蕺山认为，按照以好恶之意为心之体的观点，宋以来的“慎独”说便有了归宿。当然，这是他晚年的看法，而他的“慎独”说在这期间多少也有所变化。正如前所述，在他壮年师事许敬庵修克己之学时，曾以与孟子的动静内外说相通的严肃居敬为要。但后来，他认为若不直接在心体上做工夫，就难以避免身心的动摇，故最后他以“慎独”为学之本。据蕺山说，独处在向前向后、向外向里的中间，是间不容发的心之凑泊地。因为“独”是心之主宰处，所以在这里要多加谨慎，从而使敬成为真切之存在。(8)

“独”虽是超越动静的心体，但若舍弃静深之地，而附属于思虑纷起之见，那就会犯寻枝摘叶之大过（参见《刘子全书》卷8，《中庸首章说》），所以蕺山主张以主静涵养为“慎独”。这与把“慎独”作为动处工夫的旧说是不同的。但不久，他便知道这也难以避免寂静而“逐光景”之弊。

蕺山认为，“独”之所以是超越动静的存在，是因为它是生机之枢纽，而且独处在未发之中，故能看到最真切的东西。所以他认为，把“致中”作为“慎独”，把“慎独”作为“致和”上的工夫是不正确的（参见同上书卷5，《圣学宗要》）。接着，他又一转，认为“独体”即“无朕”，因而不能着于一“知”字，为了把握真正不偏于动静的活机，“独”不能由觉知来承当。

根据这一立场，蕺山认为，以“独”为“独知”的孟子说，尤其是以“良知”为“独知”之时的阳明之说是正确的（参见《刘子全书》卷11，《学言中》；卷19，《答叶润山》四）。但他并不赞同孟子以“慎独”为动察即动念上的工夫的观点。而且，他虽十分称赞阳明所说的“知来本无知，觉来本无觉，然不知则遂沦埋”的观点，认为“此是独体正当处，被先生一口打并出”（《刘子全书遗编》卷13，《阳明先生传信录》三），但却并不赞成阳明直接以“知”为“独”，直接以“致良知”为“慎独”的看法。

蕺山之所以承认“独知”说，是因为在他看来，若言“独知”，下手处便会亲切（参见《刘子全书》卷11，《学言中》）；而他之所以反对以“独”为“知”，以“致良知”为“慎独”的阳明之说，亦无非是担心陷于虚无之见（参见《刘子全书遗编》卷5，《胡松庵先生录》）。

不过，若把蕺山“独知”的立场往前推进一步，那就会如同他所说的“本觉之觉，无所缘而觉，无所起而自觉，要之不离独位者近是”（《刘子全书》卷6，《证学杂解》）那样，脱离“独”而使“知”之工夫失却下手处。这样的话，就唯有在“独”上下工夫，而把“知”附在“独”的下面，从而不能不使知用工夫成为第二义的东西，所以说“独”字下面的“知”字是赘言。唯在“独”上使用谨慎居敬，才能使工夫成为“足”。因此，蕺山认为，与“慎独”说异趣的“致良知”说，因排斥“独知”说，从而使王学亚流滋生出以道理为镜花水月，提倡悬空之悟，陷于虚见猖狂的弊端。为了对“致良知”说进行批判，以救其弊，他主张必须把在“独”上谨慎居敬的“慎独”作为学之要。

原来，朱子作为涵养工夫的“居敬”，是动静内外相贯通的工夫，但他未必以静之工夫为非。如果与以动之心为本的陆王之学比较的话，反倒可以说朱子有基于静的倾向。在这一点上，蕺山所说的“慎独”与朱子的“涵养”是一脉相通的。

