亚历山大13岁那年，他的父亲腓力二世希望他能远离家庭的不睦和奥林匹亚斯那种狂热偏激的想象力，他不希望刚刚进入少年时期的亚历山大变得感情脆弱和多愁善感。此外，腓力认为亚历山大是时候接受正规的教育了。

针对亚历山大的教育问题，腓力制订了一套详细的计划，他觉得能做王子老师的人，首先一定要是一位见多识广、博学多才的大学者，此外，他希望这位老师对马其顿的风土民情非常了解，也能热爱这个国家。符合上述条件的，在当时非亚里士多德莫属。

亚里士多德的父亲曾任马其顿王室的御医，因此亚里士多德与比自己小两岁的马其顿王子腓力自小就是好朋友。亚里士多德在17岁时便已才华横溢，在学界崭露头角，备受师友们赞赏。公元前347年，老师柏拉图去世之后，亚里士多德就离开了学校，自成一家。他独自在小亚细亚的岛上埋首研究自然科学。在受到腓力二世的聘请后，亚里士多德马上束装前往马其顿的王都佩拉。

亚里士多德所居住的地方位于小亚细亚的西北岸，靠近特洛伊，它和附近的地区都是受贝鲁美尼亚所统治。贝鲁美尼亚非常崇尚学术，礼贤下士，希望在哲学家的同心协力下缔造一个理想的国家。亚里士多德和贝鲁美尼亚可以说是亦君亦臣、亦师亦友。亚里士多德娶了贝鲁美尼亚的养女为妻。在亚历山大东征的时候，他身边的很多学者都是出自这里。当时的亚里士多德俨然是一个新兴学术团体的领导者，他把原来在雅典的精英分子都吸引集合在这儿，成为一个新兴的学术中心，有着后来居上的蓬勃气势。

虽然在学术上这里朝气蓬勃，但是强敌逼境，政治上的纠纷却层出不穷。腓力的大军已经兵临黑海沿岸，为了经济的目标，腓力希望能够占领谷仓地区，对雅典更施行海峡封锁。腓力的计划并不是纸上谈兵，而是有积极的行动表现。他估计雅典迟早会屈服，对雅典投降后所要进行的工作，他已有了详细的计划，成竹在胸。这时候，雅典的政论家伊索克拉德斯曾经向腓力写了一封公开信，这封信是站在希腊人的立场，尤其是站在雅典的立场，在认清本身利害关系的情况下提出来的。信里所提出的要求和腓力内心的打算正好是不谋而合。希腊人希望能够借刀杀人，而不费自己的一兵一卒。腓力就非常冷静地利用这个机会，把他的计划一步接一步地付诸实施。

马其顿对希腊的政策就是恩威并用。对某些国家，只要杀鸡儆猴，让别的国家心怀畏惧就行了，至于大部分的希腊国家，腓力愿意采取怀柔政策。这种双管齐下的政策，使他的行动更有弹性，因此他认为伊索克拉德斯的意见很有利用的价值。在公元前343年，腓力与波斯缔结了和平友好条约，这也是他计划的一部分。马其顿与波斯言明互不干涉，为了防止希腊和波斯联手对付马其顿，他事先已和波斯取得默契，如此侵略希腊就不受波斯的牵制。这也是他防患于未然的一种策略。

腓力一边和波斯签订友好条约，另一方面却秘密地和贝鲁美亚尼签订了军事同盟的密约。他这秘密协定很快地被波斯获悉，由于波斯西部的属州相继叛离中央政府，因此波斯对腓力和贝鲁美尼亚签订军事密约的事非常敏感，也非常紧张。没有多久，波斯就把贝鲁美尼亚予以逮捕，并且判了死刑。当时和波斯政府一直保持着秘密联系而居中奔走的狄摩西尼曾得意扬扬地夸下海口：“我能洞察腓力的各种阴谋，只要有我在，大王就可以宽心了。”照这种情形看来，成立反马其顿联合战线，似乎是指日可待了。但是波斯无论怎么对贝鲁美尼亚拷打逼问，他始终坚拒吐露密约的内容，临死前他曾经留下遗言说：“请告诉我的朋友们，我是爱好哲学的人，自有我的风姿傲骨，威武不能屈，我绝对不会在他们的**威下吐露出任何一个字的。”这时的亚里士多德不可能对秘密协定一无所知，他很可能是在贝鲁美尼亚谅解之下，带着政治的使命而赴任的。亚历山大和亚里士多德的相遇，似乎是命运的安排。

为了让亚历山大远离宫廷之中随处可见的政治阴谋和奥林匹亚斯的影响，腓力将读书的地点安排在远离王宫的佩拉西南的山中，那里有一处非常宁静的神殿，周围丘陵起伏，牛羊遍野，还有满山遍野的果实和鲜花。亚历山大就在这处“花园”中，跟随着亚里士多德度过了三年的学习时光。他的同窗中，很多人都成了他日后的好友，其中包括后来成为埃及王的托勒密、大将帕曼纽的儿子菲罗塔斯和马其顿执政大臣安提帕特的儿子卡山德。这些少年徜徉在大自然中，一边漫步，一边聆听亚里士多德的教诲。

亚里士多德采取学院式的课程来教学生。这些年轻的学生对几何学和形而上学往往感到很乏味。而最能吸引他们的，要数植物学和动物学了。直到后来，亚历山大对医术和畜牧等领域仍有着很大的兴趣，也许就是从这个时候培养起来的。他不但深谙医学上的理论，并且具有实际操作的能力。在东征期间，他曾亲自为生病的战友开处方，并且写下了各项调养和饮食事项。

事后亚里士多德曾经提到过当时的教学情形。他认为这批处在少年期的孩子们对政治学无法产生浓厚的兴趣，也许是由于他们缺乏实际经验和对政治深层次的体会和认识不够。后来亚里士多德曾应亚历山大的要求写下了《王权论》和《殖民论》等政治著作，可这些政治学说似乎没有给亚历山大带来直接的影响。一位专门研究古代史的历史学家，曾经下过这样的结论：

亚里士多德在政治哲学上并没有给亚历山大带来很大的影响。天才与天才的交会却无法为对方留下任何痕迹。这两位不世出的天才却各自在学术上、武功上发展出他们伟大的成就，各自成就了在历史上的地位。

对亚历山大而言，父亲腓力给了他生命，而亚里士多德却让他认识了一种高尚的生活，为他开启了知识之门。亚里士多德给予亚历山大完整的口才和文学训练，并且激发了他对科学、医学和哲学的兴趣。亚历山大童年时期就显出了在音乐和马术上的才华。据记载，少年时代的亚历山大发现了一匹烈马，所有人都认为它是不可驯服的，而他只是柔和地对马说了几句话便成功地驯服了它。后来，他给还给马起名为“塞弗勒斯”。

在亚里士多德的影响之下，亚历山大对希腊文化充满了浪漫的热情，随着他日后的东征，小亚细亚一带纷纷希腊化了，这种文化余韵，历经300年而不衰！