1905年10月13日，施韦泽回信给父母及好友们，表示自己将来想当医生，前往处于热带的非洲行医。为了达成这个愿望，在新学期开始时，他就决定就读医学院。由于医学院的功课繁重，难以兼顾舍监的工作，他向托玛斯教堂的宿舍主管提出辞呈。

就读医学院的计划，施韦泽很早就拟定了。那是1896年夏季，适逢圣灵降临节的假期，一个晴空无云的早晨，他返回京斯巴赫，睡醒后深深地感觉到自己是多么的幸福啊!突然间，他强烈地意识到，把幸福视为理所当然是不恰当的，他必须对幸福有所回报。

躺在**，听着窗外小鸟的鸣叫，施韦泽静静地思考着。他终于下定决心，30岁以前以做学问和从事音乐为主，30岁以后将自己奉献给世界。

在学生时代，施韦泽曾参加由同宿舍学生所组成的救济活动团体，每星期都要去探访贫苦家庭并致送慰问金，回来后加以整理做成报告。经费是向斯特拉斯堡的市民募捐而来，市民就是他们幕后的支援者。

他们每年必须分两次去募集自己所需的金额，施韦泽的个性较为内向不善交际，这对他而言，真是一件苦差事，但是时间长了之后，也就渐渐能够适应。他发现募款不能采取勉强方式，必须有技巧，要委婉客气地说明本意使对方了解，因而产生同情，慷慨解囊。即使被回绝也不能生气，仍要笑脸致谢。

1904年秋季的一天，施韦泽发现托玛斯教堂的宿舍桌上，放着一本绿色封面的小册子，他对这本小册子相当熟悉，它是巴黎传教协会发行的月刊。突然有篇文章进入施韦泽的视线，是传教协会会长贝格尼尔所写。内容是报道非洲刚果殖民地的北部，有个叫加蓬的地方缺乏医护人员，以致无法进行传教工作。文章的最后一段是这样写的：“本教堂为了响应主的感召，征求‘主啊！我愿前行’的自愿人选。”读完这篇报道后，施韦泽虽然仍和往常一样做着自己的工作，但内心却已有了抉择。

几个月后，施韦泽度过了30岁生日，这一天，他整日都在计划着以后的事情，他前往非洲服务的意愿越来越坚定。关于他的计划，只有一位朋友知道，他准备到了巴黎，再写信告诉大家。当他们知道他决定远赴非洲时，都异口同声地责备他，劝他再好好考虑一下，他们认真地说道：“你的这种决定，简直是埋没自己的天才，你是否考虑到这一点？蛮荒未开化地区的工作，只需留给那些没有学问、没有艺术才能、甚至没有知识的人去做!”

视施韦泽如己出的维多也愤慨地骂他：“你这样做简直像是带着猎枪奔向战场的将军一样。”

有位贵妇对他说：“我认为你与其直接为黑人治病，不如以旅行演讲的方式去帮助他们！”

关于这个问题，施韦泽经常与所谓的基督徒辩论，结果他发现这些人虽然认为《圣经》上记载着耶稣说的“想着爱之路的人，必须抛弃从前所走的路”这句话很有道理，可是一旦当他们面临到实际问题时，却裹足不前，将耶稣的教育完全抛诸脑后。这一点，他始终无法理解。

在施韦泽的所有计划中，最令朋友感到不可思议的是：他前往非洲是当医生而不是传教士。更让他们惊讶的是，他到了30岁，才开始研究艰深的医学。施韦泽知道自己在做什么，这项工作比任何事都困难，每当他想到未来的遭遇，就会惴惴不安。他之所以作此决定，不是一时的冲动，而是经过深思熟虑的，所以他不再瞻前顾后，而是专注于现在。

根据非洲传教士的报道，可以想像的到，他准备前往的地区是目前最迫切需要医生的地方。在非洲，只要具备医学知识，无论做任何事都会畅行无阻，据传教士所办的杂志上报道，许多黑人都企望早日解脱肉体上的病痛，却苦于没有人帮助他们解脱。为了拯救这些不幸的人，施韦泽才决定学习医学，以便为他们服务。