因此，以自然为宗的甘泉之学，不同于要求门人至死仍须刻苦用功的朱子之学，反倒近似于以静观自得为宗的明道之学。虽然陆象山的门人杨慈湖也提倡自然，但据甘泉说，慈湖的自然之工夫，是“如雷如风霆”而“震动变化”的工夫，故而其仍“未免有禅者杖喝警动之意”（同上书卷24，《杨子折中·论春秋礼乐》）。然而，甘泉主张以自然为宗，则是根据其师白沙的教诲。故其诗有“赠我彩云裳，自然绣于上，服此永不忘”之句（同上书卷26，《诗》），并自述说：“先师白沙先生云：‘学以自然为宗。’当时闻而或疑焉。若水（甘泉）服膺是训，垂四十年矣，乃今信之益笃。”（同上书卷21，《自然堂铭》）故甘泉称白沙为“自然翁”（同上书卷26，《诗》）。不过，甘泉所说的“自然”，实际上比以清澄端本为宗的白沙更接近于明道的《识仁篇》之见。总之，甘泉是把圣学看作以自然为宗的，故以深刻体悟圣学之自然为要务。这只要看看他的《自然堂铭序》（同上书卷21），便可窥知这方面的信息。

在这里，甘泉认为，虽讲自然，但欲熟达却并非易事，还必须做调停习熟的刻苦之功。所以，他或者从柳子厚诗中提出“道机熟”三字，并要求玩味一番（参见《问疑续录》）；或者认为明道之自然“要百般磨炼”，并推出以敬为要的白沙之说，而且还把自己常常称颂的吴康斋的“道理平铺”视为不可更易的工夫（同上）。因此，甘泉所说的自然，应该说与良知现成派所说的自然有所不同。

甘泉认为，由于敬是存养天理之纯一并会凝聚德性的工夫，它相当于孟子所说的“有事”和“集义”。因此，他便把孟子的“有事”当作存养天理的积极工夫，而批评佛学所倡言的“意必固我之亡”是“不知有事焉”（《雍语》）。(20)

孟子在“必有事焉”之后加上了“勿忘勿助”，即“两勿”。甘泉把“有事”与“两勿”的关系譬喻为方圆与规矩（参见《新泉问辨录》）。据他说，因为“有事”无非是敬，所以“两勿”又可以说是敬之规矩和敬之工夫（参见《湛甘泉文集》卷3，《雍语》；同书卷7，《答聂文蔚侍御》）。总之，所谓“勿忘”就是勿忘工夫，所谓“勿助”就是不要人为安排。他说：“诸或忘之，非本体也；或助之，非自然也。”（同上书卷17，《赠维杨掌教鹤阿高君迁刑部主政序》）以为“两勿”之间存有“真机”。而这又无非是犹如前述的“以自然之工夫合于自然之本体”罢了。

明道说过：“勿忘勿助之间即正当处。”但甘泉把“两勿”解作“敬”，把“正当处”解作“天理”，并强调以“两勿”为“体认天理”之工夫。(21)他认为，两勿之间是一点生意，是浑沦的万化之本，而与物同体的天理就在此中间。如同《论语》所谓“参前倚衡”，《中庸》所谓“鸢飞鱼跃”，明道所谓“活泼泼地”那样，在两勿之间有随时随处不间断的真体之流露和天机之活用（参见《新泉问辨录》）。如果在其间体认天理的话，那么应酬、读书、举业就全都会一以贯之了，恰如“鸿炉煅顽铁，千炼千精坚；自兹化有容，习惯成自然”（《千忍亭诗书付孙润先刻石》）。而他以“两勿”为“体认天理”之切要的理由就在于此。他认为，明道之所谓“定性”，也正在这“勿忘勿助之间”（参见《问疑续录》）。

但是，甘泉不同意分离“两勿”，而把它们当作浑然为一的工夫。当他说“两勿”时，总要加上“间”字，这其中有其重要的含义。他认为，若用“两勿”之工夫，使心无过无不及，不偏不倚而成中正，那么“间”就是中正之心，不陷于“无”，不驰于“有”，从而成为有无浑一、体物不遗的存在。这与明道的思想非常相近，所以甘泉称赞明道在“两勿”之下加一“间”字，是“知几之神”（参见《问疑续录》）。

