1906年，施韦泽完成了《耶稣生平研究史》。进行这项工作时，参考书籍塞满了他整个书房，访客必须侧着身子才能通过书道。在外人看来，这些书一定是杂乱无章的，其实它们都是分门别类整理好的。每当女佣来清理房间，施韦泽都要费一番功夫维护它们。这位女佣有洁癖，一看到他的书房就紧锁双眉，大刀阔斧地整理，所以他总是虎视眈眈地注视着她。

施韦泽在《耶稣生平研究史》中，曾列举了神学教授威廉·普列德的著作，日后他们成为笔友。普列德在1907年死于心脏病，在他逝世以前，施韦泽曾经给他写了一封信，内容是说他的病治愈希望渺茫，死神随时会来临。每当想起自己身体健壮，而普列德却因疾病命在旦夕，施韦泽便有一种说不出的悲伤怆然感。

施韦泽的著作由牛津大学的善提教授介绍到英国。他曾邀请施韦泽到英国去，当时施韦泽正埋首研究医学，并且兼有其他事情无法分身，这件事情对他来说，实在非常遗憾。施韦泽所说的其他事情，就是将巴赫著述的法文版翻译为德文。

施韦泽之所以出版巴赫这本书，是有原因的。每年春秋两季的休假他均前往巴黎探望维多，这已是惯例了。有一次，维多老师告诉他：“有关巴赫书籍的法文版均为故事体裁，没有一本著述可以帮大家理解巴赫艺术方面的造诣，音乐学校的学生深感失望。”他听到维多这席话，立即闪出一个念头：“我要完成这部书”。恰好当时他正担任圣威廉教堂巴赫乐曲的管风琴演奏，平日就很注意有关巴赫的报道，他决定于1902年秋开始着手进行，他非常高兴自己有机会发表对巴赫的研究。

1902年秋，施韦泽只完成了准备工作，因此把计划延迟了一年。施韦泽把全部空闲时间专注于这件事，他勤跑图书馆寻找有关巴赫的著述。当时，巴赫的乐谱非常昂贵，并且不易获得，除了在大学图书馆寻找外，没有其他更好的途径。由于白天有工作在身，施韦泽只好利用晚上的时间去图书馆，进度受许多事情的牵制所以很慢。

正在这个时候，有位乐谱商告诉他一个消息：巴黎有位妇人准备出售巴赫全集。当初她是为了支援“巴赫学会”才买下来的，由于这部书的内容相当复杂，她用不上所以打算出售。施韦泽虽然渴望得到它，但一想到价钱一定不便宜，只有按捺住自己的冲动，先探听价钱。出乎意料的是对方竟然说：“如果这部书对你的工作确实有帮助的话，我愿意以200马克出售。”这个价钱便宜得几乎让施韦泽难以置信，他喜出望外地请她立刻转让。自从买下这部巴赫全集后，他可以省去上图书馆的时间，专心在家工作，因此进展得很顺利。

约翰·塞巴斯蒂安·巴赫

施韦泽虽然读过不少音乐史和音乐理论，却不是一个专门致力于音乐研究的人。就此点来看，施韦泽研究巴赫的著作，委实有点自不量力。话虽然如此，施韦泽还是拟订了一个计划，就是将过去被人忽略了的巴赫音乐的本质显昭于世，同时探讨巴赫合理化的演奏法。这项工作最使他头痛而感到困难的是要以法语著述，虽然从孩提开始，他就同时使用德语和法语，但是他的母语是德语，在大学上课也是使用德语，而今要以法文写书实在是项艰巨的工作。

施韦泽一一克服法语文法方面的缺陷。1904年秋天，原稿大致成形，施韦泽向维多报告这件事，同时请他写序。维多不断地写信鼓励施韦泽，如果原稿完结，他一定会寄上序文。事情进行得很顺利，1905年，《巴赫论》终于在巴黎付梓，前面有维多的序文。

后来，在施韦泽准备将法文版转译为德文版时，发现已问世的法文版尚有许多缺失的地方，内心颇感不安，因此将德文版重写，以崭新的面目出现。重写并非易事，反复写了好几遍，总是无法令自己满意，每次都半途停滞。

