出人意料的是雍正却力排众议，别出心裁，决意要宽赦曾静。雍正在此案的处理上，宽“现行犯”而严“思想犯”可谓谋之深远，亦属旷世之举。
曾静案发后，雍正一面审理，一面考虑处理方法，待胸有成竹后，雍正走过程似的令朝廷九卿详议曾静应得之罪，又依次让各省总督、巡抚、道府守令，各地学官议论曾静之罪。官员们都说曾静罪无可赦，法在必诛。雍正又让曾静自己议罪，曾静亦自称所犯弥天罪，“天地亦当不容”。这时，朝廷内外都认为曾静必杀无疑。
然而，出人意料的是雍正却力排众议，别出心裁，决意要宽赦曾静。雍正解释此举说：曾静“并无反叛之实事，亦无同谋之众党。”要不是曾静自行投首于岳钟琪，造书造谤之奸人，他皇帝“何由而知之，何从而究之？又何自而剖晰开示，使臣民共晓之？”“即此曾静不为无功，即此可以宽其诛矣。”于是将曾静及其徒张熙免罪开释，留曾于湖南观风整俗处使用，并宣布不但他不杀他们，“即朕之子孙将来亦不得以其诋毁朕躬而追究诛戮之”。据说这样做的原因有两条，一是岳钟琪为明了投书真相曾同张熙盟过誓，岳为股肱大臣，与皇上应视为一体，不能让他失信，故宽免曾、张。二是如前面所说曾静投书，使雍正得以追查出造谣元凶，晓喻百姓。因此不应斩杀。曾静等当然感恩戴德，甘愿为犬马，到处现身说法，自我批判，消除影响。这才是雍正的真实目的，“可见人无愚贤不肖，无不可感格之人。”雍正对自己的“出奇料理”是很得意的。
与对曾静“宽待”成鲜明对比是对吕留良的“严惩”。这也是雍正出奇料理的一部分。吕留良死后的四十五年，即雍正六年十月，吕留良被另立一案。雍正下谕浙江总督李卫，严缉“查拿匪类以速慎为要，正犯勿使漏网。”可是吕留良，其子吕葆中，其学生严鸿逵等先后故世，只好逮捕两家的子孙。又因张熙赴浙省时访问过严鸿逵的学生沈在宽，故沈也在拿之列。至于刊刻吕书之车鼎丰、车鼎贲，收存吕书之孙用克、周敬舆，以及三家有关学生房明畴、金子尚、陈祖陶、沈允怀、沈成元、董吕音、李天准、费天原、王立夫、施子由、沈斗山、沈惠候、沈林友、朱霞山、朱芷年、张圣范、朱羽采等皆被逮捕入狱。吕、严、学家中所藏书籍及吕留良之《备忘录》、《日记》等全部封存，具折进呈。
雍正八年十二月，刑部等衙门议定吕留良应照大逆律碎尸悬首，其子孙照律缘坐，所著诗文日记尽行焚毁。但雍正却并没有立即批准廷臣的判决，他的考虑更为深远。
把吕留良从坟墓中拉出来，锉尸枭示，这有何难？真正困难是肃清他的思想在士人中的影响。如果读书人不能与吕留良的思想划清界限，将来难免会出现第二个曾静，第三个曾静……，清朝的统治还是不能长治久安。基于这样的想法，雍正命将廷臣拟议的判决发交全国各级学校，让所有在学生监出具甘结，签字保证自己拥护朝廷对吕留良的处置。如不同意的话，雍正特别谕示：“其有独抒己见者，令其自行具呈，该学政一并具奏，不可阻挠隐匿。”
“独抒己见”这不过是雍正所设的一个诱人的陷井，是引蛇出洞的圈套。封建专制下，皇权高度集中，谁敢“独抒己见”。所以各地生监纷纷具结，表示吕留良之罪罄竹难书，“律以大逆不道之罪，实为至当。”各省督抚学政也乐得省事，奏称“所属生监，各具结状，并无一人有异词者。”
但并非每一个读书人都是怕死贪生的软骨头，都任雍正“强奸民意”。尽管有各地督抚学政的严密封锁压制，仍有人对清廷在处置曾静、吕留良宽严之别上，明确表示其于情于理于法都有“不谬不然”者。湖北的唐孙镐和浙江的齐周华就是两个突出的、例子。只不过唐孙镐天真地认为严惩吕留良并非雍正皇帝的初衷，说雍正降旨之初，疑信参半，假如群臣举留良之正书力争，皇上之心必油然而动，无奈中外臣工“恐于批鳞之咎，甘作违心之谈，此日‘锉骨’，彼日‘扬灰’，此日‘焚书’，彼日‘灭族’，举朝同声附和，而宸衷益其增怒矣。”而齐周华则直陈异辞为吕留良鸣不平，“走狗狂惑不见烹，祥麟反作釜中羹。看彻世事浑如许，头发冲冠剑欲鸣。”
鉴于实际情况的变化，雍正九年皇上传谕内阁：“毁书之议，概未允行。”原因是无论怎样毁书，未必能彻底做到“绝无留遗天下后世”。何不用之做凭据，“以辩其道学之真伪乎”。故除未刊刻之《备忘求》、《日记》，抄藏五稿、信札等外，皆勿焚毁。同时命令大学士朱轼，将吕书《四书讲义》、《语录》等逐条摘驳，纂辑成书，刊刻颁发学官。
这样又过了一年，即雍正十年十二月，雍正正式宣布对此案的处理决定，命将已故之吕留良、已故其子进士吕葆中、其已故学生严鸿逵俱戮尸枭示，另一子吕毅中、严鸿逵之学生沈在宽斩立决，吕、严两家之孙辈，人数众多，从宽发配宁古塔给与披甲人为奴，倘有顶替隐匿等弊，一经发觉，将浙省办理此案之官员与该犯一体治罪。吕留良之诗文不必销毁，其财产领浙江地方官变价充本省工程之用。“案内”甘心附逆，私藏禁书之黄补庵已死，其妻妾子女给功臣家为奴，父母祖孙兄弟流二千里：“刊刻逆书”之车鼎丰、车鼎贲、“往来契厚”之孙克用、“阴相援结”之周敬舆等，俱应斩监候，秋后处决；吕之门徒房明畴，金子尚等著偕妻流三千里；陈祖陶、沈允怀等十一人各杖责一百；朱霞山、朱芷年从学严鸿逵时年尚幼小，张圣范、朱羽只令伊等幼子从沈在宽启蒙，又无交好，宽议释放。
雍正在此案的处理上，宽“现行犯”而严“思想犯”可谓谋之深远，亦属旷世之举。