子全书》卷5，《圣学吃紧》《敬肆关》）。

不过，由于肯定“意”是心之体，所以蕺山认为，朱子的“居敬”说亦不是以《大学》的诚意为本，而是以正心为本的，并对此深表不满（参见《刘子全书》卷12，《学言下》）。据他说，“居敬”是诚意上的工夫，据此才能不仅遵从“敬”，而且“打破敬字”。所以，他对“主一”的解释也与以往不同，认为“主一”即心之主（意）自然而然地返归于主的工夫（同上）。这种见解可以说是一针见血的。

蕺山虽以“诚意”为学之头脑，但他认为，如果没有格致的下手处而单提诚意之头脑的话，就难免会产生弊端。不过，如果没有“诚意”之头脑，格致亦会产生知而无知之病。所以他说：“格致者诚意之功。工夫结在主意中，方为真工夫。如离却意根一步，亦更无格致可言。故格致与诚意，二而一、一而二者也。”（同上）“然则致知工夫不是另一项，仍只就诚意中看出。如离却意根一步，亦更无致知可言。”（同上）

由此可见，蕺山之说不同于置诚意于格致之后的程朱之说，也不同于以诚意为良知之力的阳明之说。蕺山认为，阳明的“致良知”是为诚意而设的，致知是诚意的一般性研究省察，而非诚意之外的工夫，并认为这才是阳明《大学》论的秘旨，从而表现出匡救阳明立场的倾向（参见《刘子全书》卷19，《答陈生》二）。在蕺山看来，因为“知”是“意”之窟宅，所以若能尽真知，则意自然诚。所以他认为，“余亦尽致知”（参见同上书卷8，《良知说》），而与阳明之说相契合。

在蕺山看来，意之体本微，难见其端倪，故诚必定是觉知上的工夫（参见同上书卷12，《学言下》）。原来，诚、明乃一体。诚中有明，明中亦有诚。不过，“自诚而明”，乃对圣人而言。至于常人，则必须“自明而诚”。如此看来，致知工夫显然是不可轻视的。所以蕺山说：“自良知定主意则诚，自情识定主意则伪。”（同上）因而注重“致知”的重要性。但这并非像程朱那样先致知、后诚意，而是以诚意为头脑的致知。

换言之，蕺山所说的“致知”，是“诚意”中的“致知”（参见《刘子全书》卷19，《答叶润山民部》）。不然的话，就会误解蕺山的学问宗旨。至于他本人，则认为朱子的穷理并非泛穷万理，唯如此，才能把握《大学》知本的主旨。并说：“所谓一草一木之穷理，亦是得其大本之说。”因为这是切己工夫，所以其学颇深。在他看来，像上面所说的致知不仅能尽众物之精粗，而且能成全体大用之道，而朱子的穷理，即是与其宗旨相契合的（参见《刘子全书》卷38，《大学杂言》）。(10)蕺山对朱子学的这种解释，可以说在很大程度上带有折中朱王的倾向。(11)

蕺山所说的“致知”，因以“诚意”为头脑，故必定与心体之微直接相通。而他重视“思”的原因正在于此。他根据《书经》和《孟子》所说的“思”，指出“思”是通于“微”的工夫，是以思通诚的致知的别名。故他把“思”作为归于独体之路而予以重视（参见同上书卷12，《学言下》）。这样的“思”显然是本体之工夫，所以也可以说“诚即思、思即诚”（参见《刘子全书》卷19，《答文灯岩理司》《复沈石臣进士》）。

蕺山基于孟子“心之官则思”的论断，把“思”当作超越与否的太极本心之妙用、未发已发之一体。据此，他批评陶石篑之说是以“思”为“鬼家活计”，批评程子之说是只见“思”为“已发”（参见《刘子全书遗编》卷1，《证人社语录》；《刘子全书》卷4，《圣学吃紧第三关》；卷13，《会录》）。

以“思”为本体工夫的蕺山，理所当然地要确立思与想、思与念的差别。不过，因为“思”是心之官，心之主体是“意”，故“思”亦以意之诚、意之自然为基础，以至于“思而无思”，这样才能达其究极。蕺山认为，这完全可以从《中庸》所谓“诚，不勉而中，不思而得”一语中得到验证。因此，在蕺山看来，“思”不仅是“思诚”之思，而且是真正的本体工夫。但即使在这种情况下，他也依然没有忘记以“诚意”为思诚的归宿地，即学之头脑，所以他说：“诚意云者，即思诚一头归宿工夫也。”（《刘子全书》卷9，《答董生心意十问》）

