蕺山虽然重视喜怒哀乐之情，但因后来以“诚意”为学之宗旨，故以好恶之意为第一义，以喜怒哀乐之情为第二义，从而将两者区别了开来。据他说，好恶源于主意，喜怒哀乐流自于气机，前者揭示了心宗，后者揭示了性宗。归根结底，有了好恶，才能有喜怒哀乐，两者之间必有本末之别。因此，喜怒哀乐定有情之形状，而好恶则是借托本体的最微者（参见同上书卷12，《学言下》）。

这里所说的好恶，是属于“意”的好恶，而非属于“情”和“念”的好恶。蕺山对两者的差别，作了明确的界定。他认为“情”或者“念”的好恶，由于两念相对而发动，故与善恶相对立，而“意”之好恶，因“一善而非二恶”，故虽两用而实一者；因作用相反，故虽两在而实一机；虽有分用之机，却与心体为一。这就是他把“意”称作“两在而一机”、“有发而一机”的缘由。但若就“一机”这一侧面而言，则可以说“意”既非“两在”，亦非“存发”。这样“意”便成了至善而无善恶之对待的存在（参见《刘子全书》卷19，《答史子复》、《答叶润山》四；卷9，《答董生心意十问》）。蕺山因此说：“好恶二端最微，盖动而未形有无之间者。动而未形有无之间，为吉之先见，即至善之体呈露处。”（同上书卷38，《大学杂言》）这样，蕺山把《易》之所谓“几”当作意之好恶，便成为理所当然的了（参见同上书卷10，《学言上》）。

原来，“几”只是与动静有无并立，而非介于两者之间的东西，是一个本体的呈露。从一定意义说，就是包括全体又管束全体之体的。不然的话，就会使心三分而绝流断港，尽成支离，这就是蕺山的主张（参见同上书卷12，《学言下》）。基于这一立场，他以周子所谓的“几”为善。周子曾认为，几中有善恶。对此，蕺山则认为，几本来就是善，只不过有向于恶的趋势，那种把几从善恶平分上加以理解的观点是错误的（同上）。

由此可见，蕺山所说的好恶之意，是动而无动、静而无静的存在。唯动而不流于动，才能成为没有来处归处的永恒之存在（参见同上书卷9，《答董生心意十问》）。若以意与心比较而言，则心为动，意为静。所以他说：“有善有恶心之动，好善恶恶意之静。”（同上书卷10，《学言上》）

犹如前述，意乃存发一机之心体，故不论意之静还是意之动，都不会改变其主旨。只是蕺山之学的精髓，是反对以“意”为心之用，以“意”为善恶相杂处，而主张以“意”为心之体，以“意”为至善处，所以他以阳明在“四句教”中所说的“有善有恶意之动”为非，而代之以“好善恶恶意之动”（参见《刘子全书》卷19，《答史子复》）。

在蕺山看来，若基于以好恶之意为心之体的思想，就能摆脱佛、老之空寂、俗学之习见，亦即有无之堑坑，从而避免张子所说的“诸子论有无之陋”（同上书卷9，《答董生心意十问》）。因此，他极力斥责有无二见的观点。他认为，即使像朱子——其有无之别是非时间性的，也有这种倾向，故自然难以避免以无为宗的佛、老之见。而他之所以对周子的《太极图说》或者张子的《西铭》说不以为然，也是因为在他看来，两者所讲的“天人合一”论，仍然难以避免这种弊病（参见同上书卷13，《会录》；卷11，《学言中》；卷2，《读易图说》；卷40，《年谱引》《书存疑难著》）。