施韦泽在百乐特市一个名叫黑马馆的旅社中重新进行研究巴赫的工作。有一天，施韦泽在百乐特市的剧场看了一场《托里斯坦》，当他看完步出剧场后，感到全身的血液在沸腾，非常兴奋。为了平息当时的情绪，回到住处后，他立即执笔畅述这部新《巴赫论》，文思泉涌直泻而出，虽然楼下酒馆人声嘈杂，他却丝毫不以为意，似乎有股无形的力量在支撑着他，当他停笔时，发现阳光已射到他的桌上。

完成前半部论述后，进度一直停滞不前，现在如同被堵塞的管子突然打通，顺畅起来。两年后，这部844页的德文版《巴赫论》完成了。

出版商看到堆积如山的德文原稿后，两眼瞪得如铜铃，一脸疑惑的问：“真没想到会有这么多，恐怕是法文版的两倍吧！”施韦泽装出一脸无可奈何的表情，但内心却无比的得意，因为他终于完成了这项艰难的工作，有份难以尽述的成就感。他进行德文版《巴赫论》工作时，并未终止神学方面的研究，仍去大学上课以及讲道，偶尔也去各地旅行讲演。他曾数度中止著述工作，但最后还是完成了，长久的努力终于有了成果。

1908年，首度发行德文版《巴赫论》，由莱比锡的黑尔特尔公司出版。在此以前，1905年秋天，施韦泽将历年来研究管风琴的制作法做了一番整理。幼年时，他便对管风琴的构造产生了浓厚的兴趣，前面曾述说过，这是来自他的外公席林格的遗传。

1896年，施韦泽曾前往修特德雅鲁特音乐厅，参观新装置的管风琴，演奏者兰克先生亲自带领他参观，并且示范演奏让他鉴定。事实上，兰克先生的指法并不高明，发音硬涩，每个音都含混不清。

就音质来说，施韦泽认为现今的管风琴无法与昔日的管风琴相比。他每到一处，必定会去观赏当地的管风琴，几年下来，他几乎看遍了整个欧洲的管风琴。这帮助他更进一步地了解它们的制作与特性，总的来说，法国产品比德国产品优良，因为法国人比较遵守传统。他将研究的结果做了系统的编排，于1906年出版一本名为《德国与法国管风琴的制作与艺术观》的小册子，指出古时的管风琴音质较佳，现今的制作法必须重新慎重研讨。这项意见发表后，成为当时众人的笑柄，可是经过时间的检验，却渐渐受到人们的重视。在1909年举行的国际音乐学会上，终于有人提出，管风琴的制作法必须考虑到兼备古代优美的音色与现代技术的优点，兼容并蓄，臻于完美的境界。

在施韦泽研究管风琴的时候，曾对一位爱好音乐的糖果店主说：“近年来，管风琴的声音愈来愈差。”他赞同地说道：“不仅管风琴如此，糖果的制作也一样，现在的人好像早已忘记昔日糖果的味道。昔日制作糖果，必须用新鲜牛奶、牛油、乳酪、蛋、上等油脂、果汁与砂糖，任何一种材料都必须慎重选择，现在却只求外表美观，完全不考虑味道，成本虽然降低，可再不能称得上是真正的糖果。一点也没错，现在的管风琴也是如此。”

施韦泽倡导制作真正的管风琴，但只有少数人接受他的观点，大多数人仍然侧重于追求管风琴的外观而不求其实质，认为原来旧有的管风琴过于古老，外表美观的新管风琴才够气派。许多真正美好的管风琴都是因为外观破损，音量不够大，而被宣判死刑。施韦泽费尽口舌地劝告对方与其换架新的还不如修理旧的，并且不厌其烦地告诉他，应该如何去整修。这一类的信发出了几百封之多，他却从不感到厌倦。施韦泽不知道拯救了多少架旧式管风琴的命运。

斯特拉斯堡托玛斯教堂内所安置的管风琴，是由名匠吉尔巴曼制作的，也是在施韦泽的极力维护下才得以保留。日后，施韦泽决定前往非洲，常有朋友揶揄道：“你在非洲拯救老黑人，在欧洲也拯救了不少老管风琴。”

施韦泽研究管风琴，前后共30年之久，历尽不少艰辛。他认为这也算是为真理而奋斗，因此一直咬紧牙关，百拆不回。每逢礼拜日上午，教堂中传来优美的管风琴声，他会随着琴声回忆起当年的种种情景。