年轻的候补牧师
1893年10月，施韦泽在巴黎经商的伯父将他介绍给巴黎著名的管风琴家查尔斯·马利·维多，并让施韦泽拜他为师。
维多的招生原则是，只收巴黎音乐学院管风琴科的学生。施韦泽曾经受到尤金·孟许老师的悉心指导，因而通过了维多的严格测验，正式被纳为入室弟子。维多老师对他而言，具有相当重要的意义，他促使施韦泽在技巧方面更加精纯熟练，还使他认识到音乐作品结构的重要性。
10月下旬，施韦泽进入斯特拉斯堡大学就读。斯特拉斯堡大学处处洋溢着青春蓬勃的朝气，完全摆脱了那些古老教条的束缚，教授与学生打成一片，毫无芥蒂地畅谈，同心致力于新时代赋予的使命。
教授群中，几乎看不到一位老人，整个校园充斥着欢快气氛，施韦泽决定同时选读神学与哲学这两门学科。第二年的4月1日，他志愿服兵役，在克鲁尔上尉全力的支持与鼓励下，被获准在每日上午11点到大学去上课，聆听文德尔班教授的哲学史。从军队回来后，施韦泽立志要重新选修神学与哲学。
除了神学与哲学外，施韦泽还选了由雅可布斯塔尔所教授的音乐理论。雅可布斯塔尔教授认为只有贝多芬以前的东西，才能称得上是艺术，施韦泽从他那儿学习到许多宝贵的东西。尤金·孟许的兄长恩斯特·明希当时正在斯特拉斯堡的圣威廉教堂任管风琴师。明希对于施韦泽管风琴演奏的技巧以及巴赫方面的研究，有莫大的帮助。
1898年5月6日，施韦泽通过了神学考试，并受到霍尔茨曼教授的推荐获得了戈尔施奖学金，金额为每年1200马克，期限是6年。10月下旬，他前往巴黎，原先预计在巴黎大学主修哲学，同时继续深造管风琴。事与愿违，他在学校上课的情绪极为低落，而且思维紊乱，这使他对自己产生了一种厌恶的情绪。但是，他不想在巴黎虚度整个冬季，于是把这段时间充分地运用在音乐与写哲学论文上。
这一次，是维多老师免费指导他管风琴。他随即又师从音乐学校的教师菲利浦，同时也向玛丽·哲威尔·特劳曼学习钢琴。特劳曼是弗朗兹·李斯特的入室弟子，也是李斯特的女友。施韦泽从她那儿学习到许多东西。特劳曼不幸于1925年逝世，而施韦泽与菲利浦和维多一直保持着深厚的友情。
维多知道施韦泽生活拮据，吃饭时总是担心钱不够。每次上完课后，他都会邀请施韦泽去餐厅吃一顿。施韦泽在巴黎受到许多人的照顾，他经常到伯母玛蒂尔德家去做客。有时，他晚上也到查尔斯伯父那里去，查尔斯伯父是一位现代德语老师，通过他的关系，施韦泽认识了许多大学教授和语言学家。就这样，他逐渐喜欢上了巴黎。
施韦泽的健康状况很好，即使熬夜苦读，身体也不会有任何不适。写博士论文和学习音乐，这两件事情同时进行，互不干扰，也不妨碍他与名人们的交往。他曾经彻夜不眠地努力学习，第二天早晨照样在维多面前演奏管风琴。
1899年3月中旬，施韦泽前往斯特拉斯堡大学，将他刚刚完成的论文交给蔡格勒教授，论文受到教授的青睐，他在7月间获得学位。7月底，施韦泽返回斯特拉斯堡大学，接受学位证书的颁发。这年夏天，他住在柏林，主要是阅读有关哲学方面书籍，他准备读遍古代与近代的杰出著作。
蔡格勒教授征求他的意见，问他是否愿意担任哲学系的无薪讲师。他当时志在神学，所以婉拒了教授的好意。施韦泽变得非常喜欢讲道，每礼拜日面对许多听众，讨论有关人生的问题，他觉得非常有意义。
通过第二次神学考试后，施韦泽担任圣尼古拉教堂的传教士，最初是助理牧师。
圣尼古拉教堂有两位年逾古稀、精神矍铄的牧师，施韦泽的主要任务是担任这二位牧师的助手，每逢午后礼拜或星期日儿童礼拜时，便由他负责宗教教育。他对于这项工作的热爱与日俱增，从不感厌烦。
午后礼拜参加的信徒不多，他能尽情发挥父亲传给他的那种祥和讲道的态度。要是人多他就会紧张，心里虽然很有条理，却无法顺利地表达出来，这种现象始终无法改善。
当两位年迈牧师行动不便时，施韦泽偶尔也会代替他们上台讲道。他在讲道前会把要说的内容一一记录在纸片上，在誊写之前还得再三过目，可是，正式讲道时却常常前功尽弃，所说的与纸上写的完全不一致。
施韦泽在圣尼古拉教堂的月工资是100马克，工资虽然微薄，可是宿舍费用与餐费极为低廉，他的生活尚算富足。这份工作的好处是有闲暇的时间做学问与研习音乐，这是他梦寐以求的。
施韦泽每年有两次休假，复活节后一个月和秋季后两个月，共计三个月。春假他多半住在巴黎的叔祖父家，同时到维多老师那儿学琴，秋假则返回京斯巴赫父亲那里去。
往返巴黎几次，施韦泽结交了许多新朋友，罗曼·罗兰就是其中之一，他们初次邂逅是在1905年，刚开始时只不过是泛泛之交，随着时光的推移，他们发现彼此思想相通而成为至交。这段期间，施韦泽也认识了安利·修特贝尔裘，他是法国人，感觉敏锐，专门研究德国文学，施韦泽与他成为挚友。
施韦泽的生活日趋安定，这一时期是他人生旅程上很重要的一段，他孜孜不倦，有条不紊地开展着自己的工作。
1902年3月1日，母校斯特拉斯堡大学聘施韦泽担任神学院的讲师。听说教授中有人反对，认为他的神学研究法相当荒谬，如果让他来授课，将搅乱学生们的神学思维。最后，经过霍尔茨曼教授的极力说服，才决定正式聘用他。
1903年10月，他出任托玛斯神学院的舍监，年薪2000马克，并且分配到一间新寓所。公寓位于托玛斯神学院旁边，这是一座日照良好的住宅。