如前所述，在理与心、天理与神识上探求儒家与异端之别的清澜，把仅仅在公私、义利上求区别的陆、王之论看作是未尽之说（参见《学蔀通辨·续编上》）。他认为，佛氏之所以以公理为空——把公理作为心之累即理障，从而陷于自私自利，是因为专任于神识而旨在养神（同上）。他把异端全都归于“养神一路”，但并非不承认其作用有所区别。所以他说，老庄重长生、佛重出世、陆子重经世，三者本同末异，但归根到底都是“养神一路”，而非基于天理之自然，于是陷入了私智安排（参见《学蔀通辨·后编下》）。

清澜之所以对只从自私自利方面排斥异端的陆、王之说不满意，是认为他们尚未论及作为源头的佛氏的“养神一路”。所以，虽然陆子认为佛氏是“了此一身，皆无余事”，而坚持儒家的赅备万物，清澜却认为陆子此论并不足以使佛氏屈服（参见《学蔀通辨·后编上》），并且指责陆子自身也已误入养神一路，陷于自私自利之弊。清澜还认为，陆子所谓“自家主宰常精健，逐外工夫徒损伤”，无非是佛氏的自私自利之教（同上），并举朱子致程正思书函中“持私意人欲而辨异端”一语，认为它是切中陆学一派之要害的（同上）。

那么，他对王阳明怎样看呢？

清澜认为，阳明的“格致”之说大致与佛氏的“常惺惺”相似，只是佛氏的心是自私自利之心，这与阳明所说的心有所不同，但又因阳明自认为得佛氏本来面目，所以其心学又同样属于自私自利的“养神一路”（参见《学蔀通辨·后编下》）。

遵守朱子学的清澜认为，掌握了朱子学，方能免于走上异端的“养神一路”(9)。

清澜认为，朱子的立论在于主敬涵养的立本、读书穷理的致知、身体力行的实践，三者是齐头并进的关系，若只提倡其一，则无非是“因病施药”。所以，如同朱陆同异论者那样，清澜把涵养之说看作朱子定论，并认为将主敬涵养附合涵养本意的陆学观点，是厚诬朱子之论（《学蔀通辨提纲》）。所以，他强调了涵养与思索、居敬与穷理的并用，存心与致知的互发，知与行的相须，博与约的不偏不倚的重要性；认为据此才能免踏异学之辙。

清澜特别反对涵养与致知的偏用，而强调其并用的重要性，认为涵养必须主敬，致知必须穷理，而如果偏于存心而欠缺致知，偏于致知而欠缺主敬，不致力于穷理而致力于识心，不依靠主敬而致力存心，那就会流于禅（《学蔀通辨·终编中》）。正如清澜所说，涵养与穷理并进是朱子学的特色之一。尽管如此，清澜的侧重点还是在穷理这一边，认为如果不重视穷理而重视涵养的话，就会陷于异学。

若把朱子学与陆学作比较，可以说朱子学在以穷理即问学为主方面有其特点。然而，元朝以后的朱子学者已出现了倾心于朱子学之居敬涵养的趋势，结果遂导致了朱、陆两学的相互走近，这点即使从朱陆同异论者那里也能找到证据。

本来朱子所说的主敬，一般来说是与问学相连，并与此浑然一体而发挥价值的，但若把主敬作为包括问学的浑然之体而加以重视的话，那么不但会淡化朱子学的特色，甚至或许会产生接近异学的危险。

钱穆曾指出：庄子的“精”，是使心知凝聚的工夫，即专一于心的工夫；而庄子的“养神”，就是养心知之明白纯粹之体（参见《释道家精神义》，载于《新亚学报》第2卷第1期）。我们据此也可以看出庄子的工夫中存在与宋儒的“敬”相通之处吧！例如，若除去伦理性的问题，那么庄子在《养生主》篇中说的“养神”，就与程、朱所谓“主一无适”的“居敬”一脉相通了。朱子在提倡“敬”时，有来自尹和靖“心中不容有一事”之说的倾向，但这也是与《庄子·人间世》中所谓“夫徇耳目内通而外于心知，鬼神将来舍，而况人乎！是万物之化也，禹舜之所纽也”的思想相通的吧！

所以，即使在朱子学中，如果重视居敬涵养的一面，则其趋向也许有接近老庄和禅佛的忧虑吧！清澜是善于洞察这些问题的，这是他强调以问学为存心之工夫的原因。所以，清澜认为，朱子在《孟子集注》中所持之立场——把问学当作求孟子之“放心”的缘由，主张先立主敬、后求问学——是置问学于存心之后，并把朱子之说与反对朱子并坚持收拾精神一路以求孟子之“放心”的陆子之学，都断定为“一乘法”、“文殊的不二法门”（参见《学蔀通辨·后编上》）。

