隆庆六年（1572年）八月六日，神宗皇帝即位后举行祭祀大典。大典完毕后，张居正上奏“请以是月中旬，择日御文华殿讲读”。随后，张居正又向神宗皇帝提议：皇帝应在每月的三日、六日、九日上朝听政，其余的日子就到文华殿学习。同时，张居正亲自挑选了马自强、申时行、许国、于慎行、余有丁等六位大臣专门为皇帝讲读。在神宗皇帝即位后的两个月，父皇就驾崩了。

隆庆六年（1572年）八月中旬，神宗皇帝开始参加日讲（日讲是明朝时期对皇帝的教育方式），日讲的地点在文华殿，侍卫以及执事等官都要退下，由讲读官和内阁学士留守待班。在日讲刚开始的日子中，小皇帝一整天课程都非常紧凑，而且张居正也非常严谨。每天，小皇帝都要早早地起来读好几章的书，然后去接见大臣学习怎样治理国家大事，接着就要练字。如果没有遇上大寒或者大暑天气，皇帝的课程是不能有所变动的。从这些课程的安排中，我们能看出张居正对小皇帝的殷切期望。

张居正为了提高小皇帝的学习兴趣，在讲读中采取了特殊的教学方法。《明史纪事本末》里有记载，隆庆六年（1572年）十二月下旬，张居正主编了一本《帝鉴图说》并将书送给了小皇帝。这本书以连环画的方式讲述了八十一条历代帝王的治国之道以及三十六条祸国的恶行，详细的阐述了兴衰存亡的道理。据说，当时小皇帝在看到这本书后非常高兴，立刻让左右学士帮他打开书，而张居正则在旁边加以讲解。张居正那时还曾写过一封这样的奏折：“历史上所记载的兴亡治乱的事都如出一辙，只要延续祖制、听言纳谏、节用爱人、亲贤臣、远小人、勤劳治国，天下就可以大治。”

有一次，小皇帝读《帝鉴图说》的时候读到了汉文帝劳军细柳的故事，张居正在旁边指导说：“皇上应该留意武备，祖宗是以武功定天下，如今承平日久，武备日弛，不可不及早讲求。”小皇帝听了之后连连称是。当小皇帝看到书中说到宋仁宗不喜欢珠宝时，小皇帝感慨地说道：“国之所宝，在于贤臣。珠玉之类，宝之何宜！”张居正听后很欣慰，他及时教育皇帝：“明君就是要贵五谷而贱金玉。金玉虽贵，但饥不可食，寒不可衣，区区一点点为价却不低，徒费民财，不适于用。《尚书》中的‘不作无益害有益，不贵异物贱有物’表达的就是这个意思。”小皇帝立刻作出回应：“对，下次后宫的妃嫔们再嫌朕赏赐的东西少，朕就问她们可知道国库里还有多少东西啊？”小皇帝的这番话让张居正十分震撼。

为了让小皇帝了解打天下的不易，张居正拿来了一本名叫《皇陵碑》的书，这本书是一篇以歌谣的方式记载的自传。神宗皇帝整整读了一个晚上，第二天对张居正说道：“先生给的《皇陵碑》，朕览之数遍，不胜感痛！”张居正也进一步教导说：“自古以来，没有一个圣人像咱们圣祖那样吃了那么多苦。那个时候，圣祖四处流落，甚至到了无以糊口的地步。老爷子和老太太去世的时候，他连棺材都买不起，而这些都是上天为了让圣祖拯救苍生而有意安排的，使他备尝艰辛。圣祖自淮右起义，其目的就是拯救民众。登了大宝之后，他将所有缴获来的奇珍异宝都毁掉了，依然穿那些旧衣服。三十年克勤克俭。在仙去那一年，他还召集了乡里的农户和粮长，询问民间的疾苦。你知道圣祖为什么要做这些吗？因为圣祖要缔造伟大的基业。而只有以‘天心’为自己的心，才能创造宏图大业。现在，圣祖的做法传到了皇帝您这里。”神宗皇帝听完这些话谦虚地说：“朕不敢效仿祖宗，全是受先生的教导。”

在教育小皇帝的时候，张居正还经常说一些隆庆皇帝的事情，他告诉小皇帝：“先帝经常喜欢穿新袍子，新袍子仅穿了一次就被扔掉了，所费甚巨，皆取之于民。如果皇上能节约一件衣服，民间就会有数十人能穿上衣服；如果皇上浪费一件衣服，民间就会有数十人要受冻。所以，您不能不念及如此。”另外，张居正在对小皇帝的教育中还经常采取启发的教学方法。据记载，小皇帝非常喜欢书法课，有一次，小皇帝在张居正的书法课上写了两个大字并受到了张居正的赞赏，但小皇帝还没高兴就听到张居正又说：“作为皇帝，有一些爱好是可以的，但是绝不可以对书法等爱好产生太大的兴趣，否则你的精力就会浪费在这些爱好上而忽略了治理江山。你看当年的宋徽宗，虽然书法独步天下，但是最终却因为玩物丧志而丢掉了江山，做了亡国之君，这些都是前车之鉴！”听到这番话，小皇帝就主动要求取消了书法课。

在对神宗皇帝的早期教育中，张居正起到了很大的作用，他想方设法将神宗皇帝培养成明君。那个时候的小皇帝也非常努力，没有辜负老师的期望。