严武去世后，杜甫沉湎于回忆中，常常触景伤情。之后各武将飞扬跋扈，蜀中大乱，边关少数民族又时常侵犯边境，局势的不稳逼得杜甫不得不离开成都。五月末，告别草堂，告别淙淙细流的浣花溪，杜甫一家乘舟东下，经过嘉州（今四川乐山）、戎州（今四川宜宾）、重庆至忠州（今重庆忠县），在江边一座寺庙住了两个月后，九月间到达云安（今重庆云阳），疲累困顿的跋涉使得杜甫旧疾复发，于是便留在云安养病。

几经烽火流离，杜甫觉得一片茫然，54岁的他，这时已消退了热情，磨灭了雄心，名利对他来说已没有任何意义。他常茫然地望着江面，无可奈何地接受这终生飘零的命运。此时又赶上旧病复发，于是杜甫便在病榻上将旅于舟上的感慨宣泄于诗句。

细草微风岸，危樯独夜舟。

星垂平野阔，月涌大江流。

名岂文章著，官应老病休。

飘飘何所似，天地一沙鸥。

——《旅夜书怀》

次年春天，杜甫觉得身体好一些了，便举家迁往夔州，暂时居住在城内的西阁。夔州都督对杜甫颇有资助，夔州境内的东瀼溪两岸有公田百顷，据说公孙述曾在这里屯田，所以叫作东屯。杜甫在这里租到一些公田耕种。夔州是三峡中的一处山城，背山面水，风景绝佳，且三峡之一的瞿塘峡又在附近，极尽山光水色的旖旎。夔州城东就是著名的白帝城，此城建在江边险峻的断崖上，登城瞭望可见江涛拍岸，“卷起千堆雪”。

这时期，杜甫写下许多著名的诗句。他潜心创作，刻苦经营，暮年飘零、羁旅异地、面对满目萧条的秋景而引起的家国之思，以及对个人命运的悲叹等都一一融入诗句中，所以这一时期杜甫的七言律诗大放异彩，不仅有丰沛的情感内容，且创新了诗歌的形式，如《秋兴 》八首、《咏怀古迹》五首这类的大型诗组，都在杜甫笔下一一呈现。

玉露凋伤枫树林，巫山巫峡气萧森。

江间波浪兼天涌，塞上风云接地阴。

丛菊两开他日泪，孤舟一系故园心。

寒衣处处催刀尺，白帝城高急暮砧。

——《秋兴》其一

夔府孤城落日斜，每依北斗望京华。

听猿实下三声泪，奉使虚随八月槎。

画省香炉违伏枕，山楼粉堞隐悲笳。

请看石上藤萝月，已映洲前芦荻花。

——《秋兴》其二

千家山郭静朝晖，日日江楼坐翠微。

信宿渔人还泛泛，清秋燕子故飞飞。

匡衡抗疏功名薄，刘向传经心事违。

同学少年多不贱，五陵裘马自轻肥。

——《秋兴》其三

闻道长安似弈棋，百年世事不胜悲。

王侯第宅皆新主，文武衣冠异昔时。

直北关山金鼓震，征西车马羽书迟。

鱼龙寂寞秋江冷，故国平居有所思。

——《秋兴》其四

蓬莱宫阙对南山，承露金茎霄汉间。

西望瑶池降王母，东来紫气满函关。

云移雉尾开宫扇，日绕龙鳞识圣颜。

一卧沧江惊岁晚，几回青琐点朝班。

——《秋兴》其五

瞿塘峡口曲江头，万里风烟接素秋。

花萼夹城通御气，芙蓉小苑入边愁。

珠帘绣柱围黄鹄，锦缆牙樯起白鸥。

回首可怜歌舞地，秦中自古帝王州。

——《秋兴》其六

昆明池水汉时功，武帝旌旗在眼中。

织女机丝虚夜月，石鲸鳞甲动秋风。

波漂菰米沉云黑，露冷莲房坠粉红。

关塞极天惟鸟道，江湖满地一渔翁。

——《秋兴》其七

昆吾御宿自逶迤，紫阁峰阴入渼陂。

香稻喙馀鹦鹉粒，碧梧栖老凤凰枝。

佳人拾翠春相问，仙侣同舟晚更移。

彩笔昔曾干气象，白头吟望苦低垂。

——《秋兴》其八

支离东北风尘际，漂泊西南天地间。

三峡楼台淹日月，五溪衣服共云山。

羯胡事主终无赖，词客哀时且未还。

庾信生平最萧瑟，暮年诗赋动江关。

——《咏怀古迹》其一

摇落深知宋玉悲，风流儒雅亦吾师。

怅望千秋一洒泪，萧条异代不同时。

江山故宅空文藻，云雨荒台岂梦思？

最是楚宫俱泯灭，舟人指点到今疑。

——《咏怀古迹》其二

群山万壑赴荆门，生长明妃尚有村。

一去紫台连朔漠，独留青冢向黄昏。

画图省识春风面，环佩空归月夜魂。

千载琵琶作胡语，分明怨恨曲中论。

——《咏怀古迹》其三

蜀主窥吴幸三峡，崩年亦在永安宫。

翠华想象空山里，玉殿虚无野寺中。

古庙杉松巢水鹤，岁时伏腊走村翁。

武侯祠屋常邻近，一体君臣祭礼同。

——《咏怀古迹》其四

诸葛大名垂宇宙，宗臣遗像肃清高。

三分割据纡筹策，万古云霄一羽毛。

伯仲之间见伊吕，指挥若定失萧曹。

福移汉祚终难复，志决身歼军务劳。

——《咏怀古迹》其五

杜甫不仅在《秋兴》八首中隐寓出思君怀乡的愁绪，在《咏怀古迹》五首里，更表露了他对为国尽忠的向往，以及半生凄凉，终不为朝廷所识的遗憾。杜甫自比庾信，有“暮年诗赋动江关”的自信，他敬佩孔明为国而死的忠贞，这些情绪其实都是因为郁郁不得志，在慨然怀古思今的情况下所产生的，如此气象恢弘！诗作表面上是伤怀遗迹和古人，事实上是感叹自己营营一生竟落得漂泊无依的境地！另外还有更为凄怆悲凉的词句，倾诉余年的萧索。

风急天高猿啸哀，渚清沙白鸟飞回。

无边落木萧萧下，不尽长江滚滚来。

万里悲秋常作客，百年多病独登台。

艰难苦恨繁双鬓，潦倒新停浊酒杯。

——《登高》

岁暮阴阳催短景，天涯霜雪霁寒宵。

五更鼓角声悲壮，三峡星河影动摇。

野哭千家闻战伐，夷歌数处起渔樵。

卧龙跃马终黄土，人事音书漫寂寥。

——《阁夜》

老态龙钟的杜甫已知道残年不可恃，想要回到故乡的欲望日益强烈，他殷切地盼望能和弟妹团圆，然而战乱未定，始终未能成行，他心中一直觉得遗憾。杜甫搬到瀼溪草堂不久后，竟意外地接到弟弟杜观的书信，信上说不久即到夔州看望杜甫，这个消息使杜甫兴奋了很久。可惜兄弟相聚几日后，杜观便起程前往蓝田（今陕西蓝田）。兄弟二人不得不再次分别，不过杜甫对这次离别并没有惆怅感伤，反而觉得很安慰。晚年寂寥，还能与兄弟见上一面，他已经觉得很满足了。