施韦泽一边撰写博士论文，一边准备前往非洲。1912年春，他辞去大学教授和圣尼古拉教堂牧师的职位。一想到即将放弃长久以来的讲道与上课的工作，施韦泽的心头就会涌现一种难以言喻的寂寥感。在他前往非洲以前，都尽量避免路过托玛斯教堂和斯特拉斯堡大学附近以免触景伤情，他想或许今生不可能再重返此地了。

施韦泽与妻子返回京斯巴赫父亲的牧师公馆，共同度过去非洲前的这段时日。他的妻子是斯特拉斯堡历史学家的女儿海伦娜·布雷斯劳，他们在1912年6月18日结婚。尚未结婚以前，她就常常帮他誊稿，是他最好的助手。施韦泽必须在远行之前，将所有著作整理出来，多亏妻子的帮忙，才能够顺利完成。

1921年春，施韦泽前往巴黎，研究热带医学，顺便购置赴非洲所需的装备用具。在此以前，他的经验只局限于精神方面的工作，现在必须看目录写订单，为了买东西还得马不停蹄地在街上逛来逛去，甚至要连续好几天。回来后，还要查看交货单与账目，以及监督打包等琐事。一切都需要他亲自处理。

生活的日用品由妻子帮忙选购，有关医院所需要的器具、药品、纱布等由施韦泽亲自购买，花了不少时间才购置齐全。这些事非常繁琐，刚开始筹备需要费上一些精力，这是不可避免的，而且丝毫不能马虎。

如果想工作进行得顺利，必须拥有一笔充裕的资金做后盾。为了筹款，施韦泽常常奔走于朋友之间，由此而体验到这种毫无说服力的工作，是如何地难以获得他人的信赖，募款也相当困难。幸亏大部分朋友都能解囊相助，他们异口同声地说：“这是你经过深思熟虑而决定的计划，我们才愿意帮忙，如果换成别人，这种冒险工作我们是不会轻易慷慨相助的。”

施韦泽也曾遇到过令人尴尬的事，当对方知道他的来意后，口气立刻大变，以一副冷漠、藐视的态度拒绝他。虽然受到侮辱，但仍然有许多人关心和勉励施韦泽，使他在精神上鼓起勇气继续为达成目标而努力。

最令施韦泽感到兴奋的，是斯特拉斯堡大学德籍教授捐助了大量金钱，帮助他在法国殖民地建设医院。施韦泽的资金多半是由圣米克莱教区捐赠的，阿尔萨斯各教区有许多牧师是他的同学或学生，他们都鼎力相助。巴黎的巴赫协会也汇款过来。由于各方的鼎力协助，资金问题终于得以解决，那些家境富裕的朋友还告诉他，如果缺钱他们会再度帮助他。

资金有了着落之后，施韦泽立即和巴黎的传教士协会取得联系。施韦泽申请在奥戈维河沿岸的传教中心地兰巴雷内自费当医生。1874年，美籍传教士首先开始了在奥戈维河沿岸的传教工作。

加蓬后来成为法国殖民地，于1892年由巴黎传教士协会接替美国人传教，因为美国人无法实行法国政府所要求的——使用法语进行学校教育。施韦泽的申请，基于神学立场不同，遭到部分协会会员的反对，协会会长却全力支持他，最后他的申请终于获得通过。

1913年2月，施韦泽将所有行李安放在70个坚固的箱子中，送到波尔多，然后再回来准备随身的行李，他打算把随身备用的一部分纸币兑换成金币，却遭到妻子的反对。他向她解释说：“我们得考虑到一旦发生战争，无论走到那里，金币的价值不会变，纸币却不同，随时有贬值的可能，如果放在银行，有时会提不出来。”

不论是法国或德国，都不希望打仗，但是他们不能不预防万一！长久以来，施韦泽一直在研究德国与法国的关系，以便更深一层地了解。这两个国家为了保持和平，彼此都作出了最大的努力，他衷心希望他们能够永远和平。可是，整个欧洲的命运，并非全然取决于德、法两国之间的关系上。如今不论是德国还是法国，都在尽量的回收金币，再由政府发行纸币，他认为这是一个不祥的征兆。而且从1911年以后，两国官员领薪时全是纸币，再也看不到金币了。