1868年1月11日，同治七年十二月十七日，出生在浙江省绍兴府的山阴县城笔飞弄。

1871年，同治十年，4岁的蔡元培入家塾。

1872年，同治十一年，蔡元培5岁，由父亲蔡光普延师在家塾中读《百家姓》《千字文》《神童诗》等书。

1877年，光绪三年，蔡元培10岁，8月2日，父亲病逝。家境渐窘，无力延师，从下半年起，在姨母家附读一年，后又在李姓家中附读两年。

1878年，光绪四年，蔡元培11岁，父亲因病早逝时，长兄元金13岁，小弟元坚9岁。

1879年，光绪五年，蔡元培12岁，开始学做八股文。

1880年，光绪六年，蔡元培13岁　受业于同县秀才王懋修约四年。王先生崇尚宋明理学，蔡受其影响颇深。

1884年，光绪十年，蔡元培17岁，考取秀才。

1889年，光绪十五年，蔡元培22岁中举人。同年迎娶了他的第一位夫人王昭。

1890年，光绪十六年，蔡元培23岁，进京会试得中成为贡士，未及参加殿试。

1892年，光绪十八年，蔡元培25岁，经殿试进士及第，被点为翰林院庶吉士。

1894年，光绪二十年，蔡元培27岁，春应散馆试，得授职翰林院编修。同年，中日“甲午战争”爆发，留心时事，阅读西方译著。

1895年，光绪二十一年，蔡元培28岁，继续供职翰林院，曾赴南京访谒张之洞。冬，返绍兴。

1896年，光绪二十二年，蔡元培29岁，在绍兴，冬始返京。于新学及国外事物多所留意，阅读了一批自然科学书籍。

1897年，光绪二十三年，蔡元培30岁，继续供职翰林院。对新学兴趣日浓，涉猎更广。

1898年，光绪二十四年，蔡元培31岁，同年，戊戌变法失败，戊戌六君子被杀,除“京师大学堂”外的百日维新成果均遭停止。蔡元培弃官从教，初任绍兴中西学堂监督、嵊县剡山书院院长、南洋公学特班总教习。

1899年，光绪二十五年，蔡元培32岁，兼任嵊县剡山书院院长。4月，为徐维则编《东西学术录》作序。

1900年，光绪二十六年，蔡元培33岁，夫人王昭病逝。同年，八国联军侵华。

1901年，光绪二十七年，蔡元培34岁时，夏，赴上海代理澄衷学堂校长。9月，被聘为南洋公学经济特科班总教习。

1902年，光绪二十八年，蔡元培35岁时，同蒋智由等在上海创办中国教育会并任会长，创立爱国学社、爱国女学，均曾被推为总理。1月1日，蔡元培在与他往日的学生黄仲玉女士，在杭州举办了他一生中的第二次婚礼。

1903年，光绪二十九年，蔡元培36岁时，爱国学社的活动引起清政府的警觉，下令侦讯。蔡元培辗转青岛、日本、绍兴、上海等地，一方面学习德语，准备赴德留学。同年，蔡元培为抗拒俄国政府觊觎中国北方领土，与上海反清革命志士以对俄同志会的名义办了《俄事警闻》(后改《警钟日报》)。

1904年，光绪三十年，蔡元培37岁时，在上海组织建立了反清革命组织光复会。

1905年，光绪三十一年，蔡元培38岁时，同盟会成立，光复会并入，孙中山委任蔡元培为同盟会上海分会负责人。

1907年5月，光绪三十三年，蔡元培40岁时，在驻德公使孙宝琦的帮助下前往德国柏林，入莱比锡大学听课和研究心理学、美学、哲学诸学科。已近不惑之年的蔡元培开始了四年海外留学的生活。在德四年，他编著了《中国伦理学史》等一批学术书籍。

1911年，宣统三年，蔡元培44岁，11月上旬，辛亥革命爆发，在陈其美去电催促下，蔡元培取道西伯利亚回国。

1912年，民国元年，蔡元培45岁，1月4日，中华民国临时政府在南京成立，他就任南京临时政府教育总长。1月19日，民国元年，在蔡元培主导下教育部颁布了《普通教育暂行办法》，并主持制定了《大学令》和《中学令》，这是中国的第一个大学和中学校令，他强调要把中学和大学键造成健全国民的学校。2月，鲁迅被他邀请到教育部任职。7月，蔡元培因不愿与袁世凯政府合作而辞职。

1913年，民国二年，蔡元培46岁时，再次赴法国从事学术研究，在留欧的三年时间里，又编撰了不少哲学美学著作。

1915年6月，民国四年，蔡元培48岁时，与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，在法国倡勤勤工俭学，希望以次组织帮助更多华人到欧洲求学。后来的周恩来、邓小平等均是通过这个组织的帮助后顺利在法国进行学习的。

1916年，民国五年，蔡元培49岁时，这年夏，黎元洪的北京政府明令恢复了民国初年的《临时约法》。11月8日，蔡元培与吴玉章一起乘船由马赛回国，抵达上海。12月26日受命担任北京大学校长。

