作为现成论者的海门，自然会以浑沦为宗而排斥分疏。例如，关于天人关系，他例举程子所说的“天人无二”论，而非来个“天人合一”不可（参见《东越证学录》卷9，《题一乐堂册》）。所以他称不从经纶而言立本者为虚，称不知立本而言经纶者为粗，称不通造化而言立本、经纶者为浅；即使对主张三者兼用者，他也认为应该把经纶、立本、造化三者当作是“一体异名”、“一时俱了”的关系（参见同上书卷1，《南都会语》）。至于悟和修的问题，以及顿、渐、圆的问题，他的看法也与上述主旨一致。

阳明以后，批评悟修偏废的论调逐渐兴盛。一般认为，只有坚持悟必兼修、修必兼悟，才能使悟修皆真。但海门则以此为天下之病，认为上述立场归根到底都是承认修外有悟、悟外有修，因而都可谓是“悬驰履错”。在他看来，真悟不必言修，真修不必言悟。这实质上是认为“悟修之说者，方便之辞也”，而这正是海门所反对的固执于悟修而主张求真的做法（参见同上书卷7，《祁生壁语序》）。

明末盛行顿、渐、圆之说，海门将此譬喻为太阳之升空，认为“顿”就像太阳刚从东边升起，天空即刻光明；“渐”就像太阳自东向西缓缓而行；而“圆”则像阳光普照那样，“开眼一见便了……（而）太宗师只令人开眼”。因此，他反对顿、渐、圆三者的分疏之论（参见同上书卷19，《与周叔宗》）。

以浑然之学为宗的海门，把心知当作浑沦之体，而强调自知自得、默识自得的重要性，这不是没有理由的。如前所述，朱子解释“心”时，认为心具众理而应万事。许敬庵则认为，心如太虚，虽无一物，却有天下之本。海门认为，只有此心才是学问大头脑，还说这是孔颜之教，而所谓“圣”也不外乎是“心之精神”罢了（参见同上书卷2，《新安会语》《东粤会语》）。所以，他很体谅杨慈湖所揭示的以心之精神为圣的《孔丛子》之说的立场（参见同上书卷3，《武林会语》）。海门认为，朱子《大学或问》所说的“知即心之神明，众理之妙而主宰万物也”一语，由于主张知外无理、知外无事，故而提出知即心之神明的观点。但这仍然显示了以心知为浑然之体的思想。

由此可见，海门是以朱王两学为一途的。所以，他并不以为朱王两学是矛盾的，而是认为阳明尊朱而未尝背朱（同上书卷1，《南都会语》）。以朱子之知为浑沦之体的海门，自然也会以阳明的“致良知”之“知”为“众妙之门”，甚至以“知”为学之本，同时又认为没有比“良”更妙的东西（参见同上书卷6，《不隔丝毫卷序》）。归根到底，他是以阳明的“良知”说为学之宗旨的。这就是海门之所以把昭昭灵灵之明德与昭昭灵灵之由来的至善作为浑然一体，认为知即止、止即知，并因此以偏用乃至互用为非，而慨叹其中有轻视良知、使学术多歧的病根的缘由。根据这一立场，海门把“知止”当作贯通格致诚正修、治国平天下的东西，并强调“知止尽”（同上书卷4）。而他所宗奉的“知”，实质上就是浑一之体，并认为作为浑一之体的“知”，是可以自知自悟即默识自得的。