随着A型车的成功，亨利也遇到了一些麻烦，他被卷入了一场大官司中。事情要追溯到1876年。当时住在纽约州西部的法律专家乔治·夏尔旦致力于发明汽车，却数度遭到失败。后来他想要制造新的汽油引擎，绘制了把引擎装在汽车上的设计图。之前的汽油引擎效率极差，一吨的汽油只能产生一马力，夏尔旦就想研究出来用十分之一的油量发出相等马力的办法。这种构想确实不错，但夏尔旦的实验最终还是失败了，他的引擎只发动五分钟就停止了。尽管如此，夏尔旦还是为此申请了专利权。这项发明适用于任何汽油引擎车，他既然申请了专利权，就意味着如果没有经过夏尔旦的同意，任何人都不能生产和销售汽油引擎车。

当时的电动车性能差、价钱高，对路况的要求也很高，一家纽约的电动车公司就把脑筋转到了汽车上面，想要买下夏尔旦的专利权，夏尔旦就把专利权卖给了这家公司，他还可以获得一部分专利权使用费的收益。

1900年，这家纽约的电动车公司起诉了维顿的汽车公司，维顿汽车公司就打起侵犯专利权的官司来，结果维顿公司败诉，按规定付给电动车公司专利使用费。接着就相继有许多家汽车公司向这家电动车公司买专利。不久，这些与夏尔旦和电动汽车公司签约的汽车公司组成了一个“公认汽车制造商联盟”。

亨利一向反对这种专利政策，他认为凡是对社会有益的发明，就不应被少数人独占，应该公诸于世，造福广大的群众。而且早在亨利制造出A型车的十几年前，世界上就已经有用汽油作动力的引擎汽车问世了，过去也有数百名技术员制造过汽油引擎汽车。亨利从未看过夏尔旦的设计图，也从没听说过夏尔旦制造成功过一辆汽车，凭什么别人不能自由生产和销售汽油引擎汽车呢?亨利和詹姆斯商量之后，决定不去理会夏尔旦的专利权，继续进行A型车的生产。

有一天，“公认汽车制造商联盟”的会长来到了福特汽车公司，劝亨利他们加入联盟。詹姆斯气愤地说：“夏尔旦的专利权简直荒诞得不像话!”压根儿就不理会来人。亨利靠在椅子上，悠闲地晃动两腿说：“詹姆斯所说的话，就是我们的答复。”

那个所谓的会长非常生气，警告亨利说：许多人都和夏尔旦站在同一立场，如果你们再固执下去，就不能制造汽车了。”

詹姆斯毫不动摇，亨利也站起来直截了当地说：“那我们就拭目以待吧!”

这场谈判破裂之后，双方就开始宣传了。夏尔旦和该联盟在报上刊登一幅很大的广告，标题是“购买不加盟的不法公司制造的汽车会被指控侵犯专利权”。当时詹姆斯和亨利正忙着发送汽车，看到这条新闻后都默不作声，继续工作。两天后，亨利和詹姆斯向公司的客户发表了声明：

福特公司就是汽油汽车的首创者，我们曾经制造过著名的“九九九号”竞赛用汽车，并在比赛中获得很好的名声，我们从来没有失败过。

夏尔旦的专利不是新发明，而且在实际当中也从未被应用过。“公认汽车制造商联盟”只是少数几个公司擅自组成的，如果该联盟起诉各位，福特公司愿意负起全部责任。

激烈的宣传战持续了一段时间后，亨利的决不低头激怒了对方，夏尔旦和联盟终于在1903年10月向纽约地方法院提出申请，控告福特汽车公司侵犯专利权。法庭传来许多证人到庭说明，双方所提交的文件多达14000页，共500万句，这是一场旷日持久的官司，前后持续了八年。

打官司期间，为了对抗“公认汽车制造商联盟”，亨利发起了一个“美国汽车制造商同盟”。这个同盟于1905年成立，成员公司大约有30家，福特公司当然就是这个新组织的代表。为此，亨利在报上发表宣言，阐述同盟的立场，内容如下：“我们非常热爱美国的自由，所以我们也极力反抗不合理的压迫。”

