虽然左宗棠为人性格憨直鲁莽，但是慈禧还是对左宗棠敬重有加的，关于言官们对左宗棠的参奏、宫中大小太监对左宗棠的坏话，她都姑且听听，淡然处之。闲暇时候，还会召左宗棠来叙叙话，聊聊天。有一次，慈禧问：“早早起来上朝，会不会觉得辛苦啊？”左宗棠手一摆，说：“经年用武，很早便起床，早弄惯了。”左宗棠自小养成的湖南土话到了古稀之年根本改不掉，于是他就把“习惯”说成了“弄惯”，还得慈禧自己翻译、消化一番。

另外，最让左宗棠感觉光彩的是慈禧的一句“三十年不许奏左”，从这件事里可以看出老佛爷对于左宗棠的信任度不是一般的深。事实也确实如此，左宗棠对别人挑剔，对自己也很苛责，到他临死的时候，这个拥有一大串顶级头衔的晚清权臣，只给自己的后人留下了两万五千两银子的积蓄，反观同时代的李鸿章，据说死后家产达到了四千万两白银，虽说其中很大一部分都是李鸿章搞轮船运输得来的，但还是可以看出，左宗棠这个人为官清廉，心无城府。慈禧作为一个女人，要操控自己手下这批王公大臣，手腕就必须得不一般，所以慈禧把左宗棠调回京城，然后说一句“三十年不许奏左”，也正是借用左宗棠的力量压制李鸿章。削山头、搞平衡是统治者的惯用手段，为了防止李鸿章得意忘形，扶持左宗棠这根长矛是很自然的。

类似的事情早就发生过。在1864年，曾国藩率先攻破天京，兴高采烈地向朝廷报功之时，就传出了一些不利的话。曾国藩在给朝廷写的奏折中，说“幼天王”是积薪自焚，死在了天京城中，随后不久，传来消息说是“幼天王”没有死，曾国藩谎报军情。朝廷很快就追究起这件事的责任来，曾国藩被迫无奈，赶紧解散了湘军，向朝廷示弱。后来朝廷把这几份参奏的折子拿去给曾国藩看，曾国藩这才明白，是左宗棠在背后给了他一刀子。从此以后，曾、左反目成仇，八年时间不曾说话，曾国藩的势力也迅速从顶峰跌落，失去了对抗朝廷的资本。

对于曾国藩的下野，等于无形中削弱了朝中不利于慈禧统治的势力，于是慈禧更加看重左宗棠这根“长矛”，但是左宗棠的京官还是只干了不到九个月，这期间必然与他得罪宫中的太监群体和恭亲王有关，但更重要的，还是东太后慈安的暴毙一事，这让慈禧改变了主意，觉得这个想说什么就说什么的左宗棠，还是不能留在京城的。

光绪七年三月十日，宫中突然传出消息，东太后慈安亡故，这件事在当朝大臣、市井百姓中间引起了不小的猜疑。因为在此之前，慈安与慈禧算是共掌朝政，又因为慈安比慈禧早进宫，还是咸丰皇帝的正妻，所以慈禧对于这个姐姐还是很畏惧的，有野史说当年咸丰帝临终前，曾给了慈安一道密旨，说要是慈禧不规矩，就用这道旨降她。慈禧对权力极度渴望，虽说慈安也不大热心政治，但前面终究有这么一号人挡着，分流了权力，制造了约束，做什么都不方便。如此种种，都可以说是慈禧除掉慈安的理由。所以慈安暴毙的消息流传开之后，很多人都把怀疑目光投向了慈禧。按照左宗棠等人的想法，慈安怎么突然就死了呢？头天早上，慈安还接见了左宗棠、王文韶、李鸿藻等人，到了晚上就突然暴毙，实在是很让人费解。

