重视以心性的统体血脉为宗的蕺山，并不满足于阳明的以良知——对道德价值即善恶进行感知——为心体的思想。他主张以对善恶的好恶之心（即意）为心体，以诚意为学问立命之符。但实际上，这是启阳明的“知行合一”说之微旨才得到的，这点他自己已有叙述。
阳明所说的“良知”，以陆子的心学为媒介而继承发展了孟子的“良心”说。在阳明看来，只有遵从“良知”，才能使学问有头脑，从而除去朱子学亚流的弊病。按照蕺山的说法，阳明之“良知”能救学之支离，其中必有血脉（生命）之存在。这个血脉，其实并不在阳明所谓的“良知”中，而是存在于阳明揭示“知行合一”时所说“发动处有不善，就将这不善的念头克倒了，须要彻根彻底，不使那一念不善潜伏在胸中，此是我立言宗旨”的立论宗旨中，并且认为：“如此说知行合一，真是丝丝见血。”由此可见，他是赞成阳明的真切之学的（参见《刘子全书遗编》卷13，《阳明先生传信录》三）。
在蕺山看来，阳明的“知行合一”说反而比“良知”说更有深意。他认为：“诚无为便是心随人微处，良知即此发窍者，故谓之（诚）立天下之大本。看来良知犹是第二义也。”（同上书卷11，《阳明先生传信录》一）所以，他便以阳明所谓的“《大学》之说无非在诚意”为究竟之说，并认为阳明由于以“致良知”为宗，因而误解了《大学》的本旨。
这样一来，蕺山终至于以“诚意”为学之宗旨。他在给史子复的书函中说明了自己的动机（参见《刘子全书》卷19）。他基于阳明所说的“知之真切笃实处即是行”的思想，认为“真切笃实，非徒行字之合体，实即诚字之别名”，而把阳明的“行”作为更高层次的存在，力求把握以“行”为“知行合一”之主体的“诚”，并且认为，在诚中有工夫之主意，离工夫不能有主意，然无主意则工夫亦不能存立，甚至失去做工夫的手段，所以一定要以主意为要。他认为这就是《大学》所谓的“诚意”。以“诚”为阳明“知行合一”之主体的蕺山，基于阳明的好恶论，从而论证意是心之体，这大概是必然的。他认为，相对于善恶的意之好恶，是人心所固有的东西，是心理合一之性命体的呈露，是超越人力的东西。因此，他在证明意是心之体的同时，还指出了阳明从以知为良而不以意为良，即不以意为体而以知为体的思想中产生的种种矛盾，并对此进行了批判。他认为，总而言之，阳明在好恶说中，不仅叙述了存意处即是心之体那样的观点，而且还特意把“意”作为“发”即心之已发，从而使“诚意”成为善恶杂糅的东西而失去归宿，并使“良知”成为意之奴，以至于失去良之所以为良的根基（参见《刘子全书遗编》卷13，《阳明先生传信录》三；《刘子全书》卷11，《学言中》；卷13，《学言下》；卷8，《良知说》）。(4)
蕺山之所以把“意”作为心之体，即心之所存或心之存主，是因为他把相对于善恶的意之好恶，当作“好必于善，恶必于恶”，“一善而非二恶”的东西，就是说“意”决定了心的方向。而且在他看来，“意”是善而无恶的至善之归宿。换言之，即具备至善之体的存在。为了说明“意”，他还巧妙地将其譬喻为舟之舵、定盘针、指南车。根据这一立场，他非难了把“意”作为善恶杂糅的心之发动处即“所发”的陈旧观点（参见《刘子全书》卷11，《学言下》；卷19，《答史子复》）。
蕺山认为，“意”即所谓“独”之体，从而进一步说明了以上主旨。他先把《大学》的“所谓诚其意者：毋自欺也，如恶恶臭，如好好色，此之谓自慊，故君子必慎其独也”之说提示出来，认为这里所说的“自”，即意味着“独”、“好恶”，即意味着独体之好恶。这是因为，好恶就像所谓“如恶恶臭，如好好色”那样，是杜绝人为安排的自然之动。而且他还认为，因为好恶之体是意，故独体即意（参见《刘子全书》卷12，《学言下》）。在他看来，阳明因为也以《大学》所谓的好恶为自然之动，故未必不知道意之所以成为独体的缘由（参见《刘子全书遗编》卷13，《阳明先生传信录》三）。(5)
如果“意”是独体，是心之存主的话，那就必然区别于心之发动即心之所发的“念”。所以蕺山反复明辨意念之别，认为把两者混为一谈，是使儒教心学不明的根本原因，若能说明两者的差别，便能了解儒教心学的特色，并能拂拭昏蔽的佛、老之阴翳。蕺山认为，如果说意出自于气，那也是中气，而且是主宰之气，但念却是心之余气，是动气，其中没有存主。就是说，意之中有主宰，而念却是无主宰可言的随任起灭真妄的东西(6)，所以如果念不得意之主宰而积极活动，那么动就会越加远离天（参见《刘子全书》卷9，《答董生心意十问》；卷11，《学言中》）。即使念是善念，也不一定以意为主，因为还不能从起灭相对里超脱出来。所以念可以称之为恶。蕺山主张“一念不起”，即提倡不起念的重要，但这并不是以“无念为要”，而是为了求得使念基于主宰之意。因此，他认为“不起念”与化念、转念相同（参见同上书卷9，《商疑十则答史子复》；卷12，《学言下》）。
根据这一立场，蕺山便以佛氏的“无念”之论为非。他认为，念是与生俱来的东西，因而不能以之为无。如果以之为无，则会以死念为事，而以死念为事，就是驰心于念之有无，因而不能超脱念起念灭之用。即使据此而得妙悟，最后也不过是以念之起灭为妙用而已。
从上述立场出发，蕺山对杨慈湖的“不起意”说（无意说）也进行了批判，认为这不过是“无念”说的翻版（参见《刘子全书》卷11，《学言中》）。对“念”采取严肃立场的蕺山，当然要反对混淆念与意，用念来说明心、知、物的做法。并根据这一立场，蕺山对程伊川的“心之已发”说、朱子的“意之已发”说和“独知动处”论，以及阳明的“去欲格物”说进行了批判，认为这些都是用念来言心、言意或者言知的（同上）。他特别批评阳明的“致良知”说、“致中”说、“致知”说，以及“四句教”说，认为因其对意念之别全然无知，结果才堕落到在念头起灭处求实地的地步（参见《刘子全书》卷10，《学言上》；《刘子全书遗编》卷13，《阳明先生传信录》三）。在这里，蕺山无非是痛感到随任念之起灭的危害性，所以说：“不认贼为子，亦必认子为贼。”（《刘子全书》卷11，《学言中》）并认为这是“剜肉补疮”（同上书卷13，《学言下》），“养虎遗患”（同上）。