在这场接连出现的弹劾事件中，张居正能做的只有上疏皇帝，请求回乡丁忧。而万历皇帝也明白张居正的意思，因而两个人配合得十分默契。张居正一再上疏，而万历皇帝则一再挽留——对于张居正的上疏，万历皇帝一一驳回。其原因只有一套说辞：先生是先皇认定的顾命大臣，朕心智还不成熟，所以还要依赖于先生，因此先生万万不能离开京城。
就这样，两人来来回回地折腾，最后张居正也没有耐心了，他说：“朝中人才那么多，大家都是忠于朝廷的人，为什么偏偏我就不能离开呢？”其实，这句话只是他的牢骚而已，他的本意自然不是这样的。
而在这个敏感的时期，又有一个叫邹元标的人站了出来。他上疏称：“皇上一直说自己心智不成熟，所以还要依赖于张居正，更离不开张居正。但是如果有一天，张居正也去世了，那皇上也不活了吗？如果皇上一直这样放纵张居正，那么时间久了他便会恃宠而骄，甚至连皇上的话也不放在心上了。后人如果都效仿张居正的做法，那么就有可能发生谋朝篡位的事。”
邹元标是一个非常直白的人，他的这些话如果放在私下说还好一些，但是他却将这些话搬到了台面上。而这样一来，不仅惹怒了张居正，还惹怒了皇帝。因为他的这番话也在间接地指责皇帝，说皇帝无能，只能依赖于张居正。最后，在冯保等人的煽风点火下，万历皇帝龙颜大怒，说道：“这些话不仅仅是对朕的侮辱，而且还诅咒张先生。打！狠狠地打！”
于是，邹元标被重打八十廷杖后发配到边疆。而之前弹劾张居正的吴中行、赵永贤等人也被牵扯其中。吴中行和赵永贤被打了六十廷板，并且皇帝下令将他们贬为庶民；艾穆和沈思孝被打了八十廷杖，发配到边疆。
自此之后，那些曾反对张居正“夺情”的官员都心有余悸。即便如此，礼部尚书马自强、翰林院掌院学士王锡爵、一些“夺情”的支持者和反对者还是一起来到张居正的家中，为那些人说情。虽然说情的这些人在政治方面的想法不同，但是在这件事情上他们都有同样的想法——既然张居正已经达到目的了，就不要赶尽杀绝了。
其实，张居正也不是心狠手辣的人，同朝为官那么多年，换成平日，他怎么都不会见死不救。但是这次情况不同，弹劾他的人竟然是他在朝中最信任的人。曾经他一心提拔他们，而现在他们却恩将仇报，因此张居正在这件事情上不打算心软。
马自强是第一个到张府求情的人，他虽然非常擅长讲道理，但是在他的一番劝说下，张居正并没有什么表态。其实张居正的态度已经十分明显了，那就是不愿意出手相救。但是马自强并不知情，因此他仍然不厌其烦地进行劝说。最后他说得张居正实在受不了了，于是张居正跪下对马自强说道：“您老就放过我吧！”此时，马自强终于明白张居正这次是铁了心了，于是无奈地转身离去。
王锡爵是一个非常固执的人。在马自强将劝说张居正的经过以及结果告诉他之后，他并没有因此而死心。他认为，马自强一个人劝说没用，需要多组织几个人去才会产生效果。于是，他便说服了很多官员同他一起前往张府。当他们来到张居正的府前，让他的管家通报他们要见张居正，而张居正听说之后直接让管家传话出来：“一律不见！”这些官员站在张府的门口从白天一直等到傍晚，也没有等到张居正要见他们的消息，最后他们只得各回各家了。但是王锡爵不死心，他竟然直接闯入了张居正的家里。这时张居正正在父亲的牌位前跪着，王锡爵看到后便直接走上前去指责他。对此，张居正并没有生气，只是十分冷静地说道：“这是皇上的决定，跟我没有关系。”王锡爵是直性子，听到这句话之后，直接反驳道：“皇上的决定还不是由你来左右的吗？”接着张居正就拿来了挂在墙上的剑，跪在王锡爵面前对他说道：“皇上一次次地挽留我，你们却一次次地想让我走，我到底该怎么办？你不如杀了我吧。”王锡爵看到这种场景颇感震惊，也觉得这件事情肯定没有转变了，于是他便转身离开了。
朝中的官员们看到连王锡爵都没有办法说服张居正，便认定这件事情肯定就这样定下来了。
在吴中行等人被执行廷杖之前，虽然张居正表现得很镇定，但其实他已经暗中示意行刑的人要狠狠地打他们。在得到张居正的暗示后，行刑的锦衣卫一点也没有手下留情。这致使廷杖之后，吴中行等人疼痛难忍，如果不是他们体格健壮，恐怕他们都会有生命危险。张居正没有想到，正是这场廷杖事件，原来那些支持“夺情”的官员也都不再支持，因为他们认为张居正对待同僚的手段太过残忍。
如此一来，使得越来越多的人站出来指责他。其实，这些人早就对张居正的做法看不惯了，只是碍于他的地位太高，没有表现出来。但是这次的廷杖事件彻底激怒了这些大臣，因此他们都站出来弹劾张居正，并且坚决反对他的“夺情”。最后，万历皇帝忍无可忍，直接下旨称，再有弹劾张居正“夺情”一事者，格杀勿论！至此，这场风波才算告一段落。
即便如此，在这场风波中，张居正并没有得到任何好处，反而使自己落下了独断专政的名声。而实际上，张居正是一个干实事的人，他不在乎这些，认为自己只要能手握权力，成功改革制度，造福百姓就算达到目的了。但是，张居正几十年所拉拢的人脉以及所建立的威信在这次“夺情”事件中几乎化为乌有了。这使得张居正变得心灰意冷，不再相信别人。因而，在向朝廷推荐贤才的时候，他也推荐一些无能无才、只会拍马屁的人。由此可见，张居正也不是圣人，在为官期间他也犯过错误。