施韦泽前去拜访医学院院长，并向他说明来意，由于施韦泽神情木然，院长认为他脑子有问题，甚至建议他去看精神科的医生。后来经过多次努力，教授被他的诚心打动了。

当时，还有很多问题尚未解决。校方认为他是大学教授，不能同时兼备学生的身份，除非是以旁听的资格，否则不能到校听课，但是学校有规定，旁听生不能参加医生资格的鉴定考试。但施韦泽毫不泄气，四方奔走，最后终于获得有关方面的支持，校方提出的条件是，如果医学院教授肯发给旁听证，他就可以参加医生考试，许多医学院教授是他的同事，都对他网开一边，免费授课。从这一天开始，施韦泽开始了长达几年的艰苦学习。

施韦泽无法立刻辞掉神学教授以及牧师的工作，礼拜日仍和往常一样上神学课和讲道，同时还得学习医学方面的课程，而且他比以往更加努力地练习管风琴。

1905年，他们创立了“巴黎巴赫学会”，会长指定施韦泽担任管风琴演奏，因而鼓励他进一步学习，每逢冬季，他必须前往巴黎演奏。他的生活被工作全部填满，几乎找不到一丝空闲的时间，在圣尼古拉教堂讲道的底稿，绝大多数都是往返巴黎与斯特拉斯堡途中写完的。在研究医学以后的几个月中，他将有关管风琴制作的论文以及《耶稣生平研究史》的最后一章完成。

1909年5月13日，施韦泽参加医生预备考试。在学习中，他备感艰辛，无论怎么努力，终究还是比不上20岁左右的青年学生的记忆力。施韦泽平时就非常厌恶为考试而读书，他认为应该为学问而读书。考试的日子终于来临。他在同班同学的帮助下，加入“应考协会”，在那里他学到考试的窍门，以及如何作答。那一阵子，他身心均感疲惫，但幸运地通过了考试，这完全要归功于在“应考协会”里受到的指导。之后的课程以临床实验为主，比过去轻松得多。

施韦泽对药物学特别感兴趣。这门课是尤康教授执教的，他是研究毛地黄（治疗心脏病药物）的专家，与修米德·倍克教授共同研究毛地黄。提到修米德教授，施韦泽就会联想起一件事。1919年春，施韦泽有事路过斯特拉斯堡的诺得福车站，有一个被驱逐出境的德国人正好在这里搭车，当他俩四目相接的一瞬，施韦泽突然发现这人竟是他所敬爱的老教授。斯特拉斯堡在第一次世界大战后，由德国割让给法国，教授因此遭到驱逐。施韦泽情不自禁地大叫起来，教授也非常吃惊。他向教授说：“如果有需要我效劳的地方，请提出来，不用客气，我会尽力去做。”

老师郑重其事地指着一捆稿纸，满脸忧郁地对他说：“我没有什么事值得担心，唯有这包东西……它是有关毛地黄的最后一批论文。听说，我们的东西在上车前都要接受检查，我怕万一遇到麻烦而被没收，到时一切努力毁于一旦，因此我一直十分不安。”于是，施韦泽答应替教授保管这捆东西，等老师抵达巴顿后再寄过去。这些论文发表后不久，教授便与世长辞了。

施韦泽刚开始攻读医学时，生活很拮据，后来出版了德文版的《巴赫论》，加上演讲酬劳，生活才逐渐宽裕起来。

1910年10月，施韦泽参加国家医生考试。12月17日，施韦泽在马德鲁库教授那儿完成了最后的外科考试，他迈出医学院，漫无目的地游**在冬日的夕阳里。只剩实习以及博士论文了，他总算松了一口气，终于结束了医学院的学生生涯。可是他又好像失去了真实感。“这不是梦境，这是千真万确的。”他不自觉地脱口而出，周围的人都投以好奇的目光，他毫不介意，继续漫步。