公元前346年以来，马其顿和希腊双方一直勉强维持着和平，但关系日渐紧张，至公元前340年，新的战争终于爆发了。腓力又要领军出战。

这一年，亚历山大刚好16岁。一天，腓力把亚历山大叫到宫廷中，并告诉儿子，自己将要带着军队出去作战，国家则由他来管理，希望他能为他分担国家大事，参与政治和军事事务。腓力同时安排了安提帕特将军留守。

留守期间，亚历山大和安提帕特曾一度击败前来进攻的密底人。亚历山大初次上阵就展现了他的军事天赋。他大败敌人，一直进军到他们的城市，驱散了当地人，重新组织移民，并且夺得了一个军事基地。亚历山大把这块地方命名为“亚历山大城”，用来纪念他的第一个战果。在两年以前，父亲腓力也曾经取得过类似的战果。亚历山大发动这次战争的动机，是不是出于和父亲互相竞争的心理呢？也许这就是亚历山大一生战功卓著的原动力吧。

亚历山大18岁的时候，就跟随父亲南征北战。这些战争教会了年轻的亚历山大如何部署军队，期间，他还断然地实行了许多改革。在一场决定了希腊命运的喀罗尼亚战役中，亚历山大发挥了极其重要的作用。

战争开始后，腓力二世率先率领骑兵向前逼近，随后的禁卫步兵方阵依斜型序列跟进，中央马其顿方阵紧跟着前方的斜型阵列前进，但左翼的亚历山大却按兵不动，当马其顿右翼接近时，雅典军向前冲锋，双方步兵短兵相接，骑兵相互厮杀。激战一段时间后，腓力开始撤回自己的右翼军队，而雅典重装步兵立即随后追杀，在不明马其顿军企图的情况下，雅典的盟军底比斯军选择按兵不动，静观其变，但这样的结果使雅典和底比斯两军间出现松动，雅典军的右翼被暴露出来。亚历山大见战机终于出现，立即率领骑兵组成菱形突入雅典军的右翼，并令游击步兵向前阻挡底比斯军对雅典军的救援，腓力也迅速朝雅典军正面猛攻，在两方攻击下，雅典军很快溃散。亚历山大随即率领骑兵绕至底比斯军后方，朝底比斯圣队发起冲锋，将其歼灭。雅典联军全线溃败，马其顿获得决定性的胜利。

喀罗尼亚战役惨败后，希腊城邦的自治和希腊的自由精神也从此断送了。雅典曾经严格地要求战败的将军重新检讨战局，并且追究失败的责任。此外他们动员了所有年轻力壮的男人，包括奴隶和外国人在内，全部武装起来，即使被希腊人认为最神圣的墓石，也被用来做防御工事。他们决心要抗战到底，他们认为，至少他们还有完整的舰队。虽失去了过去的光荣，但并未就此一蹶不振。腓力二世看到自己的族人是这样坚毅，觉得如果一直压迫雅典，会引起希腊人更强烈、更持久的反抗，还是应该采取宽容的态度，见好就收。他决定与雅典签订停战协议，将雅典阵亡将士的遗骨送还故土，同时恢复了俘虏们的自由，并且派遣亚历山大和安提帕特为使节去希腊诸国讲和。作为一个战胜国，腓力所提出的条件极其宽大，雅典感受到了腓力的诚意，因此正式成为马其顿的一个忠实盟国。当亚历山大正式访问希腊的时候，也被希腊臣服的诚意所感动。

腓力成了新的国际盟主，现在横在腓力眼前的是怎样处理战后的希腊。他令希腊诸城邦与马其顿签订军事同盟的协定，这个协定就是“哥林多同盟”。“哥林多同盟”是确保希腊和平的基础，为亚历山大日后的东征扫去了后顾之忧。