为什么这么说呢？因为蕺山所说的“慎独”是“独体”之存养，是未发之中的存养，在那里能清楚地感受到静的倾向（参见《刘子全书》卷19，《答秦履思》三）。这就是他之所以重视《大学》的“止”、《易》的“艮”，并撰写了《艮止说》的真实意图。所以，他对周子的“主静立极”说、陈白沙所谓的“静中养出端倪”说，以及罗念庵的“收摄保任”说感兴趣，也不是没有道理的。但他的立场，与这些被称为以静存为宗的主静派的主旨，是有不同之处的，其工夫更近于朱子的居敬涵养之精神。这从他提倡静坐，备加称赞高景逸反对悬崖撒手之伎俩，而以“小心着地”的整齐严肃为入门的静坐说中，也能窥见一斑（参见同上书卷1，《人谱》；卷8，《静坐说》）。

据上所述，蕺山认为，“慎独”是学之第一义，据此可以总括《大学》八条目的实质。他说过“慎独而天下之能事毕矣”（《刘子全书》卷25，《读大学》），又认为存发一机之意就如同米谷中的白芽，乃是生命的本体（参见同上书卷6，《证学杂解》），据此能使“独体”的生生不息变得一目了然。所以他把“独”当作“意”，把“诚意”当作“慎独”，并认为“古人慎独之学，固向意根上讨分晓”（同上），甚至强调《大学》以“诚意”为学问主脑。

据蕺山说，《大学》以“诚意”为主脑，方能使八条目首尾一贯而成浑一。这就如同孙子所说的“常山之蛇”[23]。就是说，以“诚意”为本时，八条目就自然而然能活于全体之中，而全体亦就自然活于八条目中。

基于这种立场，蕺山指出：“后之为章句者，吾惑焉。八目平分各为一事，若不能以相通者，至诚意正心本末之辨，益仍讹袭舛，曲解难通，于是《大学》之教不明于天下，而诚正之功且为世主大禁。西山《衍义》离矣，琼山《补义》离矣。”（《刘子全书遗编》卷6，《古小学通记小序》）

当时，蕺山认为若以诚意之外的工夫为主脑，就会失去《大学》的首尾一贯性即浑一性而变得支离。基于这一立场，他非议朱子的《大学补传》，认为朱子借助于“敬”点缀《大学》是一种累赘；并指出阳明从良知中求主意的做法也近乎穿凿，而李见罗以“止修”为主脑的做法则近于支离。他认为，这些说教都是由于对“慎独”之旨即“诚意”之说不明而引起的（参见《刘子全书》卷25，《读大学》）。(9)

蕺山以“诚意”为学之宗，故其“慎独”亦必以“诚意”为主脑。那么，他的理由又是什么呢？在他看来，如果明白“意”是“独体”而主“诚意”，则“慎独”就会朴实，身心与性命就会有着落。否则，便有佛之陷空的危险（参见《刘子全书》卷19，《答叶润山》一）。

出于同样的考虑，关于“致中”，他认为传统求未发之中的说法，虽有随意追逐想象恍惚的倾向，但“中”是独之体，倘能明白独体即意，就能摆脱此弊。因此，他虽以“诚意”为慎独、致中的主脑，却并没有因此而轻视慎独、致中。

此外，蕺山还看到了当时提倡良知并以其妙悟为一了百当的王学亚流的弊端，痛感寓于人心中的弊锢之害，因而强调意在于诚，认为所谓“诚之”的工夫是必要的，而相对于心体的谨慎也是必要的（参见同上书卷11，《学言中》）。而且他还认为，意之诚是心体即性的自然之力，而性由于是中，故工夫之要依然在于致中，所以他讲“诚意”时，亦说：“……未发之中即诚意之真体段。”（《刘子全书》卷17，《不能以身报主疏》）而强调“致中”的重要性，认为若失中，则气偏，阳不生、阴不成，性种断灭，生意障碍。故他以程子所说的“人无所谓恶者，只有过不及”为“知道之言”（参见同上书卷6，《证学杂解》）。

蕺山之所以如此强调“致中”的重要性，是因为由此出发，下能避免近功利之弊，上能避免入玄虚之弊。