隆武二年（1646年），福州已经是清政府的势力范围。隆武帝逃往汀州时被捕，为避免受辱和对国破家亡的绝望，他绝食而亡。南明朝的最后一个皇帝明昭宗在肇庆即位，改元永历。永历帝封郑成功为威远侯。

面对明朝即将彻底灭亡、父降母丧的惨状，年仅20多岁的郑成功，强忍心中之痛，决定要重组父亲在福建沿海一带的军力，东山再起。此后的五年是郑成功奠定实力基础的五年，也是他武力最强盛的五年。

重组父亲昔日的旧将可谓困难重重。当时跟随郑成功的只有平时和他要好的一些朋友，而郑芝龙的部下，因为郑芝龙已经投降清政府，大都观望不前，不知何去何从。一时之间，郑家在海上的势力几乎分崩离析。这些旧将还是希望有个带头人将他们聚合起来，重振郑家势力。

正在大家举棋不定、群龙无首的时候，郑成功以敏锐的眼光、果断的智谋，用反清复明的口号，将父亲这些昔日的旧将重新召集了起来，重新组建了强大的郑家军。同时，他在南澳又召集到几千人。军队组建起来了，但是新的问题出现了，就是如何筹集粮饷。如此庞大的郑家军，需要足够的粮饷和补给，可这个时候的郑成功根本没有力量养活这样一支庞大的军队。他翻来覆去想了很久，最后把希望寄托在了日本人的身上，希望得到日本政府的帮助。后来，他利用中日商船贸易的盈余，暂时解决了军饷的问题。实力大增后，郑成功名声大振，周边的残余势力都来归附于他，就连许多明末的宗室和余臣也都跑来依附他。这样，他的军事实力就更加强大了。不久，郑成功在烈屿（小金门）以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。这一次的战役先胜后败，虽然不大理想，可是郑功成的军威却因此而提高了不少。

永历二年（1648年）的春天，鲁王命军队攻福州。这时郑成功率领着手下甘辉和林习山，与清军大战于同安附近的店头山。鲁王的军队进攻福建，攻下了建宁和兴化几个城市。

郑成功在店头山打败了清军，想就此借胜利的余威再攻下同安城。同安城的县官张放龄，一看兵士已经不多，粮草补给又不能及时运到，眼看着将要弹尽粮绝，因此就偷偷地逃走了。

张放龄和他的手下一跑，郑成功的部下甘辉就率领着军队攻入了城内。郑成功再三发出命令，不许部下骚扰民众。郑成功派明官叶翼云当同安的县官，希望他能够劝百姓缴粮以补充军需；又命陈鼎在百姓中做宣传，希望以此能劝同安县的人民，共同参加反清复明的战争。在郑成功许多得力的部将之中，有许许多都是同安县人，这也为他能在同安县取得民心打下了很好的基础。

这时的郑成功不仅在战场上取得了成功，还在同安县结识了他一生中最爱的女子瑜娘。瑜娘不但人长得漂亮，而且性格温柔，恬静淡泊，擅长诗文。瑜娘19岁那年嫁给了郑成功。郑成功将死的时候，她痛哭流涕，写诗说：“赤手曾擎明日月，丹心犹照漠乾坤。”郑成功去世后，她便削发为尼，遁入空门，远离世俗。

清政府的福建提督赵国祚，听说同安城被郑成功攻下，非常不安，就前去询问总督这件事该如何处理，总督命他务必夺回同安城。

之前，赵国祚曾率领军队和郑家军在泉州打过一仗。那一战从早上一直打到中午，把赵国祚的军队打得落花流水，最后赵国祚实在抵挡不住，只好带领着军队，躲到泉州城里，把城门关得紧紧地，等待援军的解围。没想到郑成功以水陆两军来攻打泉州，还把他的大将解应龙给杀了。眼看赵国祚的军队已经被逼入了死角，只有死路一条。这时驻守在漳州的守军黄进终于带援军赶到，解了泉州之危，把赵国祚救了。

由于上次惨败的经历，赵国祚一听到郑成功的名字，就吓得魂飞魄散。这一次，上面下命令派陈锦等人协助赵国祚反攻同安，赵国祚正想出一口怨气，对于夺回同安，他是势在必得，一雪泉州之耻。赵国祚来势汹汹，率领着许多兵马，猛攻同安城。

这时的同安县令叶翼云认为郑成功既然把同安城守城的责任完全交给了自己，自己必须要坚守城池，誓死不退。虽然他深知与敌军无法抵抗，仍然拼死力拒，奋战到底。当赵国祚的军队攻进同安城时，叶翼云和陈鼎虽率着守城士兵拼死抵抗，但最终因兵力不足，殉难身亡。

由于陈鼎对同安城百姓的大力教化，当地的百姓非常支持郑成功反清复明的政策，使得清廷大为震怒。当同安城被攻陷后，清兵对这里的百姓进行了大肆的屠杀，据传惨遭杀害的人有五万之多。

