汝州（今河南临汝）在宋时属京西北路，离北宋政治中心较近。从黄州移汝州，虽然仍是团练副使、本州安置，但那意思，似乎是将得罪贬窜转为赋闲待用了。这大概是宋神宗晚年准备调和参用新、旧党人的一个表示，苏轼自也在他的考虑之内；而苏轼本人，当亦须将自己的心态、政见调整到与神宗之意相一致，以期重获政治生命。[239]从待用到复起，还有一段时间，故苏轼不必急着赶往汝州，他可以慢慢前去。从元丰七年（1084年）四月离开黄州，他即顺长江东行，此行程是要从长江入运河，转淮河，再转汴水，然后设法赴汝州。这条水路，如与陆路相比，显然是兜了个大圈子。但这一兜，却使他的活动有了丰富的内容。
舟至九江，他登岸去游庐山，然后又南赴筠州与苏辙会晤，留居十日而别，已经是五月了。回程再游庐山，尽情探访名胜，留下许多诗篇。时其长子苏迈已被任命为德兴（今属江西）尉，他送行到湖口（今属江西），夜游石钟山，写下著名的《石钟山记》[240]，事在六月。接着继续东行，于七月抵达金陵（今江苏南京）。在这里，苏轼会见了罢相八年的王安石。
这一对政敌的会见，可以称得上是神秘的，宋人的笔记中对此事津津乐道，但关于两人相见的情形[241]与相谈的内容[242]，却是异闻纷呈，而苏辙的《亡兄子瞻端明墓志铭》则不著一言，令人莫测究竟。但可以肯定的是，在苏轼于八月离开金陵前，他们曾数次会面，相谈甚欢，其结果是两人都有了结邻而住的意愿[243]。看来，不但是对以前的龃龉取得了谅解，也不但是在道德学问、诗歌唱和上相得，而且在政治态度上也有所默契了[244]。此时的王安石已步入暮年，苏轼赠诗中有“骑驴渺渺入荒坡，想见先生未病时”[245]之语，他亲眼看到了当年那个大刀阔斧主持改革的一代名相，如今成了喃喃自语的骑驴病叟，这是令他深深为之感慨的。一年多后，王安石在朝廷废除“新法”的紧锣密鼓中孤寂地离开人世，而苏轼却在一些场合成为神宗和王安石的辩护人，坚持着对“新法”持“校量利害，参用所长”[246]的主张。
苏轼离开金陵后，于年底到了泗州（治所在今江苏盱眙县东北）。他在泗州上表，诉说了举家病重，一子丧亡，资用罄竭，难去汝州的困境，请求折回常州居住[247]。这并不违背赋闲待用之意，故朝廷马上就同意了。此年九月，苏辙也被重新起用为绩溪（今属安徽）县令。
但接下来，局势却发生遽变。元丰八年三月，宋神宗以心劳力瘁，英年早逝，十岁的太子赵煦继位，即宋哲宗。此时宋宫中最为尊贵的人，是神宗的母亲高氏，以太皇太后的身份垂帘听政。她对新党、“新法”从无好感，一执政柄，就废除了保马法，停止了正在进行的京城修建工程。司马光入京给神宗奔丧，受到京师民众的热烈挽留，被高后迅即起用，任门下侍郎（副宰相），着手废罢“新法”，而旧党的人物也便连茹而起。
京城里马上传扬出苏轼将被起用的消息，他的朋友王巩写信告诉了他[248]，接着，他就接到登州（今山东蓬莱）知州的任命，这等于恢复了他在“乌台诗案”以前的官阶。此年十一月，苏轼到达登州任上，才过五天，又匆匆奉调进京，十二月升为起居舍人（皇帝侍从官），次年即元祐元年（1086年）三月免试除中书舍人（撰拟诏旨的中央机要官员，一般要经过考试才能任命），掌“外制”（政府机关所撰拟的诏旨），九月升为翰林学士（皇帝的秘书官），掌“内制”（皇帝出面发出的文告，与“外制”合称“两制”）。至此，苏轼成了参与决策的政府要员和朝廷的喉舌。
