1775年，杰斐逊被选入“大陆议会”，他动身赶往费城，并在6月21日抵达。此时华盛顿刚刚被推举为“大陆军”的最高统帅。华盛顿曾经尽力推辞过统帅的职务而没有成功，他表示十分不愿离开自己的家，怎奈大家都很相信他的能力，要把重任托付给他，也许这是命中注定要他替国人服务，希望自己接受了这个职务之后，能够不辜负国人的期望。华盛顿比杰斐逊大11岁，是杰斐逊心目中的英雄，他在对法国人与印第安人的战争中，出生入死，战绩骄人。当华盛顿带着一个分队的民兵动身前往波士顿时，杰斐逊曾骑马相送，一路上为华盛顿鼓号，场面很是感人。
杰斐逊在这个时候，第一次成为革命的核心人物之一。他有幸见到了本杰明·富兰克林、约翰·亚当斯、约翰·汉考克，还有许多议会里的元老。
罗得岛州的代表塞缪尔·沃德眼中的杰斐逊看起来很通达，聪慧而又优雅，从他所写的那本《论武装的必要》（《概述》）小册子中就能看出来。后来，杰斐逊与富兰克林、约翰·亚当斯共同起草“雷诺兹爵士建议和解的会议决议案”。杰斐逊和富兰克林一样，几乎从来不参加公开的辩论，但是他的才能仍然让很多人佩服。
杰斐逊这时32岁，是“大陆议会”里第二年轻的。自此他仍旧勤奋不懈，但是他仍会感觉自己无足轻重，但是比他大的同僚们却不这么认为。约翰·亚当斯在1775年10月25日的日记上说：“杰斐逊十分特殊，他曾学过法文、意大利文、西班牙文，又想学德文。杰斐逊在议会里以他的文学和科学的素养著称，而且还善于写作，他在议会上的谈话中，表现得十分敏捷、真诚、坦白而又果断……因此他深深抓住了我的心。”从此他俩就展开了政治史上一段感人的友情。
1775年年初时，杰斐逊的政治热情度突然变得摇摆不定，并且在1776年9月2日辞去国会的职务。当杰斐逊回到家中的时候，只有18个月大的小女儿刚好不幸死去，这更使他不忍心离开爱妻。虽然佩顿·伦道夫等人的妻子都随着丈夫长途跋涉，来到革命的中心地，杰斐逊却深深知道自己妻子的身体一直不是很好，而沿海英军的进攻，发生战事的可能性很大，不能叫她陪着自己上费城去。结果妻子玛莎到妹妹伊丽莎白·埃普斯的家中住了几星期，她家在查尔斯城，比蒙特沙罗更靠近海，更靠近英国战舰。在如此伤心的时刻，她没有寻求丈夫的安慰，反倒去求助妹妹，很可能她对费城的事情和费城所代表的意义，丝毫没有兴趣。
杰斐逊回到家后，却发现家乡发生了很大的变化。威廉·伦道夫家的亲戚，已经为了革命的争论而分裂了。母亲的亲人约翰·伦道夫是弗吉尼亚的检察长，他认为弗吉尼亚人是想叛国了，十分愤怒，就将家产全部卖了，带着一家老小去往英国。
约翰·伦道夫同杰斐逊之间原来签有一项友好的文契，说明了杰斐逊若先去世，由伦道夫继承杰斐逊收藏的价值大约100镑的书，要是伦道夫先去世了，就由杰斐逊继承他的小提琴和乐谱。现在伦道夫马上要到英国去，于是在杰斐逊的建议下，伦道夫以13镑的价钱把琴让给了他。伦道夫那正值青春年少而且热血沸腾的小儿子埃蒙德说什么也不肯随着父亲去英国。佩顿·伦道夫现在是大陆议会的代言人，而且是革命运动的先锋人物，表示愿意收养他做自己的儿子。
在约翰·伦道夫去英国后不久，杰斐逊与佩顿·伦道夫在费城外一家餐馆里用餐，佩顿突然全身麻痹，在5小时之后就不幸去世了。杰斐逊所有亲人当中，此人是他最亲近且近似于父亲的长辈，他后来说，伦道夫、威思和斯莫尔博士，是影响他一生最多的良师益友。
邓莫尔爵士除了威胁要炸毁大西洋沿岸之外，且还让人谣传，对于逃离叛党主人而加入英军的黑奴，邓莫尔一律让他获得自由，并且鼓励黑奴大肆叛变，这事使得杰斐逊为难而又不安。如果这些黑奴愿意参军并且获得自由，两周之内，佐治亚和南卡罗来纳这两省就会有两万的黑奴加入。而这些黑人之间有很好的传递消息的方法，相信一两个星期之内，消息就可以传遍数百英里。
杰斐逊一直每个星期都要给妻子写一封信，但是1775年9月30日到11月7日之间，却收不到妻子和她在查尔斯城亲戚的一些只言片语，因此他变得焦虑不安。
1775年11月7日，邓莫尔爵士正式宣告，只要是加入“皇家部队”的黑人，一律将给予自由。12月初，邓莫尔已经有300名穿上军服的黑奴。每人胸前都有“给奴隶以自由”的字样。杰斐逊听说英军逆流而上，在农庄烧杀抢掠，并使尽一切方法引诱黑奴，弄得殖民地人人自危，就催促妻子和她的妹妹埃普斯一家搬往内陆，并答应同他们会合。虽然大陆议会决定不休会，杰斐逊仍然于1775年12月28日，悄悄返回蒙特沙罗。
