张居正经常教育皇帝要重视早朝，明朝的很多皇帝经常不上早朝也不见群臣，因此，皇帝就无法了解政事。在这种情况下，就会出现进谗言的小人。若想避免这种事情，君臣之间就一定要经常见面、经常交流，而最好的办法就是按时上早朝听政。明朝的上朝时间非常早，不等天亮，皇帝以及大臣们就要起来上朝。张居正考虑到皇帝年幼，所以将上朝日期改在了三、六、九日。

那个时候的神宗皇帝非常聪明懂事，他明白上朝听政是治理国家的最基本的要求，所以他总是表现得很积极，这样君臣之间就始终有见面沟通的机会。其实，小皇帝不仅仅是做样子，他经常学着看奏折。他会将每个大臣所上奏的每一篇奏折仔细地看很多遍，在看完之后，他会提出自己的意见。在皇帝的努力下，很多大臣的奏折都得到了非常合理的批复。

万历三年（1575年）四月初一，那天是自神宗皇帝出生后第一次出现日全食。古代人非常迷信，一旦出现了异象，君王就会认为是上天给自己的预警，此时，自己就要认真地检讨自己所犯下的错误。就在这一天，小皇帝做了一块牙牌，并在牙牌上写了他将要去做的十二件事：“谨天戒，任贤能，亲贤臣，远嬖佞，明赏罚，谨出入，慎起居，节饮食，收放心，存敬畏，纳忠言，节财用。”牙牌做好后，神宗皇帝将它拿给张居正看，张居正教导他说：“虽然您是因为天象才自省，但是这几件事囊括了修身治国的所有道理，皇上应该谨记一辈子。”随后，神宗皇帝在处理政事上就有了很大的进步。

在临近年关的时候，张居正向皇帝提出了建议，认为服丧期未满，因此应该免去宫中的宴会，连元宵灯会也不要举办。小皇帝对此也非常赞成，他说道：“昨日我便已经下旨，不举办宫中的宴会。”张居正又教导他说：“这不只是尽孝道，也是节约钱财，是皇帝的美德。”于是，这一年宫中的宴会停办，节省了白银七百多两。到第二年年关的时候，神宗皇帝十分想观赏灯会，便征求张居正的意见：“元夕螯山烟火祖制。”张居正当然了解神宗皇帝的心思，于是回答道：“在殿上多挂一些灯笼就可以了，不要劳民伤财的搭建灯棚。国家有很多大事，比如皇上的大婚以及潞王的出阁等，这些都需要花费大量的钱财，但天下民力有限，宫中还是要节省一些。”

太监冯保知道皇帝的心思后，提议说等到国库不紧张时，可以偶尔举办一次灯会。但是张居正万万没有让步：“搞一次灯会就要花费十万黄金！天下民力枯竭，财政部门也没有办法缓解，还是能省则省吧。”神宗皇帝听了之后也觉得十分有道理，于是立刻回答道：“朕深知民穷，就按先生的话办吧！”

当时，神宗皇帝极其尊敬张居正，夏天会亲自调制羹汤送给老师品尝，冬天在经筵的时候，他会亲自送银炉给老师暖身。有一年冬天，张居正像往常一样给神宗皇帝讲课，但是神宗皇帝却走神了。其实，神宗皇帝看到老师站在大殿冰冷的地上，心中十分不忍。于是，他便命人拿来毛毡放在张居正的脚下，这个举动让张居正非常感动。还有一次，皇帝在下了早朝后听说张居正腹痛，又听说辣面可以以辣治腹痛，于是他就亲自做了一碗辣面并让次辅吕调阳陪张居正一起吃。后来，神宗皇帝听说张居正的父母亲还健在后非常高兴，下旨赐了很多东西给他的父母。

张居正在主政内阁的十年中，神宗皇帝从来没有喊过他的名字，一直都是称呼他为“先生”。在所有诏令中，一旦提及张居正也全部写成“元辅”，张居正的种种殊荣让很多大臣非常羡慕。