在不到一年的时间内，从流落江湖之上遽变为赞谟魏阙之下，其升迁之速几乎令苏轼自己也反应不过来。这中间的原因，后来由新党的章惇道出：“元祐初，司马光作相，用苏轼掌制，所以能鼓动四方，安得斯人而用之？”[249]这话不错，司马光正是要仰仗于苏轼的大手笔，来起草“元祐更化”的重要文书，所以火急调之入京，委以重任，给予高官。同时，司马光也想起了当年力主录取苏辙“直言极谏”科对策的事，于元丰八年八月以校书郎召回苏辙，十月即委以右司谏之职，元祐元年二月到任，成了颇有权势的言官。这样，苏氏兄弟一以“文学”起，一以“言语”起，辅助司马光的“元祐更化”之政。在司马光主持下，“新法”一项项被废除，新党臣僚一个个被罢免、窜逐，其过程多由苏辙上书请求、论列、弹劾，经高后、司马光决定后，由苏轼起草文件，宣布执行。所以，这期间不但是苏轼的“掌制”能够“鼓动四方”，而且苏辙也成了锋芒毕露的显要人物，自回朝以后，一刻不停地奏请放民间积欠，罢蜀中榷茶，停青苗钱，救灾民，废盐池，还民田，安边境，又主张严惩新党大臣，连章弹劾蔡确、韩缜、章惇、吕惠卿、张璪、安焘等。检苏辙集内今存奏章一百五十余篇，而属元祐元年二月至九月任右司谏期间的，竟多达七十余篇，占总数之半，平均三四天就有一篇，故后人检“当时台谏论列，多子由章疏”[250]。到九月，苏辙除起居郎，为小皇帝讲书，十一月即召试除中书舍人，时苏轼由“外制”转“内制”不久，苏辙便接掌“外制”，兄弟二人真可谓青云直上，苏氏文章遂成一代诰谟。当然，他们也确为“元祐更化”立下了汗马功劳。
然而，苏轼的可贵处，在于他并没有在仕途的顺境中停止独立思考。他马上就意识到，依司马光的思路将局面“更化”到“新法”实施以前即宋仁宗时代的状态，则仁宗时代的财政、国防、吏治诸问题将重现，而那恰恰就是神宗、王安石想通过“新法”来解决的。“新法”固然产生了新弊，但罢废之而一切复旧，不过复招旧弊罢了。从神宗晚期起，已经有一部分有识之士（包括神宗本人）在思索着如何弥合二党，既革旧弊又免新弊，而使局面好转的一条出路，苏轼也逐渐形成了“校量利害，参用所长”的主张，在面见王安石时，他甚至还希望王安石能够重新对政局的改善起一些作用。但现在是由司马光主政，故情形就变成他与司马光之间的某些意见分歧。这种分歧在罢废“免役法”一事上公开了，并演为朝堂上的政争。
“免役法”是神宗、王安石制定的“新法”之一，苏轼以前也激烈地反对过，但经过长期的地方官实践，也可能经过与王安石谈论以后，苏轼已认为此法有其优点，在可以“参用所长”的范围之内。从登州初回汴京时，他就向司马光陈述过“惟役法一事未可轻议”的意见，主张保留此法（仅修正实施过程中的某些弊端）[251]。司马光没有被说服，但也许觉得他的实践经验毕竟可贵，所以元祐元年四月还委任他“同定役法”。这样一来，两人的分歧就从私下的议论上升为朝堂上的争执，因为司马光既态度固执，而苏轼身为人臣，也没有隐瞒政见，苟合求容的习惯。两人的争执一度异常激烈，甚至于令苏轼愤激得呼对方为“司马牛”以形容其顽固态度[252]。当时与苏轼意见相同的人也不少，范纯仁、李常、苏辙等人都不同意遽复“差役”，但苏轼因为身任“同定役法”，所以直接与司马光相顶撞，成了维护“免役法”的代表。
司马光当然也没有一“牛”到底，后来看到尽复“差役”确有许多不便，也就让了一小步，在恢复“差役”的前提下也同意相机变通。但那结果，使得“役法”长期徘徊于“差”、“雇”两者之间，纷扰不定。苏轼要求罢免“同定役法”的差使，而司马光也于是年九月去世。据苏辙回忆，司马光当时对苏轼已生怒意，要把他赶出汴京[253]。不过，在司马光去世前，苏轼在上奏朝廷的一些请求罢免“同定役法”的札子中，都是以保留意见，自觉退出，甚至自认疏阔的姿态，来维护司马光的威信与朝廷之决策的[254]。