1498年 5月底，哥伦布开始他第三次的航海。不过，这一次的人员和物资筹备工作进展得十分不顺利。大家都得知哥伦布发现的新陆地，仅是在溪流里发现金沙，却没有大块的黄金，人们认为不值得去吃苦冒险。许多人受了谣言的影响，把哥伦布看做是冷酷无情、私心很重的人，不敢跟随他。因此，主动参加的人寥寥无几，后来只好靠政府的力量把一些犯人编列进去，才勉强凑足人数。出航的那天，码头上冷冷清清的，跟他凯旋回国时的热烈情景不可同日而语。

可是，哥伦布依旧刚毅不屈，并未因此而沮丧，他一心要去发现黄金之国，并积极地建设新殖民地，以报答女王的知遇之恩。

在这次航海中，哥伦布又发现了一个岛。他越过南美洲大陆，一路往伊莎贝拉市驶去。

岛上的伊莎贝拉市和新建立的圣多明各市，分别由迭戈和巴托洛梅两人治理。但贵族们在岛上胡作非为，把土著们当做牛马般地驱策役使，财富则吞入私囊。哥伦布弟兄如果偶尔有些小过失，贵族们就夸大其词地蓄意渲染，写信向国王和女王打小报告，极尽毁谤、中伤之能事，把一切过错归咎于哥伦布一人。

起先，西班牙国王和女王对这些诬告不为所动，但时日一久，谗言越来越多，他们也不能再置之不理了。于是，斐迪南国王派了一位名叫鲍巴吉里亚的贵族随哥伦布同行，并对哥伦布所管理的岛屿进行调查。

哥伦布知道他与国王和女王平起平坐的日子一去不复返了。如今他病魔缠身，饱受非议，唯一值得信任的两兄弟还远在他乡。

1500年 8月，鲍巴吉里亚到达圣多明各市后，还没有着手调查，就宣布自己是奉了国王之命前来拘捕哥伦布的。他先下令把迭戈和巴托洛梅扣押起来，哥伦布闻讯后立刻赶来，他责问鲍巴吉里亚为什么扣押他的两个弟弟。鲍巴吉里亚冷笑着回答：“有人控告你企图将此岛占为己有，而且对待土著暴虐残忍。如今我奉了国王之命来拘捕你，将你押解回国，接受制裁。”

国王竟然派人来拘捕自己？哥伦布的一片忠诚，却蒙受如此大的冤屈，他满腔悲愤，两眼冒火，但他紧闭嘴唇，极力地忍耐着。

哥伦布心想：“我是无辜的，只要我回到西班牙向国王和女王说明一切，就可洗雪冤屈了。”想到这里，哥伦布毫不畏惧地伸出双手。

“咔嚓”一声，哥伦布的双手被扣上了镣铐。

鲍巴吉里亚不仅扣押了哥伦布兄弟，还以国王的名义没收了哥伦布的财产。哥伦布是一位伟大的航海、探险家，他具有过人的胆识和勇敢，他有钢铁般的坚强意志。他为理想而艰辛奋斗，可是，无情的岁月在他脸上刻画出一道道痕迹，他一头的白发，但双眼依旧炯炯有神，闪现着凛然不可侵犯的目光。

戴上手铐的哥伦布三兄弟被押解上船，关在一间狭小的船舱里。鲍巴吉里亚是个阴狠毒辣的家伙，他不许船员们供应他们充分的食物和饮水，也不准哥伦布弟兄三人走出舱门活动活动筋骨，三兄弟只能终日闷在幽暗而狭窄的小舱里。

哥伦布毕竟已经上了年纪，怎禁得起如此地折磨，没过多久，他就已经被折磨得不成人形了 !哥伦布被押解上岸的时候，人们简直不敢相信，眼前那位白发飘散、身体佝偻、四肢颤抖的干瘦老人就是那个刚毅不屈、意志坚定的伟大探险家哥伦布！

第二天，哥伦布被押进王宫。他跪在国王和女王面前，泣不成声，国王和女王准许他站立并走近一些。

这次见面，国王和女王陛下以较为公正的态度恢复了哥伦布的权利，并归还了他的财产，重新确认了他海上将军的封号。国王和女王同时也解除了鲍巴吉里亚的特权。但是哥伦布也不再是总督了，殖民地的事务全部转由国王直接控制。

虽然保有封号和财产，但此时的哥伦布已经是一个毫无实权而又萎靡不振的人了。他开始撰写《预言书》，企图从某种神秘主义思想中寻求一处心灵避难所。