当时的郑成功正在铜山练兵。他听到同安城被围的消息后，马上率领海陆两军前往支援。没想到当时正好行船时是逆风，船队不能快速前进，当他们赶到金门的时候，同安城已经完全陷落。

对于同安城官民的奋勇抵抗，郑成功非常感动。对陷落后惨遭杀戮的事情，郑成功非常痛心，他责怪自己没有能够及时前往援救。在祭奠同安城的殉难军民时，郑成功好几次失声痛哭，在场者也无不掩面涕泣。

永历三年（1649年），郑成功改奉永历年号为正朔，永历帝册封他为延平王，所以有的人也称郑成功为郑延平。这个时候，福建、广州一带呈现混乱的局面，除了明朝的剩余部队和清军以外，到处都有土豪、山贼据城称王。这些土豪、山贼相互争夺领地，并且强制所占据地方的百姓交粮交钱，宛如土皇帝。

当时郑成功拥有较完善的军备和实力比较强的军队，但也因为军队太庞大，领土太少，面临筹集粮饷的重大问题。于是，郑成功决定挥兵南下，除了打击福建南部的清军外，也打算沿路收服各地的城寨以为粮源。

郑成功首先举兵攻打漳浦。当年的十月，郑成功又攻取云霄。云霄的守将张国柱，在离云霄五里的地方，和郑成功的大将相遇，双方展开激烈交战，最后被郑家军打败。郑家军于是直向云霄城进逼。云霄城的战况非常激烈。当地的清军守将姚国泰，坚守不屈，最后被郑成功手下的两名大将击败。姚国泰被俘，云霄城也攻下了。

郑家军借着胜利的气势，转而进攻诏安。郑成功料定，漳州的清军一定会赶来支援，于是命令手下大将，极力牵制住漳州的援军。

由清将王之纲、王邦俊所指挥的漳州援兵果然来了。郑成功的军队和清方的援军在盘陀岭展开了激烈的战斗。当时的雾很大，敌军像潮水一样涌来，最后，郑成功的部下由于弹尽粮绝，加上大部分的士兵在这次战役中都已阵亡，无力苦撑，最后以失败告终。清政府的将领王邦俊乘胜攻下了云霄城，也再度把诏安占领了。

就像同安城的战争一样，郑家军又是先胜后败，不得不转到广东。当时他听说广东有五虎，霸占着许多地方，郑成功想平定这五虎，以此来取得一些土地和兵力，最后他们很轻松地平定了五虎，取得了广东沿海的好几个海港，这对于水陆两栖作战的郑家军来说收获可不小，从此他们后方的补给和军粮的运输，比以前方便多了。

永历四年（1650年），郑成功率军来到潮阳，当地知县得知消息后提前开城投降，郑成功大为高兴。他将收到的粮饷全部交给了部下洪旭监管。说到洪旭，需要简单讲述一下。洪旭是福建铜安人，原来是郑芝龙的部下，后来他投在郑成功的麾下，致力于反清复明的大业。洪旭为人处世十分稳妥，思虑周密谨慎，绝不轻举妄动，因此深得郑成功的信任。后来他一直追随郑成功北伐南京，渡海到达台湾。在郑成功的诸多将领中，他是最受信任者之一。郑成功死后，到了他的儿子郑经时代，洪旭和陈永华两人合作无间，共同辅佐郑经，对台湾的经营作出了许多的贡献。洪旭去世时郑经十分悲痛，亲自安葬了这一元老级的将领。

郑成功将潮阳托付洪旭留守之后，和他的叔父郑鸿逵并肩作战，全力进攻揭阳，最终揭阳也被攻下。接着，郑成功率军攻打潮州。

当时驻守潮州的守将赫尚久，曾经拒绝郑成功“联军”的要求，与郑成功之间素有嫌隙。郑成功便以郝尚久立场“不清不明”为由，出兵攻击潮州。郝尚久部队不敌郑军，只好退守潮州城，闭门不战。由于郝尚久在潮州的情形不利，一气之下便向清军投降，并请求清军的支援，一同对抗郑成功。赫尚久率着清朝的援兵前来救援，但是这一次郑家军却把清政府的援军打败了。清政府的军队败得很惨，不过守将赫尚久却保全了一条性命。

这个时候，郑成功分兵三路进攻潮州。清政府将领王邦俊与郑军顽强相抗，使得郑家军围攻潮州城3个多月，也未能拿下此地。总结没有取得成功的原因，很大一部分和当时的气候有关。因为那时天气很热，郑成功的士兵们都染上了疾病，使战斗力大受影响，同时漳州的援军也及时赶到，郑成功迫不得已，才退兵回了潮阳。永历四年（1650年）八月，郑成功的叔父郑芝鹏，也来到了潮阳。