万历元年（1573年），明朝发生了一件震惊朝野的事，那就是有名的“王大臣案”。

王大臣是常州府武进县人，也是抗倭明将戚继光手下的一名普通士兵，因为违反了军规而逃跑回了京城。逃跑后的王大臣在京城里四处游**，后来混进皇宫做了太监的杂役。在万历元年（1573年）正月二十日的清晨，王大臣偷了太监的衣服在乾清门附近闲逛，正巧碰到刚刚登基的神宗皇帝坐着轿子前去早朝。王大臣从来没有看到过这样的威仪，在惊吓之余撒腿就跑，几名侍卫上前抓住了王大臣，并且从他身上搜出了利器。就这样，王大臣被误认为图谋行刺皇帝，立刻被送入了东厂由冯保亲自审问。在冯保的严刑逼供下，王大臣说出了自己是戚继光麾下的士兵的实情。冯保立刻将此事告诉张居正，张居正听闻也禁不住紧张起来，因为戚继光不仅手握重兵，而且还是张居正的心腹大臣。一旦这件事情泄露出去，戚继光和张居正都要被牵连。更重要的是，戚继光所守的边防也会出现问题。

当张居正向冯保分析了其中的利害之后，冯保也觉得此事非比寻常。但是如果审问无果又无法向皇帝交代，因此必须有人扛下刺杀皇帝的罪名。冯保想到了已经被罢官回乡的高拱。冯保一直担心高拱会东山再起，所以他想借这件事情打击高拱。冯保认为只有将高拱的九族全部杀光才能以绝后患。因此，冯保在秘审王大臣的过程中拿来了一些珠宝，并且对王大臣说：“你不要再提你是戚继光总兵下属的事情，以后你要对别人说是高阁老在幕后主使了这次行刺皇帝的行动。你小子要识相点，如果你按照我说的做，我保你荣华富贵，否则你就等死吧！”王大臣也不是傻子，立刻答应了这件事。

冯保决心要将这件事办好，并且让高拱永无翻身的机会。于是他让自己的心腹大臣辛儒进入大牢与王大臣朝夕相处，同时教他如何陷害高拱的儿子高本与高来。当王大臣一案再次公审的时候，王大臣果然按照冯保的意思叙述案情。接着，冯保派了四个人火速前往河南新郑县，名义是抓捕高家人，其实是想私下逼死高拱。这四个人到达新郑县之后先去了县衙，知县知道冯保在朝中的势力，所以对四人百般巴结。四人之中的一个是高拱的心腹下属，他告诉知县此次前来的目的是监视高拱一家，于是知县马上派人将高府包围起来。高拱看到这种状况以为皇帝下令要治高家死罪，于是便要自缢，但是在家人的百般劝阻下放弃了。高拱责问包围高府的校尉：“你们这是干什么！还有没有王法了？”校尉回答：“我们这不是要为难高府，是怕有些事惊扰到您，所以过来保护高府的安全。”高拱虽然不明白事情的缘由，但是听到校尉此行的目的不是赐死自己便稍微心安了些。

王大臣一案使京城到处流传着各种谣言，一些曾被高拱提拔的官员也担心自己被牵连。人人都想办法自保，没有人敢为高拱说情，只有掌管刑事的给事中为高拱打抱不平：“此事关系到刑科，若无一言，遂使国家有此一事，吾辈何以见人？”随后，给事中上疏要求将王大臣一案交给法司来审理，不应该交给东厂密审。

正月二十二日，张居正上奏说：“发生这样的事情，臣等无一不感到震惊。经过内阁的商讨，臣等认为宫廷之中防守严密，如果没有熟门熟路的人，刺客岂会如此顺利地接近皇上？王大臣一案显然是蓄谋已久的，必然会有主使之人，臣等请旨令刑部追查，务必要将罪魁祸首绳之以法。”这个奏章暗示高拱就是此案的主谋。都察院左都御史葛守礼、吏部尚书杨博挺身维护高拱，并且上疏要求将王大臣一案交由刑部以及都察院共同审理，张居正由于底气不足只上疏请旨让左都御史葛守礼以及锦衣卫左都督朱希孝一起会审。

正月二十九日，王大臣一案的会审正式开始。按照明朝的惯例，在会审前要先将犯人拖上前痛打五十大板，王大臣看到这个架势立即开始大喊大叫：“原先说给我官做，永享富贵，为何又打我？”冯保听后十分愤怒并且要王大臣说出到底是受谁指使前来行刺的。王大臣突然咬定受冯保指使，冯保看到王大臣供出了自己非常紧张，但是还仍然装做不知情，他责问王大臣为什么要陷害自己。王大臣突然说：“我根本不认识高阁老，是你教我说这些的。”为了帮冯保掩饰，朱希孝厉声喝道：“大胆奴才，竟然连问官也敢攀扯，真该直接乱棍打死。”会审就在王大臣的大喊大闹中结束。冯保怕王大臣供出自己，便暗地里指使人毒哑了王大臣。最后的结果是，三司看到王大臣已经成了哑巴，深知不会再问出任何结果，于是直接将王大臣判处死刑。

在这次的事件中，冯保与高拱都没有捞到好处，而大臣们都对冯保十分厌恶，经常防备着他。张居正却是渔翁得利，没有被牵扯到任何流言蜚语中，在朝中仍然十分受宠，并且稳稳地坐在首辅大臣的交椅上。