时代的潮流依然在向前发展，法国大革命如火如荼地进入到拿破仑的时代。1805年10月，反法联盟战败，神圣罗马帝国如歌德所料般瓦解。德国境内的各诸侯国组成“莱茵邦联”，成了拿破仑和法国的保护国。

歌德之前一直认为德国人民应该在科学与艺术方面谋求发展，而不是在政治上一争短长。多年后，他的学生和秘书就拿破仑时代对歌德提出了置疑：“在那伟大的时代，你没拿起武器，同时也没有因为国民的非难而受到影响……”

歌德回答：“不知道自己的目标是什么，或期望用什么去说服他人，这是很愚蠢的事。我心中不存憎恨，为什么要拿起武器？我也不再有青春的力量去拿起武器，如果我是20来岁的小伙子，我决不落人后，可是当时我已是近60岁的老人了……在战鼓震天时，坐在屋子里——这是我当时唯一能做的事。如果我身处露宿的营帐中，深夜聆听敌人前哨的马嘶声，那么也许我会热血沸腾，投笔从戎。但即使我写出战歌，歌声也会丝毫不带战斗的气息，我对战争的感觉是那么遥远，我无法装出关心战争的模样。在我的诗中，从未出现过煽动性的词句，我不曾一成不变地将实际的事实写成诗，或迫切地将埋头苦干的事写成诗，我只在恋爱的时候写诗。更何况我心中没有憎恶之意，怎么能写出憎恶的诗？坦白地说，我一点也不怀恨法国人，但我还是感谢神的安排，使他们最后归于失败。文化与野蛮才是我迫切关心的事，我为什么要憎恶地球上文化最高的民族之一，我本身的素养大部分也是得自于这个民族的文化，我怎么能去憎恨他们呢？本来国民性普遍的憎恶，在文化最低的阶层最容易发生，也最为强烈。教养达到某一程度的国民，他们的憎恶便会消失，并且对于邻国国民的幸福与悲哀感同身受。而我就是属于这一层次的，在60岁之前，我的这种观念就已经固定下来了。”

1806年，歌德虽然尽量与战争保持一段距离，但他还是被卷入战争的旋涡中。10月，耶拿战役爆发，拿破仑集中九万兵力对普鲁士军队发动进攻。歌德以中立者的眼光，来看待整个经过。

下午五时左右，炮弹从屋顶交织呼啸。五点半，法军骑兵攻入城中开始烧杀掠夺，这真是个可怕的晚上。幸好建筑物牢固，并且有法国一位军官庇护，我们才幸免于难。

两天之后，歌德又写道：

……从不曾反对过我的所作所为，现在又和我共同接受危险试炼的克丽斯汀，我决定不仅把她当做女朋友，我要正式承认她是我的妻子。

10月19日，歌德和克丽斯汀在魏玛城内的教堂公开举行了婚礼，正式结束同居生涯。

耶拿战役以普鲁士军队几乎全军覆灭宣告终结，此后，歌德对拿破仑有了更强烈的信心。在这之前，歌德认为这个科西嘉人，只不过是一位法国革命的统一者；可是现在，他确信拿破仑能够整理政治支离破碎的欧洲大陆。

1808年10月，拿破仑召见歌德。歌德觉得这件事是自己一生中最重要的一件事。在晋见拿破仑时，拿破仑给予歌德的赞赏，使他深铭肺腑，基于双方的政治立场，歌德对拿破仑的钦服却只能用间接暗示的方法来表达。经过很长时间的踟蹰，第二年，歌德才详细描述了他与拿破仑见面时的场景。

那是一个早晨，歌德晋见的时候，拿破仑正准备用早餐，他的餐桌两侧站着两位拿破仑帝国的大臣。左侧的一位正在与拿破仑谈论军税问题。看到歌德进来，拿破仑以眼光暗示他停止再谈。他深深地注视了歌德好一会儿，才开始他们的交谈。

歌德还提到拿破仑自称他曾读过七次《少年维特之烦恼》，还说他远征埃及时，带了一本在身边，并告诉歌德他对这本书的意见。他问歌德，维特的自杀原因，除了失恋以外，为什么又混夹了一些别的因素。歌德微笑以应。他们谈的是文学，没有一丝一毫涉及政治。两人相互地表示敬仰，“狂飙运动”以后的歌德信仰人类创造性的作为和实际上的努力，不崇尚空言；而拿破仑正是一个卓越的实践者，一个军事天才的最好榜样。所以他成了歌德十分崇拜的人物。

拿破仑

拿破仑对待歌德也很谦恭，不带一点傲慢，他发表什么意见时，总是说：“歌德先生，你以为怎样呢？”他赞美他的《少年维特之烦恼》，谈他所翻译的伏尔泰的《穆罕默德》。拿破仑还邀请歌德到巴黎去：“到巴黎去，我招待你。在那里你可以为你的灵魂发现一个更广大的世界，你能找到很多可以作诗的材料。”

歌德欣然辞别后，拿破仑对他的左右说：“这是一个君子！”

歌德有意识地将精神集中在自己的工作上，好在不安定的时代中保持心理的平衡。他和拿破仑之间没有继续来往，对那些反对他的议论，他采取了消极反抗的态度。魏玛人士不仅在政治立场上孤立歌德，还不承认他和克丽斯汀的婚姻。舆论界冷淡的态度深深地伤害了歌德，因此他又缩回自己的世界中，固守自己的灵魂。