以浑一之天理为学之宗旨的甘泉，当然要以知行的浑一为要，以提倡知行的合一并进（即致知和存养、穷索和涵养的兼用），而认为知行先后内外之论，既非至极之道，亦非至当之学。所以，他不仅反对把《论语》的博与约视为先后工夫，而认为两者是一致的（参见《雍语》；《天关语通录》）；而且也斥责把《易》的敬与义分为内外的观点，而指出两者是合一的（参见《新泉问辨续录》）。同时，他还批评了把程子的居敬与致知（涵养和进学）分而为二的做法，认为这是对程子的无知（参见《湛甘泉文集》卷7，《答太常博士陈惟浚》）。

因为知行本来就是合一的，所以知必为行之力，行必为知之实；知至行必至，行至知亦必至。这样知行才能避免支离而浑然合一。然而，与其说甘泉在行的方面与把重点放在笃行方面的阳明有所不同，还不如说他在知的方面有致力于真知的倾向。(10)所以他认为，在天理的知觉中有真知。这种思考方法与《中庸》的主旨正相契合。就是说，《中庸》不只是徒然提倡聪明圣知，而是认为知是达于天德之要并以此为真的（参见《新泉问辨录》）。从这一立场出发，甘泉认为，以知为行的阳明之“知行合一”论，有使人专任于知觉之一念而导致肆意妄念妄行的危险，故而批评阳明的“知行合一”说未免有病（参见《天关语通录》）。

据此，甘泉说：“穷也者，极至之名，知至行至，穷其理焉，性尽而命至矣！其古人所谓格物乎！”（《雍语·虚实第十》）他还把这样的知行关系譬喻为鸡孵蛋，大意是说：鸡蛋中有生成雏的机理，即灵的骨子。这是仁的种子，若不知道此种子，就不知道为什么要孵蛋了。同样的，即使知道了涵养（行）的必要，但若不知道涵养什么东西，那也等于无用。甘泉认为，程明道所谓“先须识仁”的主旨正在于此，而佛氏就因为不知此主旨，以至于提出“理障”之说（参见《新泉问辨录》）。

在甘泉看来，只有如此，学才能不陷于妄念妄行而有头脑，而这才是圣贤之本旨。于是，《论语》说博文和约礼之先后，《中庸》讲学问思辨和笃行之先后，《孟子》说知性和养气之先后，程子“先识仁而以诚敬存之”，都是为了强调知行的先后关系（参见《湛甘泉文集》卷9，《新泉问辨续录》；同书卷7，《答顾箬溪佥宪》）。

从上述本旨出发，甘泉还指出了读书讲学的重要性，提倡“二业合一”，即德业与举业的合一，并以举业为德性涵养之资而承认其价值（同上书卷5，《二业合一》；同书卷19，《署材长以备器使》）。但是，被甘泉当作要领的读书讲学，并不单单是以知识的积累为目的的，而是为了开启真知。此外，就如同朱子那样，甘泉也不把“学”训作“效”（参见朱熹《论语集注·学而篇》），而往往训作“觉”，这大概也不是没有理由的吧！（参见《天关语通录》；《樵语》；《雍语》；《问辨录》）

但是，据甘泉说，“觉”也有大小之分，而以觉“廓然大公”、“与天地同体”、“物我一体”为之究极（参见《湛甘泉文集》卷20，《韶州明经馆讲义》）。然而一般来说，真知也能通达于行，所以甘泉在另一方面也并不否定“后知先行”论。其结果，甘泉便以两说不可偏废而主张并进。他说：“夫学不过知行，知行不可离又不可混。”（同上书卷7，《答顾箬溪佥宪》）不过甘泉此说，不应该与程朱的“兼用并进”论同等看待，而应视为比程朱之论更具有浑一性的观点。尽管如此，甘泉此说仍与阳明的立场有较大不同。正如前文所述，如果提倡“知行合一”，而且认为知是决定行的知，行是使知变得明的行，那么知与行就自然而然地具有了一贯性和同一性。如果不善于领悟这种知行观而空谈知先行后，那就会导致以药杀人的弊端。这便是阳明的立场。

于是，甘泉把达于行的知作为学之要。这种知，就像他所说的：“大段要见得这头脑亲切，存之自不费力耳。”（同上书卷7，《答方西樵》）这就必须是把行视为本来自然亲切的东西。因而甘泉认为，知必须是随时随地无先后之别，不待经历，外不逐事物，内不逐光景，随处真切的知。

而甘泉既主张“随处体认天理”，又强调“默识”的重要性（甘泉晚年特别强调“默识”，认为体认工夫，若无主体的我，就不会有被体认的天理，并认为这是达到超越主客之绝对性的结果），就是基于上述主旨的。