试问一个问题：假如杰斐逊真的获得批准离开大陆议会而去参加修订弗吉尼亚的宪法，那么独立宣言又会由谁来写呢？很多人会认为是约翰·亚当斯。因为当时本杰明·富兰克林由于疾病困扰而残废了，而其他的人都没有资格。

1776年6月11日，议会选举五个人起草宣言，33岁的杰斐逊以最高票获选。为了礼让革命先进的亚当斯，杰斐逊请他来写，但被他婉拒。

“为什么不呢？”杰斐逊问，“应该由您来写才对！”

“我有充分的理由。”

“您会有什么理由呢？”

“理由一，你是弗吉尼亚人，这件事该由作为弗吉尼亚人的你来出头。理由二，我这人不惹人喜欢，也总是受到别人的猜忌，更不受欢迎，你可是完全不一样。理由三，你写得要比我好十倍。”

杰斐逊也很谦虚地向他鞠了个躬：“您既然如此坚持，我只有竭尽所能来做了。”

《独立宣言》里面除了杰斐逊绝佳的表达能力之外，到底还有哪些地方让它能够永垂不朽呢？

在初稿中，杰斐逊起码有三个主要的陈述，但删去了两个，只余下一个。那删去的两个，一个是控诉乔治三世违反人性，因为他拒绝停止买卖奴隶。这一段很可能会引起道德的问题，在南卡罗来纳与佐治亚代表的坚持下删除了。由于独立战争的关系，许许多多的人像杰斐逊一样面临着要与英国的亲友断绝关系的威胁，他觉得需要说几句话表明态度才行，这一段也删了。而最后留下的，就是序言还有他那不朽的革命宣言：“所有的人皆生而平等，造物主赋与了他们某些权利，其中有生命、自由和追求幸福的权利。我们认为这些是不证自明的真理。”

杰斐逊严肃的雕像

后来，宣言签署完成，大家都兴高采烈地庆祝，只有杰斐逊因为自己写的宣言被删减了一部分而大发牢骚。杰斐逊起草独立宣言，只有国会和少数的朋友知道，直到1784年，才由美国的一家报纸披露。独立宣言完成后，人们对宣言的反应也是十分强烈。他们释放了狱里的欠债人，打碎了乔治三世镀金的雕像，烧毁或者埋葬了英国国王的头像，撕毁了英国皇家的徽饰。

杰斐逊之后在《独立宣言》上签了名，并于1776年7月4日早上完成了议会的任务后，给妻子买了礼物准备回家了。他早在6月30日得到消息说玛莎可能又有身孕了。然而不幸的是7月底至8月9号之间，玛莎又流产了，杰斐逊因为公务的原因没有陪伴在她身边，心中十分难过。杰斐逊在1776年9月2日辞去议会的职务。尽管很多朋友都劝说他不要离开，而杰斐逊却足足有六年的时间没有再提过国事。

杰斐逊虽然抛弃了议会，议会却没有抛弃他。随着1776年的战况转劣，议会决定征召本杰明·富兰克林、赛拉斯·迪恩和杰斐逊，派他们前往法国寻求援助。

杰斐逊十分煎熬地考虑了三天，还是没有上任。而且他还在《自传》中特别地解释了一下。杰斐逊所以不接受征召，是玛莎又有了身孕，他和妻子似乎都明白，在生产时，她比别人要容易死亡，这事别人并不知道。约翰·亚当斯为了张罗革命军的费用，并研拟联盟条款的细节，搞得焦头烂额，请求杰斐逊帮忙，而杰斐逊也对他倾囊相授。

其实，杰斐逊哪里在享受什么家庭的快乐，他当时正狂热地参与威廉斯堡的立法行动，要把弗吉尼亚变成完全民主的一个州。杰斐逊建议弗吉尼亚州扩大选举权的范围，废除长子继承制和限定继承制，开放西部土地由自耕农自由垦植，同时他自己一个人就修订了罪犯法规，除了杀人、叛国的罪行之外，其余的死罪全免。