这与他早年对待“新法”的态度已然不同。但即便如此，仍有人把他看作了第二个王安石[255]。实际上，苏轼也并不完全改而信从“新法”，如对“青苗法”就坚决反对。元祐元年八月，司马光病重家居，“范纯仁以国用不足，请再立常平钱谷给敛出息之法……台谏刘挚、上官均、王觌、苏辙交章论其非。光谓：‘先朝散青苗，本为利民，并取情愿……今禁抑配，则无害也。’中书舍人苏轼录黄，奏曰：‘熙宁之法未尝不禁抑配，而其为害至此……非良法也。’”[256]这次的情况跟争论役法时倒过来了，司马光认为“青苗法”可以经纠补后沿用，而苏氏兄弟坚持罢废此法。后来司马光被说服，不再散青苗钱。可见，苏轼对于“元祐更化”的基本倾向是不反对的，他在历史舞台上的基本角色还是一个“元祐大臣”，这一点大概是不用怀疑的。
因“国用不足”而几乎复散青苗钱，实已暴露出元祐之政的根本缺陷。旧党视“新法”为聚敛之术，斥新党为刻剥之徒，概予废弃，但废弃之后，仁宗时代的财政危机便再次出现。当时毕仲游上书司马光，就提出这个尖锐的问题[257]，可旧党实在没有比王安石更好的办法。“更化”时代的国家财政，是靠神宗、王安石“聚敛”的积累支撑着的，史称“仁政”、“盛世”，实是元祐大臣们将王安石的“刻剥”所得大方地散出而已，其实质也不过苟安，故亦决不能久长，新党的反扑是势在必然的。苏轼对此的认识还比较清醒，深虑数年之后，神宗“励精”的成果将消耗殆尽。随着思考的深入、视野的拓展，他将如何看待“新法”的问题，进一步发展为如何总结仁、神二朝之政以谋得当前最佳出路的问题，在元祐元年十二月为学士院所拟的策题中，提出了这一历史命题：
今朝廷欲师仁祖之忠厚，而患百官有司不举其职，或至于媮；欲法神考之励精，而恐监司守令不识其意，流入于刻。夫使忠厚而不媮，励精而不刻，亦必有道矣。[258]
我们认为，这是一个真正超越了新、旧党争的，真正深刻而具时代意义的命题。然而，当他起草这道试题的时候，司马光已经去世，旧党失去了权威的领袖，迅速分裂为几个党派。苏轼提出的命题没能引起朝臣们的广泛、认真的思考，他本人也又一次陷入党争，史称“洛蜀党争”。
苏轼兄弟是四川人，两人在元祐时升迁都很快。轼于二年任翰林学士兼侍读，做了小皇帝的老师，三年又差知贡举，为新进士的座师，后又任吏部尚书；辙于二年任户部侍郎，后迁翰林学士、权吏部尚书、御史中丞等职，一直升到尚书右丞和门下侍郎，成为执政宰辅。他们的权势、影响日盛，围绕着他们就形成“蜀党”，其中吕陶任御史，有弹劾权，“苏门四学士”则皆处馆阁。此党自以苏轼为首。“洛党”之首是洛阳人程颐，著名的理学家，被司马光荐入朝廷，任崇政殿说书，给小皇帝讲课，官位比苏氏兄弟要低许多。但程颐的门人朱光庭、贾易等却长期担任谏官，有言事权。另外还有一个势力更大的“朔党”，与洛、蜀各有异同，牵掣交织，情形复杂。故党争呈此起彼伏之势，最终两败俱伤，各无大建树。
大致说来，从范仲淹倡导士人以学术风节自立以后，北宋士人中便多有才华杰出、个性执拗独断的大名流，学说上务求独标一帜，行事则严于律己，并以不近人情的行为标准强加于人，顺着一己的逻辑演绎下去，无通融余地，常以危言激行来惊世骇俗，高自标榜。其周围则总有一批崇拜者，愿执弟子礼，严守师弟之道，指斥“流俗”，执定门户私说为天下唯一正理，视他说皆为异端，一概鸣鼓攻之。自苏洵起，苏氏父子就很看不惯此种习气，认为这样的坏脾气是“奸”的表现[259]。但在苏轼的政治生涯中，偏总与具有此类执拗独断性格的人相遭遇，“拗相公”王安石如此，“司马牛”司马光亦如此，这会儿来了个程颐，竟又是如此。