若根据“两勿”论，则无论是所谓“求放心”而求收心之事的孟子之说，还是所谓“必放心”而以心之廓大为要的邵康节之说，在甘泉看来都是赘说。这是因为，这些学说虽都是匡救时弊之论，但若遵循“两勿”论，则天理存而人欲去，于是自然能备广大精微之体，而救偏内偏外之弊，而补偏的工夫也就没有必要了（参见《湛甘泉文集》卷21，《求放心亭记》）。所以，甘泉虽赞同孟子的“尽心”、“有事”及“两勿”之说，但却怀疑“求放心”之说。这是因为，在他看来，如果按照“求放心”说，则放者是一心，求者也是一心，这就成了以心求心，反倒使心陷入了“憧憧往来”之弊（参见同上书卷7，《黄安崖中丞一》；同书卷21，《求放心亭记》）。

甘泉以“两勿”论为要，这就如同其自己所言：“忘则失之不及，固不尽；助则失之过，亦不尽。惟勿忘勿助之间，中中正正，则广大高明之体完完全全，若明镜之刮垢，复其本体，光明圆满，无一毫翳缺处，而心可尽矣。”（同上书卷23，《天泉书堂讲章》）是由于“两勿”作为得心之中正而体认天理的工夫，而这种工夫又无非是“不出位”的思之工夫，即所谓“中思”之工夫（参见《问辨续录》）。

但是，甘泉并不同意把“两勿”之间（也可称作“敬”）直接作为天理，而是认为要在其中“见天理”（参见《问辨录》；《天关语通录》；《新泉问辨续录》）。这是因为他看到了，一做“两勿”工夫，便漫然逐于有心无心之境，而忘却体认实理，于是担心会产生如同庄子求混沌那样的弊病。尽管如此，他仍不同意所谓“观天理”而把“观”字冠于“天理”之上的做法（参见《问辨续录》）。因为在他看来，如果加个“观”字，那就成了以心观心，而使工夫不胜其烦矣。

这就是说，甘泉是努力以工夫之真切、天理之自得为要的，只是不直接以“两勿”之间或“敬”为天理。他之所以又在两者中间划一引线，是因为担忧私心杂糅而丧失天理之严正。但这样一来，即便说他还笼罩着主张心性之别的朱子学阴影，也不为过。否则的话，甘泉之学也许就与陆王之学无甚差别了。

甘泉的“两勿”说，曾被阳明及其弟子们非难为陷于虚无而离却集义之说。阳明认为，因为本体和工夫是浑一而真切的关系，所以存养了良知这一真切的本体，也就会使工夫变得真切。不然的话，“两勿”就会变得漫无边际了。更何况“有事”是根本，是“集义”，而“两勿”只不过是其间“提撕觉醒”之工夫罢了。所以阳明曾批评甘泉说，若不以“有事”为主而徒用“两勿”工夫，那就会失去头脑而陷于虚见。(22)

对此，甘泉反驳说：“两勿”既是“有事”的规矩，又是“集义”，舍“两勿”而求“有事”，就如同舍规矩而求方圆，所以即使去掉“两勿”而求“有事”，“有事”也不能得。他还称这种做法是“灭天理”（参见《新泉问辨录》；《天关语通录》；《湛甘泉文集》卷17，《赠维杨掌教鹤阿高君迁刑部主政序》），而“两勿”之间停停当当，才是天理。由于甘泉在“两勿”之间还看见了同体之理，因而认为它既是至虚又是至实的，从而回答了所谓虚见的非难。又由于“敬”是聚德工夫，而敬之工夫即“两勿”，因而“两勿”即“集义”。所以甘泉认为，如果不在“敬”上“集义”而在事上“集义”，那就反而会陷于助长义袭之弊。这也是为什么甘泉要视“两勿”为不离“集义”的根本原因（参见《问辨录》；《湛甘泉文集》卷7，《答郑君济问集义》）。

此外，甘泉还根据“两勿”说批判了禅学所谓的“忘”。他认为，“两勿”之间是意与不意，即坐忘与不忘之间，是天机所在。所以，提倡“忘”的禅学，是着于忘而未能见得真体之学（参见同上书卷26，《诗》）。

因此，甘泉认为，如果按照“敬以养心”的话，那么体认就不会落于佛老之虚见，并能实得天理之纯正。所以，无论是《大学》的“格致诚正”、“修齐治平”，还是《中庸》的“慎独”、《孟子》的“集义”，由于全都主张实得天理的工夫，因而皆可以“敬”贯之，否则的话，这些工夫就难以通达天理之生意了（参见同上书卷7，《答太常博士陈惟浚》）。

从这一立场出发，甘泉赞成用敬统合《大学》《小学》诸条目的朱子之立场，而不赞成以敬为画蛇添足的阳明之说（参见《问疑续录》）。