1917年，民国六年，蔡元培50岁时，1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位。这年，蔡元培聘请《新青年》主编陈独秀为文科学长，并聘请李大钊、胡适、钱玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的办学方针，实行“教授治校”的制度，提倡学术民主，支持新文化运动。

同年，蔡元培邀请著名哲学家梁漱溟到北京大学讲授印度哲学。

同年，徐悲鸿应蔡元培之邀从日本东京返北京，任北京大学画法研究会导师。

同年7月，胡适从美国学成回国，被北京大学校长蔡元培聘为教授。

同年7月3日，为抗议张勋复辟，蔡元培向黎元洪总统提出辞职。

同年10月，蔡元培主持教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。

1918年，民国七年，蔡元培51岁时，这年5月22日，蔡元培为反对“中日防敌军事协定”，向大总统提出辞呈。

1919年，民国八年，蔡元培52岁时，在北京大学废除科，改原隶属于科的学门为系，设立14个系，废学长，设系主任。原来的文、理、法三科分别改称第一、二、三院，仅作为各系所在地区的标志(因原来三科分布在不同地区)，不代表一级机构。同年5月8日，五四运动爆发后，蔡元培为抗议政府逮捕学生，提交了辞呈。5月13日，北京各大专学校校长于5月13日向政府齐上辞呈，支持蔡元培。后由于北大师生极力挽留，蔡元培答应只做北大师生的校长。

1920年，民国九年，蔡元培53岁时，与李石曾、吴敬恒，利用庚子赔款，创办中法大学于北京，蔡元培任校长。2月，蔡元培下令允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开我国公立大学招收女生之先例。这年5月，蔡元培聘任地质学家李四光出任北京大学地质系教授，邀著名作家莎菲回国任北京大学文学教授，8月，聘鲁迅为北京大学讲师。这年年底，被北京大学派遣去欧洲考察，与法国里昂市长赫礼欧(Herriot)，里昂大学医学院院长雷宾(Lepine)等，合作设立里昂中法大学协会，决定在里昂成立中法大学。

1921年，民国十年，蔡元培54岁，1至5月在欧洲。6月2日赴美。8月6日应北洋政府教育部电请到檀香山，出席西太平洋教育会议。8月29日回国。

1922年，民国十一年，蔡元培55岁，1月撰写《石头记索隐》。4月25日与李大钊、陶孟和、高一涵、胡适、张慰慈等联名发表《我的政治主张》。

1923年，民国十二年，蔡元培56岁，5月6日与周峻女士订婚。6月万国教育会议在旧金山召开，被推举为代表之一，因事未能参加。7月10日与周峻(养浩)在苏州留园举行婚礼。

1924年，民国十三年，蔡元培57岁，1月12日中国国民党第一次全国代表大会在广州召开，由孙中山先生提名，蔡元培先生被选为候补中央监察委员。2月，留法同学刘既漂、林风眠、林文铮等，筹办旅欧美术展览会，推举蔡元培先生为名誉会长。6月，胶济商埠督办倡办青岛大学，被聘为董事。

1925年，民国十四年，蔡元培58岁，1月，携夫人周峻旅居德国，在汉堡大学研究民族学。3月20日，孙中山先生在北京逝世，蔡元培撰祭孙中山先生文并写挽联：“是中国自由神权，三民五权，推翻历史数千年专制之局；愿吾后侪死者，齐心协力，完成先生一二件未竟之功。”5月，上海发生“五卅”惨案。

1926年，民国十五年，蔡元培59岁，3月，北京国立编译馆成立董事会，被聘为董事。3月30日，被聘为中山大学筹备委员。4月，浙江省科学院筹备处成立，被推举为主任。8月，张謇病逝，撰挽联：“为地方兴教养之业，继起有人，其惟孝子慈孙，尤属望南通后进。以为学鸣光宣两朝，日记若在，用裨征文考献，当不让常熟遗篇。”9月，全国国语教育促进会在上海成立，被推举为会长。12月24日，北洋军阀孙传芳通令通缉蔡元培、沈钧儒、褚辅成等人。

1927年，民国十六年，蔡元培60岁，4月，被任命为国民政府教育行政委员会委员。9月17日，被推举权威国民政府委员及常务委员。19日，被推举为国民党特别委员会常务委员。10月1日，大学院成立，就任院长。

1928年，民国十七年，蔡元培61岁，1月，兼任交通大学(包括上海、唐山、北京三处分校)校长。2月21日，在蔡元培先生主持下，大学院通令废止春秋祀孔旧典。4月14日，到上海走访鲁迅。4月，根据蔡元培先生等提议，国名党中央会议决议，设立中央研究院，任命蔡元培为院长。11月被任命为故宫博物院理事，后被推为理事长。

1929年，民国十八年，蔡元培62岁，1月，被聘为教育部国语统一筹备委员会委员。3月，被推为上海大同大学校董。5月1日，四子怀新在上海出生。6月7日，电辞监察院长及国民政府委员等职务。8月29日，获准辞去监察院长职务。8月，受教育部聘，兼任国立北平图书馆馆长。