然而此时，让人吃惊的事情发生了，杰斐逊竟然有四个月不见踪影。1776年2月4日，弗吉尼亚另一个代表和好友小托马斯·纳尔逊，写信要杰斐逊带玛莎到费城去，并说她要趁此注射天花预防针的话，他的太太可以照顾她。杰斐逊连着三个多月没有回信。等他再回到费城时，纳尔逊已经走了，当时杰斐逊只是简单地写了几句话给纳尔逊：“妻子没能和我一起来，我仍然是十分的紧张与焦虑。”
到底是什么事让杰斐逊与外界隔绝并一点消息都没有呢？
1776年元旦，华盛顿已经升起了新的美国国旗；国会并已授权本尼迪克特·阿诺德率兵进击加拿大，战势正在高涨。1776年，杰斐逊的蒙特沙罗正是春季种植的好时期，但是他在《园艺簿》上却一样也没记。他在《自传》里面也跳过了1775年7月22日至1776年5月15日的这一段时间，使他在政治生涯上的这一段经历成为一个谜。
有人认为，杰斐逊从来无法长久而持续地从事政治工作，并觉得他之所以屡次返回蒙特沙罗，都是为了喘息以求复苏。这话当然很有道理，但值得注意的是，他返回蒙特沙罗的时候，也多半是他遭受剧烈冲击的时候。在这段期间里，他只写了一篇论述：《驳〈殖民地系建立于英国的牺牲上〉》，其中对英王的攻击，态度暧昧，文章的层次散乱不清，而且含混其辞。这也许是杰斐逊家里的人害怕他会犯下政治上的大错，更也许是杰斐逊他自己害怕革命失败会造成一家人的损失，所以销声匿迹了一段时间。
与此同时，华盛顿已经打了一场鼓舞人心的胜仗，进军温切斯特高地，迫使英军撤出了波士顿。炮声隆隆不停，人们的心绪也不能平静，都等待着独立的这一天。而这消息和情绪很快就传遍了整个弗吉尼亚州。他的朋友约翰·佩奇当时还不知道杰斐逊已经离开大陆议会，在1776年4月6日让他起草宣布独立的文件，但是，几星期过去了，杰斐逊仍然没有返回到费城，朋友们都认为，他如果没有成为拥英派，就是对妻子割舍不下。
这一年的3月底，就在他准备回费城的时候，母亲却意外发病，一小时之后去世了。杰斐逊严重的头疼病发作，这一耽搁又是六个星期。杰斐逊一生几次剧烈的头痛，以这一次时间最长，那剧烈的疼痛每天清晨就开始，到了晚上还在隐隐作痛。杰斐逊的头痛断断续续地发作着，直到他离开总统职位以后，才算完全消失。
杰斐逊动身去费城之前，像个谨慎的丈夫一样记下了他欠人家的钱和人家欠他的钱，还给了太太10英镑，这些他都匆匆地记在账册里面。
回到费城后，一连六个星期，杰斐逊一口气写了很多东西，这是他一生当中作品最可观的时期。从1776年5月17日至6月28日，他写了两篇十分著名的政治文件：《弗吉尼亚宪法》和《独立宣言》。他的疲倦消失了，他对革命的质疑和矛盾也彻底没有了，他焕然一新，成为人们认识的杰斐逊。
弗吉尼亚的宪法包含了大部分杰斐逊一生主要的政治原则——人民有权反对集权统治、全民投票是重要的、西部应由独立的农民自由开发、给予印第安人合理的待遇、废除长子继承制与限定继承制、由民选的代表控制军权等。这样精密而复杂的政治构想，杰斐逊一定经过了多年的深思熟虑才能写出。
杰斐逊回到费城后获悉要重写弗吉尼亚宪法，要重新订定弗吉尼亚的政治结构，不禁大为忧虑。虽然他得到消息比较迟，但他还是立即写信给小托马斯·纳尔逊，暗示他，要他解除自己在议会里的任务，以便去威廉斯堡参与制定新宪法的工作。
杰斐逊认为，弗吉尼亚如果不能有个好政府，又怎么能跟英国打这一仗呢？但是他的请求没有被批准。即使这样，杰斐逊依然在13天之内写好了三个草案，和乔治·威思一起把最后一个草案送往威廉斯堡。但是他们太晚了。制宪会议已经采用约翰·亚当斯、乔治·梅森和理查德·亨利·李所起草的宪法，不过他们还是重开辩论，加入了杰斐逊起草的草案。
杰斐逊在修订宪法行动中，没有掌握住时间，这充分表明了，在他那四个月不见踪影的时间里，不是像他朋友所想的是在平静地享受家庭的生活，更不是借此机会苦心积虑地计划宪法，而应该是他本人有着很强烈的矛盾，以至于他真正暂时放下了革命。母亲的死，对杰斐逊来说，或许是一种解脱，这也代表着最后的“独立”。这就像他平时最喜欢说的一句话：“保持独立，维持公正，哪怕天塌下来！”