(1) 不过，如前所述，蕺山由于师事湛学派许敬庵的关系，其思想中也有朱子学严正的一面，所以他的“意”说，在认识方法上，对朱子学来说有画龙点睛的作用。

(2) 像这样解释孟子性善之主旨的蕺山，批判了以往的性说。他认为，若任气质而遗义理，则以性“不善说”为正；若遗气质而求义理，则以性“无善无恶”说为正；若以气质与义理并重，则以性“有善有不善”说为正。若肯定如此三说，那就难以理解性善的本旨（参见《刘子全书》卷8，《中庸首章大旨》）。他以义理之性和气质之性为浑一，而且认为性只有气质，义理则为气质之本然。因此，他不像宋儒那样把恶的原因归于气质，而是归于《论语》所谓的“习”，并认为这才是《论语》所谓“性相近、习相远”的主旨（参见同上书卷6，《证学杂解》；卷12，《学言下》）。如此提倡性之浑一的蕺山，非议了阳明所谓“无善无恶者理之静，有善有恶者气之动”之说，认为这是性气对言之论（参见同上书卷13，《会录》）。晚年，他以“诚意”为宗，则更批评说：“善恶之辨，展转悠谬。”（同上书卷12，《学言下》）从这一立场出发，他以道心和人心为一途，并和阳明一样，把朱子所说的“道心为主，人心每听命焉”，说作是一身有二心，并以此为非，这大概是理所当然的吧（参见同上书卷13，《会录》）！

(3) 蕺山尽管把性直接作为“即心情”的无和虚的东西，但并不否定性的存在。这从他一方面大致谅解基于浑一立场的告子生性说及把恶也称为性的程明道之说，另一方面又认为在告子之说中没有明道所说的性（理）并以此为非这件事中，也能推察到（参见同上书卷13，《会录》）。

(4) 基于以意为心之所存之主体即心体的立场，蕺山批评陆象山之心是混淆人道并以血气为性命，而且认为阳明在讲良知时，因视妄心为照，故使良知归于无妄无象，而落于虚无象罔（参见《刘子全书》卷40，《年谱下》）。

(5) 对于蕺山此说，清初的朱子学者吕晚村认为，在先致知，后诚意，并以意为心之所发而诚意时，因其在发动之几加以省察而无虚伪间杂者是慎独，故独是意之实境，慎是诚之紧严处，因而慎独乃在诚意中。基于这一立场，晚村认为，真知即诚意之说，而如蕺山那样主张以意为心之所存，即独体之说，则皆为妄生邪说。据此，晚村对蕺山作了激烈的批评（参见《天盖楼四书录》一）。

(6) 蕺山有所谓“生意”、“主意”、“不尽意”之语，而无所谓“主念”、“生念”、“不尽念”之语，仅这一点，就说明了其主旨（参见《刘子全书》卷9，《答董生心意十问》）。

(7) 蕺山在说明中气与四端的关系时说：“人若无中气，如何能以四端之情相生不已？”（《刘子全书》卷11，《学言中》）

(8) 尽管提倡慎独的重要性，但蕺山并没有轻视克己居敬的工夫。他仍将克己居敬作为终身要务。

(9) 不过，对以意为心的存在主体、以意为慎独的蕺山之说进行最尖锐批判的，是清初的朱子学者吕晚村。他对陆王学以及具有陆王学倾向的学说进行了彻底的批判。例如，他批评阳明“四句教”中的格物论，即“为善去恶是格物”之说道：阳明不仅不知道格物乃诚意之工夫，而且主张废格物必先废诚意。即使对于以意为心之所存的蕺山的诚意说，及其慎独即诚意的主张，他也认为，这是若要废诚意，必先废正心之说。他还指出，这些全是产生异端的根源，是改头换面之邪说（参见《天盖楼四书语录》六）。

(10) 不过，另一方面，他又认为，朱子的格物欠缺头脑。

(11) 蕺山折中朱王的立场，在他信奉阳明之学时已有表露。当时，蕺山把阳明称为朱子之功臣；后来他又把基于朱子学而辨正王学之异同并体认良知者，誉为王学之功臣（参见《刘子全书》卷21，《张含宇遗稿序》；《刘子全书遗编》卷13，《阳明先生传信录》三）。