1930年，民国十九年，蔡元培63岁，7月20日，任职中华职业教育社第十一届社员大会主席。9月24日，被批准辞去北京大学校长名义。10月，杨开慧在长沙被捕，蔡先生立即联合几位社会知名人士，联名营救。11月1日，以中国公校董事会董事长的名义发布通告，改推于右任为该校校长。

1931年，民国二十年，蔡元培64岁，4月15日，为赵药农所编《中国新本草图志》一书撰写序文。6月25日，主持国立北平图书馆新舍落成典礼，致开幕词。12月15日，“九一八”事变后到南京请愿的北平学生示威团二百余人到国民党中央党部，适开中央临时常会，蔡元培和陈铭枢被推为代表与学生见面，蔡先生没有一句责备学生的话。

1932年，民国二十一年，蔡元培65岁，春，为庆祝蔡元培先生65岁寿辰，中央研究院历史语言研究所约集该院专家各献科学论文一篇，集为《庆祝蔡元培先生65岁论文集》两巨册，以为纪念。10月15日，陈独秀在上海被捕，与宋庆龄、杨杏佛诸先生致电国民党中央要求宽释。12月17日，与宋庆龄、杨杏佛在上海组织中国人权保障同盟，推荐宋庆龄为主席，蔡元培为副主席。

1933年，民国二十二年，蔡元培66岁，2月10日国民党南京党部要求国民党中央解散人权保障同盟。3月12日，中山文化教育馆成立，被推为理事。3月14日，马克思逝世50周年，与陶行知、李公朴、陈望道、叶恭绰等一百余人发起纪念会。4月，商务印书馆召开股东会，被推为董事。亚东图书馆出版《独秀文存》，为之撰写序文。5月，丁玲在上海被捕，与宋庆龄等以中国人权保障同盟负责人的名义致电南京国民党中央营救。6月18日，中国人权保障同盟总干事、中央研究院总干事杨杏佛被国民党特务杀害，蔡元培先生“哭之恸”，“极愤慨”，为其主办一切丧葬事宜，并写祭文。

1934年，民国二十三年，蔡元培67岁，2月2日，到南京，主持中国教育文化基金董事会会议。5月20日，参加上海同济大学27周年纪念大会，发表演说。6月，为朱荫圃著《庄子内篇补正》一书撰写序文。7月7日，为居里夫人逝世发电吊唁。12月15日，为青年协会沈嗣庄编印的《社会主义新史》一书撰写序文。

1935年，民国二十四年，蔡元培68岁，5月，为郑振铎《世界文库》撰写序文。8月5日，开始口述五四运动以后的生活经历，由高平叔笔录，撰为《蔡孑民先生传略》下。8月20日，为《新青年》重印本题词云：“《新青年》为五四运动时代之急先锋，现传本渐稀，得此重印本，使研讨吾国人思想之变迁者，有所依据，甚可嘉也。”10月，为《中国新文学大系》撰写总序。

1936年，民国二十五年，蔡元培69岁，1月，为刘复(半农)撰写碑铭，铭曰：“朴学隽文，同时并进；朋辈多才，如君实仅。甫及中年，身为学殉；嗣因有人，风流无尽。”2月9日，上海文、教、科学以及工、商各界举行盛大祝嘏聚餐会，热烈庆祝蔡元培先生七十寿辰，蔡元培先生致答谢词。5月15日，为顾颉刚撰写的《崔东壁遗书》撰写序文。7月18日，到上海湖社参加章炳麟的追悼会，撰挽联：“后太冲、炎武，已二百余年，驱鞑复华，窃比遗老；与曲园、仲容，兼师友风义，甄微广学，自成一家。”10月10日，发表《辛亥革命那一年》一文。10月20日，鲁迅逝世，与宋庆龄先生等组织治丧委员会，主持丧葬事宜，亲为执绋送葬，在墓地举行葬仪时致悼词。其挽联云：“著述最谨严，徒非中国小说史；遗言太沉痛，莫作空头文学家。”11月下旬，大病，濒危者再，经医学专家悉心诊治，遂脱险。

1937年，民国二十六年，蔡元培70岁，这一年7月发生卢沟桥事变，抗战全面爆发。蔡元培在大病后，时愈时发，直至二月中，始渐告痊愈。12月底，由上海迁居香港养病。

1938年，民国二十七年，蔡元培71岁，6月5日在香港作《鲁迅全集》序成，送至沈雁冰。

1939年　，民国二十八年，蔡元培72岁，7月初，被推为国际反侵略大会中国分会第二届名誉主席。7月15日，为李宗侗所著《中国古代社会新研初稿》一书作序。12月7日，用《满江红》词牌，为国际反侵略大会中国分会作会歌。

1940年，民国二十九年，蔡元培73岁，1月11日，为中央研究院评议会改选事，致函评议会秘书长翁文灏，委以最后决定权由其执行。

3月5日9时45分，蔡元培在香港养和医院逝世。遗体安葬于香港仔华人永远坟场。