王阳明到南京赴任之时，恰逢弟子徐爱也到南京上任。随后，很多故交也闻讯从滁州赶到南京。据《年谱》记载，其中包括黄宗明、薛侃、马明衡、陆澄、季本、许相卿、王激、诸偁、林达、张寰、唐愈贤、饶文壁、刘观时、郑骝、周积、郭庆、栾惠、刘晓、何鳌、陈杰、杨杓、白说、彭一之、朱篪等。他们每日陪伴在王阳明身边，切磋学问、交流心得，学术氛围十分浓厚。
其间，有人对王阳明讲，很多滁州弟子喜欢高谈阔论，有违先生教诲。
王阳明道：“吾年来欲惩戒末俗之卑污，引接学者多就高明一路，以救时弊。今见学者渐有流入空虚，为脱落新奇之论，吾已悔之矣。”（《年谱》）因此，王阳明在南京讲学时，更注重提高弟子的自省能力，即省察克治。
其实，王阳明在滁州时就提倡学以致用。如前所述，王阳明在受王嘉秀所托而写的《书王嘉秀请益卷》（《王文成公全书》卷八）中提到，君子之学为“为己之学”，正因为“为己”才要“克己”，只有“克己”才能达到忘我之境。然而，世间学者多将“为己”理解成恣意妄为之意，以致行事不端、有悖伦常。此外，王阳明在写给王纯甫、蔡希渊的信中，也论述了“克己”的重要性。我们从滁州时期的诗文中，也能看到王阳明对“克己”问题的阐述。
王阳明曾写信给滁州诸生，向他们阐述了省察克治的必要性，其言辞颇为严厉（《与滁阳诸生书并问答语》，《王文成公全书》卷二十六）：“或患思虑纷杂，不能强禁绝。阳明子曰：‘纷杂思虑，亦强禁绝不得，只就思虑萌动处省察克治，到天理精明后，有个物各付物的意思，自然静专，无纷杂之念；《大学》所谓知止而后有定也。’”王阳明告诫弟子，不要一味追求虚幻之物，而应经常进行自我反省。
钱德洪在该文的跋文中提到，王阳明于滁州、南京讲学之时，倡导“高明一路”（清高、圣明之道）。对此，钱德洪深感忧虑，担心这样会误入佛教（老庄）的空（虚无）之境。因此，王阳明在赣州讲学时，着力提倡在实践中省察克治，即在日常生活中学习如何“存天理、去私欲”。赣州位于江西省，正德十二年（1517）正月，王阳明升任都察院左佥都御史，巡视赣州。
在南京、赣州讲学时期，王阳明极为重视并阐述了省察克治的实际用处。因此，王阳明反对朱子学的以外知为事的观点，并批判其虚静倾向，而主张省察克治。
陆澄在南京时曾拜王阳明为师，此人极爱静坐冥思，并曾就此问题求教于王阳明。
问：“宁静存心时，可为‘未发之中’否？”
先生曰：“今人存心，只定得气。当其宁静时，亦只是气宁静，不可以为‘未发之中’。”
曰：“‘未’便是‘中’，莫亦是求‘中’功夫？”
曰：“只要去人欲、存天理，方是功夫。静时念念去人欲、存天理，动时念念去人欲、存天理，不管宁静不宁静。若靠那宁静，不惟渐有喜静厌动之弊，中间许多病痛，只是潜伏在，终不能绝去，遇事依旧滋长。以循理为主，何尝不宁静；以宁静为主，未必能循理。”（《传习录》上卷）
王阳明认为，《中庸》所谓“未发之中”并非“心静”之意，只有时刻不忘去私欲、存天理，才能真正达到心静，这与个体的静、动之态无关。所谓“未发之中”即指天理，因为天理是公正的、无所偏倚的。
王阳明所说的私欲，不仅指名利色欲，也包括所有的私心杂念。他认为，名利色欲正是产生私心杂念的根源。（《传习录》上卷）
自南京讲学以来，王阳明尤为提倡实践的作用。
正德十年（1515），学者方鹏（字子凤，又字时举，号矫亭，正德三年进士，江苏昆山人）以“矫亭”取代“我亭”之号，并就此向王阳明求教，王阳明作《矫亭说》（《王文成公全书》卷七）答之：“君子之论学也，不曰‘矫’而曰‘克’。克以胜其私，私胜而理复，无过不及矣。矫犹未免于意必也，意必亦私也。故克己则矫不必言。”
此外，王阳明对亲属也阐述过省察克治的必要性。王克彰是王阳明的族叔，同时也是王阳明的弟子。王阳明在致王克彰的信中写道：“自俗儒之说行，学者惟事口耳讲习，不复知有反身克己之道。”（《王文成公全书》卷二十六）
朱熹认为，克己先要弄清何为天理、何为私欲。就像诚意与究理的关系一样，只有尽知其理，才能深诚其意。否则，“诚”会陷于孤陋浅薄，最终与“理”背道而驰。对此，王阳明持不同意见。
王阳明认为：“人若真实切己用功不已，则于此心天理之精微日见一日，私欲之细微亦日见一日。若不用克己功夫，终日只是说话而已，天理终不自见，私欲亦终不自见。如人走路一般，走得一段，方认得一段，走到歧路时，有疑便问，问了又走，方渐能到得欲到之处。今人于已知之天理不肯存，已知之人欲不肯去，且只管愁不能尽知。只管闲讲，何益之有？且待克得自己无私可克，方愁不能尽知，亦未迟在。”（《传习录》上卷）
王阳明认为，克己才能知天理，而天理就存于心中。心即理，只有真正认识自我，才能知天理。《中庸》提到的“中和”也由克己而来，因为喜怒哀乐的本体自是中和的。当本体附着其他意念时就会失去中和，便是私。
当时，很多学者将格物致知局限于口舌之论，忽视了个体对天理的认知与维系。对于这种现状，王阳明十分担忧，于是他在南京讲学之际，极力倡导省察克治。王阳明指出：“今为吾所谓格物之学者，尚多流于口耳。况为口耳之学者，能反于此乎？天理人欲，其精微必时时用力省察克治，方日渐有见。如今一说话之间，虽只讲天理，不知心中倏忽之间已有多少私欲。盖有窃发而不知者，虽用力察之，尚不易见，况徒口讲而可得尽知乎？今只管讲天理来顿放着不循，讲人欲来顿放着不去，岂格物致知之学？后世之学，其极至，只做得个义袭而取的功夫。”（《传习录》上卷）