杰斐逊从小就对由英国国教牧师开办的私人学校很不满，他建议办理全州性的、由人民税收来负担的小学教导儿童，中等学校则教育有能力的学生，以及提供奖学金给有高度聪明才智的人，让他们接受大专的教育。他建议设立弗吉尼亚州图书馆，并修改威廉玛丽学院的课程，并且由以前的神学院改为现代的学院，注重科学、数学与近代语言的探讨。

杰斐逊自己身为律师，现在又在修订弗吉尼亚全部的法规，因此了解到一些有关英国国教的事情，譬如对国教持不同的看法，可以处死；否认圣子、圣父、圣灵三位一体的，可以判监禁三年；自由思想者和唯一神论者，可以被宣告为不适合为人父母，而不许养育自己的子女。这些在当时虽然已经是死的条文，杰斐逊仍然担心在不同的“时代精神”下仍会复活，所以力主废除。杰斐逊为了摧毁英国国教的势力，虽单枪匹马，仍不遗余力，而且经过多年才得以完成, 他将它列为一生当中三件最大的成就之一。还有他那著名的“第八十二号议案”，要求将沿自古代的教会权力与政府权力完全分开。这“第八十二号议案”对全世界的影响力，仅次于《独立宣言》。

杰斐逊是十万火急地赶着做这些事情，他明白大改革只能在革命白热化的时候进行。1781年，他这样写道：“能将每样基本权利诉诸以法律为基础的最佳时机，是当我们的统治者诚实，而我们自己又团结的时候。等这场战争一结束，我们就要走下坡。由于不必再事事求助于人民的支持，人民便会被遗忘，他们的权利也会被置于不顾。而他们也忘了自己，只全心一意地赚钱……等战争结束时，这些枷锁还未能解除，他们就会长时留在我们身上，越来越重。”

杰斐逊这些修改法律的建议，在他1776年10月到1779年6月，出席弗吉尼亚议会的期间里，可以说是一件件的都被否决了，唯一成功的是通过了废除长子继承制和限定继承制。另外就是，他费了很大的力气，才通过法案，对国教的权力加以部分的限制，使它不得迫害其他教派。弗吉尼亚的教会与政府，要到1786年才真正分开；全州性的自由学校的构想，也在南北内战之后才付诸实现。

杰斐逊在议会里遭受这许多挫折，也就难怪他要长期缺席了。不过他的缺席也可能与家中发生的不幸有关。1777年5月28日，玛莎生了一个儿子，却马上在6月14日夭折，孩子去世的时候连名字都还没有。玛莎现在已经死了两个儿子、一个女儿，唯一活下来的是6岁的女儿玛莎。

孩子接二连三的夭亡，使得杰斐逊更加紧守在妻子身旁。人们通常将孩子的死归于上帝的旨意，而18世纪的人，都会认为有时这会导致做母亲的发疯。杰斐逊儿子死前一年不到的时候，曾听说丽贝卡·伯韦尔在死去两个孩子之后发了疯，因此杰斐逊更深深地为玛莎担忧。

1777年的11月，杰斐逊回到威廉斯堡，一直开会至到第二年1月24日，然后，又在春季返回蒙特沙罗。玛莎又怀了孩子，在1778年8月1日产下一名女婴取名玛丽·波丽。不过他们的这个女儿总算活了下来，日后给杰斐逊带来了许多的快乐。

杰斐逊的女儿波丽出世后，妻子玛莎的病况却越来越严重，因此1778年大部分的时间，杰斐逊都留在蒙特沙罗，照看他的妻子，照料他们的房屋。

1778年11月，英军攻占密弗林堡和墨舍堡，控制了特拉华。1778年12月29日至1779年1月29日，英军先后又攻陷了佐治亚州的沙凡那与奥古斯塔。至此，佐治亚州几乎全部沦陷。而此时，杰斐逊在忙碌着结交战俘朋友，并且建议那些生活困窘的军官、士兵种植蔬菜，整建营房等。