慈安的死确实很有些蹊跷，清史上的记载是脑溢血，属于正常死亡。但是自此之后的种种猜测、怀疑，都让人浮想联翩。最明显的一个例子就是，慈安病故，而像左宗棠、翁同这些军机大臣都是事后才知道的，按照惯例，皇太后、皇帝病危的时候，近支王公、大学士、军机大臣等人都是要被召进宫，托付后事的，而且即使是给慈安抓药这类小事也不能马上就照抓，应当先给军机大臣、御前大臣们过目之后才能取药，以示慎重。但是直到慈安最后归天，这些大臣也没有见到过药方，等于违了例。并且，慈安是在晚间戌时（19～21点）亡故的，翁同听到消息是在子时（23点～次日1点），还是经由两个杂役口中听来的。虽然这其中有很多的蹊跷，但大家只是心里都在猜测，却不敢把这个话拿出来说。可是站到慈禧的角度上，谁也没有确切的证据说就是慈禧害死了慈安，因为两人共同执政二十年，慈安优于德，慈禧优于才，慈禧想要干什么慈安也不大阻拦，都是听之任之，一退一进两人配合得算相当默契，如果说慈禧前面二十年都这样过了，又有什么理由让她痛下杀手呢？但是无论如何，慈安一死，一时间所有的猜疑都指向了她，谋杀东太后的罪名可不是好担当的，更不要提天下人的指责唾骂了。且不论慈禧是不是真的幕后人，但这一切都使得慈禧的神经迅速紧绷了起来，她努力使自己的脸上表现得风平浪静，心中却如同是填满了火硝硫磺，稍稍有人流露出一点“意思”，就会迅速成为她爆发的引子。三月十一日上朝，满朝文武噤若寒蝉，谁都不敢开口说话。还是左宗棠憋不住了，他张嘴就冒了一句：“早上还好好的，怎么一到晚上就晏驾了呢？”这样的话，实在是几乎在场所有人都想说而不敢说的。很快，憎恶左宗棠的太监们把这句话传给了慈禧，慈禧觉得，不能再让这个人乱说了，于是便产生了把左宗棠送出京城的想法。

另一方面，京城里面皇亲国戚很多，到处都是八旗膏粱子弟，左宗棠还常常和这些人发生冲突。在他眼里这些人游手好闲，他就用湖南土话骂他们是“得寸用”，即一无是处的意思。然而这些人大部分虽然没有什么才干，也没有什么实权，但毕竟是皇族，一旦开罪了没有什么好下场。左宗棠在外地做官，忙惯了，到了军机处之后，常常觉得无聊，就随口吟了几句，其中有一句道：“八方无事诏书稀”。大学士李鸿藻就写歪诗讥讽他说：“军营弄惯入军机，饭罢中书日未西。坐久始知春昼永，八方无事诏书稀。”看起来颇有点挑拨离间的味道，暗示左宗棠就爱打仗，就喜欢各地暴动。因此在发生了这一系列的变故之后，慈禧终于下定决心，送左宗棠出北京！到了九月六日，左宗棠被任命为两江总督，离开北京，奔赴南京去了。

回顾左宗棠这次做京官的经历，在政治家的角度来看是失败的，但是左宗棠这次入京任军机大臣也并非什么都没干成，他来到京城之后，发现京西永定河河水泛滥，便上奏请王德榜、王诗正去涿州修筑永济桥堤，获得批准后，他便遣这些得力干将率部日夜监修，在听说工程完毕之后，他还立马收拾好行装，准备到工地上去查收。当然，军机大臣出京是需要奏过皇帝，获得批准之后才能出去的，所以左宗棠这一次又是坏了规矩。

除了永定河的工程外，左宗棠还对鸦片没有什么好感，鉴于自己一直崇拜的林则徐也是严打鸦片输入，因此他也觉得，不论从哪个角度上讲，对于鸦片进口都应该施加压力。当时鸦片进口早已经合法了，于是左宗棠就决定从关税上做文章。他上书请求调高鸦片进口的关税，以此来限制鸦片的输入，这一次获得了应允。左宗棠的出发点没有错，但是仅仅凭借提高关税是无法控制鸦片流入的，外商为了牟取暴利，即使中方提高了关税，他们也相应地会提高鸦片市场价，而当这一批鸦片抵达中国各地的烟馆时，交税所损失的钱，已经补回来了，到最后，还是那些烟民多掏了银子。

总体而言，这个军机大臣是当得蛮尴尬的，匆匆上任，又匆匆离任，左宗棠自己也没有在这一时期做下多少事情来，宛如蜻蜓点水，呼地在水面抚弄一下，就提起尾巴飞离了。