郑成功在没有占领金门和厦门以前，主要的活动范围就是福建和广东等沿海一带，因为福建和广东沿海的岛屿极多，在过去的战争中，郑成功曾经占领的就有铜山港，且一度攻占了诏安湾。这些海港不但非常曲折，而且港湾开阔，对他的海军作战非常有利。但是，若以地理位置来说，金门和厦门才是上上之选。

古人曾这样描述过这两个地方：厦门是控制漳州的咽喉，金门是控制泉州的咽喉。金门和厦门，就是漳泉通往海洋的咽喉地带。向东可以控制台湾和澎湖，向北可以控制浙东和浙西。

郑成功的叔父郑鸿逵，曾劝说郑成功要以泉州为据点，但攻打泉州失败了。他的另一个叔父郑芝莞认为，现在这样攻打泉州很难，如果以厦门做根据地再攻打就轻松多了。当时的金门和厦门两地，被郑成功的堂兄郑彩和郑联所占据。他们在那里胡作非为，但是他们海上的力量很强大。

郑成功听了叔父郑芝莞的这番话，认为厦门现在已经是郑联所有，攻打自己人，在道理上总是说不过去，而且他在海上的势力也很大，万一攻打不下，反而成了仇人，这样就会削弱郑家军的力量。郑成功对郑芝莞的这个建议，感到非常犹豫。

对郑成功本身来说，他现在极需一个根据地，泉州无法得手，厦门是理想的对象，基于军事上的需要，他非常希望能够得到厦门，可是要用什么理由才能得到呢？

这时，他的部下施琅看出了郑成功的心事。施琅原是郑芝龙的部下，郑芝龙降清后他就跟随郑成功抗清。施琅是个十分聪明的人，很有军事才能。因此就劝他说，现在郑联在厦门的所作所为简直是暴虐，即使是出兵夺取了这个地方，也算是替天行道啊。施琅的话一语就道破了郑成功的心事。郑成功听后说道：“他的船很多，海军的力量也很强大，万一和他正面冲突，不能取胜就糟糕了！”

施琅接着又说：“我们用不着和他正面冲突，兵不厌诈。不如趁早采取行动，攻其不备。”郑成功沉思了一会儿，说道：“此计可行，但最好能以和平方式取得厦门，我实在不愿担负杀兄的骂名。”

郑芝莞接着劝道：“如果不杀了郑联，恐怕他的部下不会诚心归服，还是杀了为好。”郑成功终于下定了决心。

在中秋节那个晚上，郑家军悄悄地到达了鼓浪屿，当时郑联正在喝酒，烂醉如泥。郑成功一再求见，可是郑联却不肯见他。

直到了第二天的早晨，郑联终于答应在船上接见郑成功。

这时的郑成功装着满脸笑容，一副乞怜的表情，乞求郑联说：“自从隆武帝死后，我一直都很不顺利，攻打泉州，没有攻下，攻打同安和云霄，结果都得而复失，现在依然是一场空。因此，我赶来找你，希望能暂时在此地有个安身之所,我是不会忘记你今日的恩德的。”郑联听了郑成功的话说道：“兄弟何出此言，帮助你是应当的，你先回去休息，明日再说。”郑成功告辞出来后，趁郑联不备，令部下陆续进港，并暗中部署好。随后，郑成功设宴请郑联同饮，在郑联回去的路上设下埋伏，杀死了郑联。郑联死后，他的部下就投降了。一夜之间，郑成功取得了厦门。这使当地的百姓们都感到非常的高兴，郑联手下的整个船队也收归郑成功下，郑家军的兵力得到扩充。

郑成功不知道郑彩听到这里的事情后，会有怎样的反应。他先是派人把这个消息通知了郑彩（当时郑彩远走南洋）。郑彩本是一个聪明人，他知道大势已去，不如做一个顺水人情，因此就派人回信给郑成功说：“如今我年纪已大，我们郑家的子弟就数你最有出息，因此，我愿意把我的部下都交给你统辖。”

有了郑彩这样的一句话，郑成功大为心安，马上派人接郑彩回国，兄弟两人又像以前一样的和睦，心里没有一点芥蒂。这时，厦门完全由郑成功支配了。就这样转战几年后，郑成功终于有了自己的根据地，这也将是他一生事业的起点。

