其实早在隆庆年间，高拱就曾实行过人才方面的改革。那个时候，高拱提倡“授官之后，则惟考其政绩而不必问其出身”。后来张居正全面接手内阁之后，并没有废去高拱的政策，也极力主张“良吏不专在甲科，甲科未必尽良吏”。意思就是说，针对那些已经为官的人，应该注重其政绩，而不应一味地注重其出身。

万历三年（1575年）六月下旬，张居正下令各地官员在向朝廷举荐下属时要遵循“凡有司贤否，一体荐核，毋得偏重甲科”的道理，并且朝廷规定：在考选地方官员的时候也要遵循一定的比例。在任用地方官员时，要在不降低个人水平的前提下，按照进士四分之三、举贡人员四分之一的比例进行。虽然这种比例不一定完善，但是我们从中却可以看出张居正打破常规选用人才的良苦用心和决心。

在张居正执政期间，他为朝廷、百姓作出过很多贡献，其中最为出名的便是打破常规任用潘季驯。

万历六年（1578年），桃源北崔镇的黄河决堤，而最终导致淮安、扬州两府之间的高邮、宝应等地都被大水淹没。朝廷在接到上报后，万历皇帝也像往常一样，让张居正拿主意。张居正意识到黄河决堤问题是大患，而为了能找到治理黄河的办法，张居正可谓是寝不安席。

朝廷中管理河道以及漕运的大臣，对于此事也分为两派意见。两派一直争执不下，对于黄河治理这个问题，张居正在短期内也没有很好的解决办法。不过，张居正虽然对黄河治理方面了解不多，但是他很清楚此时需要什么样的人才。尽管当时朝中的两派大臣相争不下，但张居正并没有理会太多，而是专心地寻找在治理黄河上有潜力的人才。

在张居正的多方打听下，他听说从前工部有一个叫潘季驯的人。这个人的官级非常低，但是他参与黄河和漕运的治理已经好多年，而且在水患治理方面非常有经验。但是因为他官级太低，所以他的意见往往不被采纳，而他也因此一直得不到上级的提拔。

张居正在听说有潘季驯这个人之后，便亲自前往拜访。张居正的突然拜访，使潘季驯感到很吃惊。

张居正进入潘府之后，首先映入眼帘的便是一些模拟黄河的水道模型。通过模型的每个细节，张居正就能看出潘季驯是一个十分专业的治水人才。

得知了张居正的来意之后，潘季驯将自己治理黄河方面的想法以及见解都说了出来，而张居正听得非常认真，同时他也从中确定了潘季驯的确是不可多得的治水人才。因此，张居正下定决心，要破格任用潘季驯来担任治理黄河的工作。为了避免官场上的一些争执给潘季驯带来麻烦，张居正上奏，要求万历皇帝批准将治理黄河的河道以及漕运的两个部门合并在一起，然后交由潘季驯全权管理。

在治理黄河水患这件事上，张居正将所有的大权都交到了潘季驯的手上，并且张居正还帮助他扫清了一切工作上的障碍。潘季驯对张居正对自己的提拔十分感激，因此他下定决心不辜负张居正的厚爱。而事实证明，潘季驯最终没有让张居正失望。

在治理洪水的过程中，潘季驯提倡“塞决以导河”以及“固堤以杜绝”的政策，并且仅仅用了一年的时间就解决了水患问题。期间他筑坝一百七十多里，堵塞决口一百三十多处，筑遥堤五万六千多丈。在黄河水患问题上，潘季驯发挥了自己全部的智慧，以致到后来数年，黄河都没有再出现过决口的现象。百姓们因此爱戴他，朝廷也因此重用他。

潘季驯在官途青云直上以后，并没有忘记张居正对自己的知遇之恩。后来在张居正死后，朝廷对张居正进行清算的时候牵连了整个张家，当时潘季驯毫不犹豫地站出来维护张家。因为那时潘季驯无论是在朝廷还是在民间的威望都极高，所以万历皇帝看在潘季驯的面子上才没有为难张居正的后人。

由此可见，张居正极为善于用人，不但为朝廷选拔了大量的人才，而且也为他自己积累了大量的人脉。

另外，还有一个例子能说明张居正的知人善任。那就是张居正破格任用黄清担任通判一事。黄清一向为官清廉，在当时有“天下第一等清官”之称。他不仅才智颇高，而且应变能力极强。

后来，黄清被升为嘉兴的同知，并且他还主持修建了海盐县的海塘（海塘总长二千七百余丈）。在这项工程中黄清不仅为朝廷节省了很多费用，而且他还以极短的时间很好地完成了这项工程。

由于黄清比较偏执，因此他与同僚之间总会出现一些矛盾。而张居正并没有因此而产生顾虑，还是将黄清提拔为两淮盐运特使，并放心地让他接手修建漕河最重要部分的一切事由。当时漕河最关键的部分是高宝内堤，而修建内堤这项工程正常情况下根本不可能在短时间内完成。但在黄清被调任到那里以后，仅仅用了两年的时间就使这项工程全部完工。因此，张居正十分欣赏他的能力，并且将他提升为太仆卿。

黄清过世以后，当时任职总理河道大臣的潘季驯上疏，建议朝廷为黄清立祠。因为黄清只是一名编制外的官员，所以这封上疏震动了整个朝野。而张居正却不顾大臣的议论，毫不犹豫地批准了立祠一事。

张居正在用人方面有一个特点，那就是他比较重用循吏。在司马迁写的《史记》一书中有循吏一词，而在当时“循吏”的意思通常是指一些具有干实事精神的官员，而这些人比较固执，往往一定要将事情做好，并且认为结果代表一切。一般，这种人都不太注重名声等虚无的东西，大多为官比较清廉。张居正认为，如果整个朝廷能多一些循吏，对于整个国家都是很有好处的。

张居正在重用循吏方面有自己独特的想法，而实际上，对于当时由文官主政的朝廷来说，张居正的想法是非常实用的。在张居正执政期间，因为大部分官员都比较务实，所以万历年间才出现了百姓安居乐业的景象。

在变革期间，张居正十分清楚什么样的人才能用，什么样的人才不能用。而不用海瑞就是最显著的一个例子。

虽然海瑞在当时是非常有名的清官，但是在张居正任首辅期间他却一直没有得到重用。其中最重要的原因有两个。第一个原因是，海瑞思想比较保守，在改革中常常与张居正唱反调。张居正对朝廷的事宜采取的措施大都有革新的意思，而海瑞却一直坚持要恢复洪武皇帝所制定的制度。第二个原因是，海瑞比较顽固，他所认定的事大多不能改变，而张居正也意识到了这点。这使得张居正认为海瑞肯定会阻碍到变革的进行，所以在任首辅期间没有重用他。据说，海瑞在辞官时写了一封奏疏，其中语言过激地讽刺了张居正与朝中的大臣，因此使他陷入了孤立状态。