张居正去世了，冯保也被赶到了南京，万历皇帝终于可以做名副其实的皇帝了。而万历皇帝也暗暗下了决心，一定要做出一番功绩来。

相比张居正来说，冯保就聪明多了。因为他早就已经为自己谋好了出路，所以在他离开京城去南京之后，活得仍然逍遥快活。但是张居正就没那么好命了，冯保离开之后，张居正生前几十年所积累的好名声全部毁于一旦。当时朝廷的局势显得比较复杂，有三股势力都在跃跃欲试：其中有刚发展起来的张四维一派；还有急于亲政的万历皇帝；再者就是从前对张居正等人意见很大的那些官员。

最初，陕西道御史杨四知沉不住气了。他首先向朝廷上疏，提出了首辅张居正的十四条罪状。其中最突出的便是：“大略言其贪滥僭窃，招权树党，忘亲欺君，蔽主殃民。”

张居正在世时，从没有人敢这样评论他。而如今张居正死了，冯保也倒了，一切事情都是万历皇帝做主。杨四知的上疏正合了万历皇帝的心意。万历皇帝虽然心里非常高兴，但是表面上还是做足了样子。在翻阅完杨四知的奏疏之后，他对群臣说道：“居正朕虚心委任，宠待甚隆，不思尽忠报国，乃怙宠行私，殊负恩眷。”从这些话来看，万历皇帝已经将张居正的贡献全部抛到脑后了。接着，他又说：“念系皇考付托侍朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，故贷不究。”意思是：念及他是父皇留给朕的顾命大臣，而且在十年的辅政过程中也一直尽心地辅佐，既然现在他已经去世了，就饶恕他吧。

虽然万历皇帝决定宽恕张居正，但是对于张居正曾经的心腹大臣，万历皇帝就没那么心软了。比如，张居正曾经的得意门生冯昕、庞清、游七等人都被打入大牢严刑拷打，并且万历皇帝还下旨称，这些人一个都不能放过。

真的像万历皇帝说的那样，念在张居正辅政十年的功劳上就宽恕他吗？其实，这只是万历皇帝的缓兵之计。万历皇帝非常清楚，张居正在世的时候，与朝廷中的很多大臣都有矛盾。现在张居正已经死了，如果想轻易地给他安个罪名是很容易的事。但是，让万历皇帝顾虑的是，张居正也有很多拥护者，而这些拥护者中大部分都是朝廷中需要的大才，不可能因为张居正而将这些人全部罢黜。因此，在万历皇帝看来，唯一的办法就是等时机成熟时，将张居正所留下的威望彻底消除。

其实，还有另外一点让万历皇帝觉得十分麻烦，那就是在张居正辅政期间，张居正的所有意见自己当时都是非常赞同的，而且两个人也一直站在同一条战线上。如果现在反驳张居正所做的事，无异于自己打自己的脸。在考虑到这些问题之后，万历皇帝决定先不追究张居正。

但没过几天，又有人站出来再一次弹劾张居正，即四川道御史孙继先。他提出了“追言往事”，并且建议皇帝重新起用曾经因为弹劾张居正而被罢免的吴中行、赵用贤、艾穆、邹元标、傅应祯等人。此外，对于因为张居正而冤死的刘台，采取恩恤的方式。而紧接着，一些言官也开始上疏，请求皇帝对死去的张居正进行弹劾。

这些上疏虽然都很符合万历皇帝的意思，但是让他最头疼的还是之前的问题——自己当初是支持张居正的做法的。可为了将张居正所留下的好名声彻底搞臭，万历皇帝最终还是同意了大臣们的意见。但为了维护自己的颜面，他这样说道：“朕一时误听奸恶小人之言，以致降罚失中。凡是这奏本上列名的因建言得罪的，俱起用。其余有类似的，吏部都查明报来。”

其实，这只是个开端。而目的就是想引起舆论，彻底搞臭张居正。而事情的发展正符合万历皇帝的心愿——朝中大臣纷纷站到了批判张居正的行列中。同时，朝中官员也开始互相弹劾。首先，山西道御史魏允贞弹劾张居正在世时的那几个心腹大臣，比如张翰、王国光、梁梦龙等人。魏允贞的奏疏中称，这些官员都是通过拍张居正的马屁而任职高位的，并没有真才实学。

在魏允贞之后，御史张应诏又上疏弹劾刑部尚书殷正茂和兵部尚书兼两广总督陈瑞，称这两人都曾拿出大量钱财贿赂张居正。由于在朝政中这两个人的人缘本来就差，在张应诏弹劾他们之后，万历皇帝很快就作出了批复，立即将二人罢黜。

接下来，御史黄钟上奏弹劾广东巡抚陈省，称陈省的官职也是因为贿赂了张居正才得来的，并且为了讨好张居正，他经常派几百名士兵专门驻守张居正的老家江陵，每年耗费朝廷的银子数千两。在看完这封奏疏之后，万历皇帝便下旨将陈省贬为平民，并将陈省全部的财产充公。万历皇帝心里很清楚遭到弹劾的曾经依附于张居正的大臣之中有很多大才，但是为了彻底清除张居正所留下的阴影，他只能将他们一一罢免。

此后，曾任兵部尚书的张学颜和现任兵部尚书的吴兑、礼部尚书徐学谟、工部尚书曾省吾、刑部尚书潘季驯、吏部侍郎王篆、蓟州总督戚继光、陕西总督高文等官员，不是被罢黜，就是被贬官。

虽然张居正在世时权倾一朝，但是他对朝廷、对万历皇帝确实是非常忠心的。可以说，此时长眠于地下的张居正不会想到，他曾经一心辅佐的君主会对他翻脸如此之快。