清澜认为，儒家担心由于义理不明而使之不能成为精神知觉之主，所以强调学问思辨、格物致知的重要性；佛氏则惧怕纷扰事理而生精神知觉之累，使心不欲泊一事、思一理，所以提倡事障理障之说。因此，儒家的存心自然成为主敬，而佛氏的存心则自然成为主静。主敬而穷理，主静而养神，儒、佛之别就正好表现在这里（参见《学蔀通辨·终编上》）。(10)清澜在这里较为准确地阐明了儒、佛在“存心”上的区别。

清澜说，朱子提出学之顺序，主张“格致而后诚意”，认为如果论理而不论事，说心而不说身，就会陷于异端。因此，如果制外而不养内，偏于存中的工夫，即专一于存心，那么工夫就没有下手处，这反而会使心不实。因此，即使说“诚意”、说“正心”，那也应该从属于穷事物之理的格致工夫。朱子在提倡“敬”时又提倡“礼”，就是基于这一主旨的。

清澜之所以以制外养内的朱子“格物致知”为要，无非是因为忧虑提倡以内、心为主的格物致知，有陷于禅的危险。他非难王阳明和陆子等的格致论的理由正在这里。他指责阳明的唯心格物论混淆并窒碍了《大学》的正心诚意说。因为阳明之论以“致知”为先，以“格物”为后，是颠倒《大学》“格致”次序的乖戾之论，归根到底是与吕居仁、陆象山的“格物”论相同的，求佛氏之“常惺惺”、“本来面目”的学说（参见《学蔀通辨·续编中》）。(11)

清澜认为，这正是朱子所批评的“释氏之说为主于中，而外欲强为儒者之论”，也是类似于罗整庵所批评的“世有学禅而未至者，略见些光彩，便要将两家（儒佛）之说和合为一，弥缝虽巧，败阙处不可胜言，弄得来儒不儒、佛不佛”的异端之弊（参见《学蔀通辨·续编下》）。

如上所述，清澜重视读书穷理，并以此为儒家本领，而批判轻视读书穷理的陆王派，他认为，禅家之弊端在于遗弃事物、脱略章句（参见《学蔀通辨·后编中》），这是因为禅家立足于“养神一路”。清澜说，陆子虽也主张读书，但因为不以穷理为目的，而以理解血脉骨髓为目的，所以仍未脱却“养神一路”（同上）。而且，陆子以“六经”为吾心之注脚，这就如同陈白沙说的“六经尽在虚无里，万理都归感寂中”和“千古遗编都剩语”那样，以“六经”为糟粕而以顿悟为话头，但这正是禅家不立文字、识心见性之说，也是来自王弼和庄子等以“六经”为圣人之糟粕的论调。因为阳明在其所著的《稽山书院尊经阁记》中，把“六经”视为虚器而专说悟，所以即使在阳明那里，也是把“六经”看作糟粕影响、故纸陈编的。

基于此，清澜批判说：“阳明一生，尊信达摩、慧能，虽孔、曾、思、孟犹不免于疑，而尚何有于朱子？盖儒释之不相能，犹冰炭之不相入。朱子一生辟佛，而阳明以为至道，欲率天下而趋之，无惑乎抵牾朱子而亟加诋訾矣。”（《学蔀通辨·续编下》）

清澜对轻视读书穷理的弊害，做了如下总结：如果只是过分用心而不读书，那么即使察知气禀的偏杂也不能分辨善恶，从而导致率意妄行、颠倒错乱，以至于陷于朱子所说的“癫狂失心”（参见《学蔀通辨·后编下》；同书，《续编中》）。禅之所见，无论其原本多么高明洒脱，但其用处却是七颠八倒的，这是因为没有在读书穷理上用工夫。禅一面提倡一截，一面又陷于两截的原因就在这里，而陆学之误也在这里。总之，对于圣贤之言，如果不是读书穷理以分辨善恶，致天理而使之成为人心的主宰，而是专任心源、决是非之分于自心，那么就会师心自用，成为所谓“无所住以生其心”的《金刚经》之论，而陷于猖狂自恣。清澜认为，阳明之学就是因为堕于此弊后，才成为异端之学的（参见《学蔀通辨·续编下》）。