郑成功在这几年间，曾经攻打海澄、泉州，结果都没有成功；后来攻打同安、云霄，却又得而复失。现在终于取得了厦门。几年来的东征西讨，确实已经奠定下郑成功武力的基础，他又以厦门为根据地，展开了对清政府一连串的攻击，使他的反清复明的战争达到了**。

这时有一个名叫周全斌的人，向郑成功提出过三个战胜清军的策略。他说：“我这三个计策，分为上策、中策和下策。上策是最积极的作战办法——你要言和。如今最好能够联合背叛清政府的三个藩王——吴三桂、耿精忠、尚可喜三人。联同他们的力量，进行反清复明。他们不但力量相当大，足够灭亡清政府，而且现在发生叛乱，正是清廷最大的心腹之患。如果能够说服他们与之联合，那么反清复明的希望就大大增加了；中策是联合支援桂王的孙可望、李定国，里应外合，总比现在孤军奋战要强得多；最后下策，就是伺机待发。守住现在已有的根据地，慢慢地找占领东南沿海一带城市的机会，再图发展。”

在周全斌三个建议之中，上策是郑成功不愿意做的。因为清初三藩，都是曾经背叛明朝的人。至于中策联合孙可望、李定国两人，成功的可能也不大。因为他们两人，为了争夺功劳，已经私下不和。因此，一切靠自己才是最重要的。郑成功并不急功近利，他宁愿选择下策等待时机。

金门和厦门，在郑成功对清朝的作战中，所起的作用是利弊参半。从有利的一方面来说：郑成功所采取的作战方式，是水陆两栖的作战方法。进可以取泉州、漳州，退可以守海上。不但活动力强，而且很有弹性。那时候的海战，既没有雷达，又没有潜水艇，因此行在海上，如入无人之境，不但比陆路安全，而且迅速得多。只要有一艘船，就可以自由自在地在海上活动，使清廷防不胜防。古人说“千山隔不如一水隔”这是有道理的。就世界历史来说，许多岛国之所以能称霸一时，多半就是靠“千山隔不如一水隔”的原因。例如，以元朝武力之强，可以席卷欧洲，曾经越过无数的山脉，但是却不能攻下隔着一洋的日本。欧洲的拿破仑，当时声威之盛，却不能攻下一水之隔的英伦三岛，都是基于同样的理由。

不过就这种地理环境而言，郑成功必需有三道海防线：第一道是海外，第二道是沿海，第三道是本土。如果能掌握到第一道外围防线，就能保障自己本身的安全。掌握了后两道防线就能保障海上的补给，而且还不容易被敌人切断，能够作持久的战争。从郑芝龙到郑成功他们控制沿海地区，已经有了二十三年的历史。福建、广东一带沿海的小岛，早就成了郑家军的势力范围，对于郑成功作战是很大的帮助。

在占据厦门后，清兵攻打郑成功，只有一次成功。那次是因为郑成功南下，让叔父郑芝莞独自留守厦门，结果不敌清军慌忙败走，使清政府夺得厦门，但是很快又被郑成功夺了回来。在其他大部分的战争中，清政府总是吃败仗的多。当然这与郑成功善于海战的军事才能有关，但是也在很大程度上得益于优越的地理坏境。

说到不利的一方面，就是以海上为基地，必需不断地攻击对方，才能守住本身的阵营。而以海上为根据地最大的缺点，就是不容易取得军粮的补给，因此必需发动很多次的战争，才能获得军粮。将海岛作为根据地，取得小的胜利是可能的，但是却无法获得全面性和决定性的胜利，这就是制于海也受制于海的道理。

清政府自然知道郑成功的弱点，因此就讽刺地对他说：“中国向来只有马上皇帝，却没听说出过水上皇帝。”

但是，郑成功以海上为根据地，和清廷进行了多年的对抗，在中国历史上还是首次。

过去虽然也有许多水上作战的记录，最有名的就是“赤壁之战”、“淝水之战”，这些战役以规模来说，要比清政府和郑成功作战的规模更大，但是就时间而论，清政府和郑成功作战的时间却是最长的。