龙溪到后来虽被李卓吾当作三教宗师来敬仰，但事实上他或者勉强会同三教，或者排斥异端。

龙溪认为，讨论三教，并不能只论其“异”而不论其“同”。他是这样阐述三教之异同的：“二氏之学与吾儒异，然与吾儒并传而不废，盖亦有道在焉，均是心也。佛氏从父母**时提出，故曰‘父母未生前’，曰‘一丝不挂’，而其事曰‘明心见性’；道家从出胎时提出，故曰‘?地一声，泰山失足’，‘一灵真性既立，而胎息已忘’，而其事曰‘修心炼性’；吾儒却从孩提时提出，故曰‘孩提知爱知敬’，‘不学不虑’，曰‘大人不失其赤子之心’，而其事曰‘存心养性’。夫以未生时看心，是佛氏顿超还虚之学；以出胎时看心，是道家炼精气神以求还虚之学。良知两字范围三教之宗。良知之凝聚为精，流行为气，妙用为神，无三可住，良知即虚，无一可还，此所以为圣人之学。若以未生时兼不得出胎，以出胎时兼不得孩提。孩提举其全，天地万物，经纶参赞，举而措之，而二氏之所拈出者未尝不兼焉，皆未免于臆说。或强合而同，或排斥而异，皆非所以论于三教也。”（同上书卷7，《南游会纪》）

他把阳明的“良知”二字视为“范围三教之宗”，并且强调：“大抵我师良知两字，万劫不坏之元神，范围三教大总持。”（同上书卷9，《与魏水州》）所以在龙溪看来，良知就是佛之觉、老之玄，只是立意各有侧重，才导致了三教的作用各自相异罢了（同上书卷10，《与李中溪》）。这实际上是认为，由于良知乃“范围三教之宗”，因而若修得良知之学，便可兼得佛老之道。这大概可以说是三教归儒的立场吧！