土地问题一直让历代帝王十分头疼。从早期实施土地私有化之后，人们开始能自由地买卖土地，同时土地的兼并也开始流行起来。如此一来，就造成了贫富之间的严重差距，形成“富者田连阡陌，贫者无立锥之地”的情形。

对于这种状况，张居正认为土地的兼并不但集中了土地，还带来了赋税方面的弊端，这些问题都是国匮民穷的根源。

一些官僚地主大量地兼并土地，并且购买土地，最后获得了丰厚的收益，然而他们却并不愿意缴纳赋税，于是就想方设法地逃避赋税。这样就出现了地主将承担赋税的责任扣在了变卖土地的贫民身上。由于官僚地主可以通过钱财买通当地的衙门一起作奸犯科，所以地主拥有大量的土地却可以不用缴纳高额的土地税，而贫民不但丧失了土地，而且还要承担土地税。张居正看到这些情况之后，提出了与之相应的改革——“清丈田粮”。

张居正再三斟酌后，最终决定先在福建省进行“清丈田粮”的试验。于是，张居正便给福建省的巡抚耿定向写信，信中表明了自己对改革的决心，建议耿定向在福建实行“清丈田粮”的改革，并告诉他这是一项十分有阻力的任务，即使遇到再大的困难，也要坚持下去。

万历六年（1578年）十一月，张居正上疏请皇帝下一道谕旨，通告全国正式进行土地丈量，清查之前所有的漏税情况，并将福建省作为第一个试点实行“清丈田粮”。其具体做法是：由当地官员派人到乡里，对每一块田地都要进行面积的重新丈量，然后报告给朝廷实际的数字，并且将丈量的实际面积与之前政府所登记的面积进行彻底核对，一旦有虚假或者隐漏的情况要及时报告给朝廷。接下来，要根据田地面积的大小，分成上等、中等、下等进行征收赋税，并且一定要将从前避税、拖税的地主官僚清查出来。而这种方法就叫做“丈地亩，清浮粮”。

万历八年（1580年）九月，福建省的改革实行完毕，共清查出避税的田地二十三万一千五百亩。这个结果意味着清丈工作的效果十分明显。其实，只要将之前逃税漏税的田地赋税征收上来，即使不用增加赋税量，也可以使国库资金充实起来。

张居正看到这种效果后，立刻将这种方法推行到其他各省，并颁布了“清丈田粮”的八条原则。原则中的前五条全部是政策性的规定：

一、清丈田粮的重点是清查税粮是否有隐瞒逃避；

二、由各省的布政司衙门官员和各府州县的官员完成当地的清丈工作；

三、耕地要区分官田、民田、屯田，同时也要区分上田、中田、下田，然后根据不同等级的土地制定出相应的纳税份额；

四、清丈工作完成后，要尽快恢复不同等级的土地应该上缴的税额；

五、在清丈中，如果有主动交代曾避税隐瞒真实面积的人，可以赦免其罪；如果有不按事实上报，避税漏税者以及隐瞒赋税的官僚地主一律严惩不贷。

其余的三条原则便是针对清丈方法的规定，其中包括如何精确地计算出田地的面积等。

在严厉的政治打压下，万历八年（1580年）到万历十一年（1583年），清丈田粮的工作在各个省陆续地完成，并且效果十分明显。

在清丈的过程中查出了很多避税的田地。比如：浙江省衢州府西安县，在进行清丈工作之后，发现原来征收赋税的田地面积远远小于当下丈量的田地面积。其症结就在于很多田地持有者都隐瞒了真实的田地面积，而经过清丈之后，官府就查出了这些田地，在田地持有者补足了缺失的额度以外还另外增加了一万一千三百二十三亩田地。如果西安县的赋税总额不变，那么新增这些田地的赋税将会共同分担田赋总额。显然，这样每亩田地就大大地减轻了纳税者的负担。

《衢州府志》中有估算，每亩旱地只需要承担原来百分之六十七的赋税；每亩水田只需要承担之前百分之九十八的赋税；每三亩水淤地只需要承担从前一亩的赋税；每两亩荒地也仅仅承担原来一亩的赋税。这样就杜绝了一些人想要通过各种手段蒙混过关的现象，而且清丈完毕之后朝廷需要征税的田地总面积也大大地增加了，甚至比从前的田地总面积还多出了百分之五十。

江西省在实行清丈制度以后，在之前的田地总额度外，增加了六百一十四万五千九百五十四亩的田地，是原额度的百分之三十。

明朝在这种改革下，共盘查的土地高达七百零一万三千九百七十六顷，比弘治时期的总田地量增加了三百万顷。由此可以看出，清丈的政绩与效果都是十分明显的。在清丈的过程中，由于损害了一些大地主官僚的利益，所以清丈工作的阻力非常大。张居正为了提高官员们的清丈积极性，就将清丈工作作为官员政绩的考核依据。由于张居正频繁地下达公文，称清丈工作后土地面积只能增加，不能有减少，这就彻底避免出现一些地方官员弄虚作假的现象。

清丈后的效果让张居正意识到了清丈田亩的作用，因此他一再下达公文嘱咐各省各地官员做好这项工作。他还曾经对山东的巡抚这样说：“清丈事，实百年旷举，宜及仆在位，务为一了百当。”他又对山西巡抚这样说：“此举实均天下大政，然积弊丛蠹之余，非精核详审，未能妥当。诸公宜及仆在位，做个一了百当，不宜草草速完也。”从这些话中，我们都看出张居正知道清丈田亩是十分困难的一件事，但也能看出张居正对这场改革的重视以及决心。