官司开始后的第四年，夏尔旦才开始按照他自己的设计图制造汽车。结果第一辆汽车在引擎发动后只前进了三米便停止了，第二辆也几乎不能行驶。夏尔旦还为自己找借口，抱怨天气太糟了。第三辆车虽然有一些进步，但也只能勉强跑上100米，中途还停了两次。

为了公平起见，亨利还特别制造了一辆旧式汽车参加实验，他采用1860年法国人设计的引擎，马力很小，但却在一个小时后跑出了16千米。亨利和夏尔旦的较量有力地证明了一件事，那就是夏尔旦的设计显然不适用于实际的汽车生产。

在法庭的辩论中，亨利一方的律师表现得很勇敢。如果说夏尔旦的律师是猎犬中的灵缇，那么亨利请来的律师就是一只硕壮的牛头犬；如果说对方的律师是一只顽豹，亨利方的律师就是一只勇猛的狮子。

1909年，正当福特公司这一方觉得形势一片大好的时候，结果却让大家大跌眼镜，法院突然判他们败诉。这都是由于该法官不但不懂专利法，对机械也是一无所知，这让亨利感到很气愤。

夏尔旦与自己的联盟对这个审判结果表示很高兴，纷纷激动地说：“我们可以收取同盟公司的专利使用费了。”还有人纷纷议论说：“这样一来，福特公司就会加入联盟，一切问题都可顺利解决了。”

随着败诉的消息传出，由福特公司领导的联盟也几近解体，成员一个个离去。正在这个关键的时候，业务正蓬勃发展的通用公司却参加了夏尔旦的联盟，对方公司已经多达84家。

面对这股强大势力，亨利打起精神，迎接挑战。当时至少还有12家公司与福特公司站在同一阵线上，支持他们的立场，这让亨利感到很欣慰，他暗自下定决心要把官司打到底，不胜利决不罢休，哪怕要花费20万美元，哪怕福特公司和自己会因这场官司而破产，他也在所不惜。

亨利的强硬态度再次招来了夏尔旦和联盟的百般刁难和攻击，双方再次展开激烈的宣传战。夏尔旦方的联盟还搬出美国宪法，说：“遵守法官裁定的专利权，是国民应尽的义务。”亨利气得立刻反驳说：“这种专利只会阻碍汽车工业的发展，不利于社会的发展与进步。这只是第一回合的判决，我要继续上诉到高等法院，甚至最高法院，以赢得公正合理的判决。”

亨利的坚持最终换来了公正的裁决。1911年1月，高等法院终于听取了亨利所陈诉的理由，判决夏尔旦的专利权只适用于按照夏尔旦设计图所制造的汽车，不适用于按照其他方法设计的汽车。

法院的裁决一出来，亨利就收到了像雪片一般飞来的庆贺电报和信件，其中有些是朋友，有些是昨天还处在敌对立场的敌人，当然，杜里兄弟和金恩也拍了贺电来。

官司结束后，双方都展现了君子风度，没有出现敌我对立的局面。又过了几天，詹姆斯和亨利应邀参加在纽约举行的联盟总会，所有与会人士都对他们表示热烈欢迎，对亨利毫不妥协、据理力争的勇气表示了敬佩。亨利一直回避关于诉讼的话题，以免别人认为他在炫耀自己的胜利。

第二天晚上，原本就与福特公司站在同一立场的公司也举行晚宴款待他们，为了还礼，亨利也邀请从前夏尔旦联盟的会员参加。昨天的敌人现在都变成朋友了，晚宴的气氛很融洽，菜肴非常丰盛，餐桌上还装饰着红色的康乃馨，众人的心情都很愉快。

大家称赞亨利是打倒了独占事业的巨人，是崇尚个人主义的英雄。但亨利并不喜欢这些恭维，他觉得这场官司并不是一个人的事，而是一场保护自由事业的战争。如果当时亨利不幸败诉，美国的汽车工业肯定会是另一番景象。后来亨利的对手也不得不承认，说道：“为整个社会利益着想，我们败诉反而更好。”

事实上，夏尔旦和亨利的私交还不错。夏尔旦是一位很有声望的老绅士，只是亨利有时觉得他有些贪心，看到汽车工业的发展很有前途，就想利用专利权来赚取额外之财。