人们容忍坏脾气的人，是因为其或有偏长的缘故，但此等人物即便才华非凡，在三苏眼里自亦平常。所以，一般人最多觉得此等人物太过“迂阔”，但苏洵则指斥王安石为“奸”，无独有偶的是，苏轼亦指程颐为“奸”[260]。南宋的朱熹悬揣苏程矛盾的原因在于苏轼“见端人正士以礼自持，却恐他来点检，故恁诋訾”[261]，将苏轼的形象说得很不堪。实际上，在苏轼与王安石言和、对司马光忍让后，他的嫉“奸”之情是毫不掩饰地发在了程颐身上，因为程颐的性格虽与王安石、司马光相类，却没有他们的权位与政治才能，在苏轼看来行同鬼怪[262]，一无是处。与朱熹悬揣的相反，史籍上记载的苏程冲突之场面，实是程颐的形象不太美妙。司马光去世时，官员们按理要去吊唁，只因为他们刚参加完一次明堂庆典，程颐就以一日之内歌了又哭不合古礼为由，提议不去吊唁。古礼实际只说一日之内哭了不能再歌，符合人情在真正经历了悲伤后难以转悲为喜的常理，但反过来说歌了不能再哭，就不通。所以苏轼当即嘲笑挖苦：“此乃枉死市叔孙通所制礼也。”（意谓并非真正的古礼）于是“众皆大笑，其结怨之端盖自此始”[263]。司马光的丧事成了苏程矛盾明朗化的起端，不知道“众皆大笑”中的程颐是何等尴尬，但苏轼这样做显然是意气用事。从前欧阳修对于古怪的石介，既能团结，又纠其偏，做得有理有节，苏轼却不能善处程颐，此点不如乃师。
洛党的贾易、朱光庭首先以政治攻击来报复苏轼对他们老师的嘲笑，抓住苏轼的上引策题，以“谤讪先朝”加以弹劾。苏轼上章自辩，两党便公开相争。朝臣各有左右，攻轼者“不止三人，交章累上不啻数十”[264]，而攻程颐的也颇不乏人。结果是程颐在元祐二年八月被赶回洛阳赋闲。此后苏轼忙于议论边关防务和处理贡举事宜，但曾与黄庭坚结怨的赵挺之，又伙同别人攻击苏轼，事在元祐三年。苏轼自觉不安于朝，于是接连上章请求外任，并于元祐四年三月获准出知杭州。
苏轼出守杭州，进入了他的人生中第二轮外任的阶段，但由于宰执大臣吕大防与刘挚之间的矛盾以及他们对洛、蜀二党人物的不同态度，致使洛蜀党争仍在继续。元祐五年，程颐因父丧家居，苏辙任御史中丞，贾易便请求解除御史之职，不肯在苏辙属下。等次年苏辙升尚书右丞后，贾易复任御史，继续纠集同僚弹劾苏轼，迫使刚从杭州回朝的苏轼再次外任。元祐七年程颐释服，被苏辙阻其入朝，授以闲职。此时元祐之政已近尾声，他们马上一起遭受来自新党方面的攻击、迫害。
苏轼于元祐四年三月得到杭州知州的任命，至四月才出京上路。离开朝廷以前，对于刚刚发生的“车盖亭诗案”发表了意见。新党的重要人物蔡确于元祐二年被贬到安州，因游安州的车盖亭，做了几首诗，被旧党揭发，认为其诗意在讥谤高太后，包藏祸心。事情发生后，旧党台谏诸臣纷纷上章，要求重处蔡确，一时酿成“诗案”。苏轼与蔡确也是政敌，但他认为不能用文字狱的手段来迫害对方，所以临行上奏，主张不予追究。此可见“乌台诗案”给他的深刻教训，使他不肯用此术反施于政敌，即便已不在其位，也要为此进言，因为“此事所系国体至重”[265]。在他看来，以文字罪人是根本不合“国体”的。这里实际也隐含了他对自己所遭受的“诗案”的真实态度，但尤其可贵的是，他在此时能出于维护“国体”的深远考虑，而为政敌说话。不幸的是，旧党“君子”多爱以抗直自逞，而习于攻讦、斗争，终于把蔡确远贬新州（今广东新兴），并且四年不调，令他卒于贬所，用文字狱将一个前朝大臣迫害致死。《宋史》列蔡确入《奸臣传》，认为死不足惜，但此事的后果极其严重，新党重新执政以后，屡次祭起为蔡确申冤的灵旗，对报复的手段不再有所忌讳，把旧党整得死去活来，而苏轼亦罹其害。这是后话了。