鉴于当时的王学亚流之弊，蕺山提出了以工夫为主的本体工夫一体论。他说：“大抵学者肯用工夫处即是本体流露处，其善用工夫处即是本体正当处。若工夫之外别有本体，可以两相凑泊，则亦外物而非道矣。”（《刘子全书》卷19，《答履思》二）

东林学者也具有同样的立场。只是在东林学者那里，有在静肃之理中求心体的倾向。与此相对，蕺山因为以“意”为心之体，故在其工夫里亦自然加强了发源于内在之心的力量，只是在其本体工夫一体处更加充实了生意。在蕺山那里，一边做工夫，一边又超越工夫的立场，似乎是更加鲜明了。

当然，蕺山认为，工夫也识悟本体，倘若工夫不像本体那样依赖自然之力，就会着相支离，从而陷于孟子所谓的“忘助”之弊。但这不过是对于初学者的一根顶门针，正如他所说的“若识第一义，则迁善改过皆第一义”。蕺山认为，日用常行上的躬行即是本体，并揭示了其实质。所以，他既反对若识悟本体，本体工夫便一齐了彻的王学亚流陶石篑的重悟主张，而主张重修，也反对举孟子所谓“赤子之心”为当下即是的罗近溪之说，这大概是理所当然的（参见《刘子全书遗编》卷1，《证人社言录》；《刘子全书》卷19，《论罗近溪先生语录二则示秦履思》）。

不过，蕺山“重修”说的特色，在于诉诸严格的《小学》工夫，使之成为《易》所谓的“精义入神”。从这一立场出发，他与十分重视张横渠《西铭》中“万物一体”论的世儒相反，而对“戏言出于思，戏动作于谋”的横渠《东铭》之说推崇备至（参见《刘子全书》卷13，《会录》）。他还认识到朱子编纂《小学》的意义，不仅广泛地加以宣传，而且在《人谱》中对《小学》之践履作了详细的说明。他称赞朱子说：

上等资禀人，方可从事朱子之学。以其胸中已是有个本领，去做零碎工夫，条分缕析，亦自无碍。若下等资禀人，尤宜从事朱子之学。下学而上达，如能识得道在吾心，不去外求。不然，只有悬空想象，求吾道于虚无寂灭之乡，宁不率天下而为禅乎？（同上）

就是说，根无上下之别，各种资质的人都要遵循朱子学的工夫而求道。不过，切不可忘记蕺山在下学中注重主脑这一立场，否则就不能较好地理解其为学本领。因此，他以《小学》之践履为“精义入神”，这实际上应当说是以主脑为前提的论断。

如前所述，蕺山以“意”为第一义，以“良知”为第二义。但如果对照把良知譬喻为舟之舵的阳明之立场，那么他所说的“诚意”是否会有失去心之定向而陷入妄行的危险呢？关于这个问题，他的看法是：意乃知中之主意，知为意中之窟宅，所以知藏于意中。据他说，知皆是发自意之力的知，只有在意上著工夫才能有着落。否则，若以知为意之主意，则知反而会失去主宰而流**无归。所以他说：“知此则知意之为意矣。心所向曰意，正如盘针之必向南也。只向南非起身至南也。”（《刘子全书》卷9，《商疑十则答史子复》）

蕺山虽以“意”为知之体，但并不是说意生知，而是说“意中勿欺者知也；存主之精明者意也”。故而他主张意知一体（参见同上书卷19，《答史子复》）。从这一立场出发，他非难阳明的“四句教”是分言意知之论（参见同上书卷19，《答叶润山民部》；卷12，《学言下》）。因此他又批判了离“诚”讲“明”的立场，认为即使明白了天下之理，但若不在诚中收拾，就会全然流于“狂慧”（参见同上书卷12，《学言下》）。

蕺山讲到“知”时是相当谨慎的。例如他在评论以智证性的孟子之说时说过：智只是“故”之一端，而孟子特指以证性。此一点是非之心尤容易起风波，少错针，无所不至，故孟子指出“凿”字。凡叛道之人都是聪明汉。（同上）

基于这一立场，蕺山认为，以“良知”为宗的阳明之说是主次颠倒之论（参见《刘子全书》卷11，《学言中》）。他说：“若从良知，鲜不流于禅。”（同上书卷40，《年谱下》）由于他看到了当时提倡“良知”者，多失知觉之本体而堕入情识，并由聪明而陷入变幻，从而奔**无用，（左亻右龙）侗无体；而言理者，则或者穿凿诡异，邪偏杂糅，成损道之媒、向妄之因，或者求一觉之传，而堕于恍惚纷纭之中。所以在我看来，蕺山排斥以“良知”为宗的学说，大概是不得已的。蕺山认为，只有根据以“意”为根，即以“意”为学之头脑的立场，才能拯救良知之学失去情识、向于玄虚的弊病（参见同上书卷6，《证学杂解》）。