在首辅这个位子上，张居正呕心沥血了那么多年，如果能提前退休回乡养老，其实也是好事。更何况，万历皇帝心里是怎么想的，张居正是再清楚不过了，毕竟他也是看着皇帝长大的人。但是皇太后的极力挽留，却让他不得不打消了养老的想法，只能继续呕心沥血地为朝政操心。

张居正的留任把那些平日依附于他的大臣高兴坏了。如果张居正辞官回家养老，他们的官途也会受到影响。由此可以看出，在这个制度严明的朝代，张居正的进退随时都可以影响到整个朝政。

张居正操劳了那么多年，本来身体就十分虚弱。万历九年（1581年）七月，张居正生病了，虽然表面上看起来只是因为劳累过度而显得体虚，但是其实病根早已经埋在了他的身体里。而张居正觉得自己的病已经没有什么大碍了，于是就继续处理朝政事务。万历皇帝看到张居正尽职尽责，因此心中十分高兴。

万历皇帝觉得张居正的这种精神是值得群臣学习的。在同年十一月，张居正已经担任一品官十二年了，于是万历皇帝亲自写下手谕：“卿亲受先帝遗嘱，辅朕十年，四海升平，外夷宾服，实赖卿匡弼之功。精忠大勋，朕言不能述，官不能酬。兹历时二年考绩，特于常典外，赐银一百两，坐蟒、蟒衣各一袭。岁加禄米二百石，薄示褒眷。先生其钦承之，勿辞。”虽然一百两银子、二百石大米以及两件蟒袍对富裕的张府来说不算什么，但是这些都是皇帝赏赐的，自然就会显得非常荣耀。

张居正在万历十年（1582年）二月再次犯病，可以说这都是之前留下的病根在作祟。病入下体，长了痔疮，奇疼无比。这不是简单的痔疮，而是体内长期存留的毒素不能排出而导致的，作了割治手术后，张居正的身体仍不见好转，反而日益变得虚弱。如此一来，张居正每天只能躺在**。朝中的一些大臣认为，这个时候才是考验自己对张居正忠心的时候，但是张府什么也不缺，又不能直接给张居正送银子。于是，这些大臣就想了各种各样的办法以表忠心——科道、部寺、詹翰等一些大臣在寺庙里设了斋醮，大家齐聚在一起祈祷张居正能熬过此关；有些人到处寻找道行高超的法师开坛做法事；有些人为了让张居正知道他的诚心，跪在烈日下面，想以此感动苍天；有人还写了一些祝福张居正早日康复的长篇文章，然后转交给张居正，因为此时的张居正已经虚弱到无法下床了，为了静养已经不见任何人了。而在这个时候，有些官员就开始拿着钱财贿赂张居正的家人，然后通过他的家人传递自己的忠心。其实，不仅京城的官员这样，全国各地的官员也开始效仿。不管这些大臣用什么方法为张居正祈祷，张居正的病就是一直不见好，反而越来越重了。这个时候，万历皇帝也作出了表示，将张居正加封为太师，加岁禄二百石，同时张居正的一个儿子也被封为世袭同知。但是，对此张居正已经无力高兴了。

张居正这位权倾一朝的一代名臣在万历十年（1582年）六月走到了他人生的终点。至此，他年仅五十八岁。在张居正的死讯传进皇宫之后，万历皇帝非常伤心，并且下令整个朝廷停朝一天。

次日，朝中就成立了治丧部门。对于张居正的葬礼，皇帝赐予了最高的待遇：不仅赏赐白银五百两和各类物资用于张居正的丧事，而且他还赐给张居正“张文忠公”的谥号，同时赠与上柱国衔。不仅如此，张居正的一个儿子还被升为尚宝司丞。除此，万历皇帝还派了锦衣卫堂上官等一些官员，护送张居正的棺木前往江陵。

之前，张居正为老父办的那场奢侈的葬礼依然让人们记忆犹新，而这次他自己的丧事场面比之前更为壮观。负责护送张居正棺木的官员就坐满了七十多艘船，雇用的船夫就有三千多人，仪仗队就长达十多里，而张居正的棺木和遗体就在这种阵势中被送到张居正的老家——荆州江陵。